TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Goesmann, A. AU - McHardy, A. C. AU - Bartels, D. AU - Bekel, T. AU - Clausen, J. AU - Kalinowski, J. AU - Linke, B. AU - Rupp, O. AU - Giegerich, R. AU - Pühler, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - GenDB-an open source genome annotation system for prokaryote genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg312 DO - 10.1093/nar/gkg312 ID - Meyer2003 ER - TY - JOUR AU - Dondrup, M. AU - Goesmann, A. AU - Bartels, D. AU - Kalinowski, J. AU - Krause, L. AU - Linke, B. AU - Rupp, O. AU - Sczyrba, A. AU - Pühler, A. AU - Meyer, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JO - J Biotechnol VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2003.08.010 DO - 10.1016/j.jbiotec.2003.08.010 ID - Dondrup2003 ER - TY - JOUR AU - Baumbach, J. AU - Brinkrolf, K. AU - Czaja, L. AU - Rahmann, S. AU - Tauch, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - CoryneRegNet: An ontology-based data warehouse of corynebacterial transcription factors and regulatory networks JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-24 DO - 10.1186/1471-2164-7-24 ID - Baumbach2006 ER - TY - JOUR AU - Baumbach, J. AU - Brinkrolf, K. AU - Wittkop, T. AU - Tauch, A. AU - Rahmann, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - CoryneRegNet 2: An Integrative Bioinformatics Approach for Reconstruction and Comparison of Transcriptional Regulatory Networks in Prokaryotes JO - Journal of Integrative Bioinformatics VL - 3 ID - Baumbach2006 ER - TY - JOUR AU - Baumbach, J. AU - Wittkop, T. AU - Rademacher, K. AU - Rahmann, S. AU - Brinkrolf, K. AU - Tauch, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - CoryneRegNet 3.0-An interactive systems biology platform for the analysis of gene regulatory networks in corynebacteria and Escherichia coli JO - J Biotechnol VL - 129 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2006.12.012 DO - 10.1016/j.jbiotec.2006.12.012 ID - Baumbach2007 ER - TY - JOUR AU - Wendisch, V. F. AU - Bott, M. AU - Kalinowski, J. AU - Oldiges, M. AU - Wiechert, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Emerging Corynebacterium glutamicum systems biology JO - J Biotechnol VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2005.12.002 DO - 10.1016/j.jbiotec.2005.12.002 ID - Wendisch2006 ER - TY - JOUR AU - Kalinowski, J. AU - Bathe, B. AU - Bartels, D. AU - Bischoff, N. AU - Bott, M. AU - Burkovski, A. AU - Dusch, N. AU - Eggeling, L. AU - Eikmanns, B. J. AU - Gaigalat, L. AU - Goesmann, A. AU - Hartmann, M. AU - Huthmacher, K. AU - Krämer, R. AU - Linke, B. AU - McHardy, A. C. AU - Meyer, F. AU - Möckel, B. AU - Pfefferle, W. AU - Pühler, A. AU - Rey, D. A. AU - Rückert, C. AU - Rupp, O. AU - Sahm, H. AU - Wendisch, V. F. AU - Wiegräbe, I. AU - Tauch, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins JO - J Biotechnol VL - 104 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1656(03)00154-8 DO - 10.1016/S0168-1656(03)00154-8 ID - Kalinowski2003 ER - TY - JOUR AU - Hüser, A. T. AU - Becker, A. AU - Brune, I. AU - Dondrup, M. AU - Kalinowski, J. AU - Plassmeier, J. AU - Pühler, A. AU - Wiegräbe, I. AU - Tauch, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Development of a Corynebacterium glutamicum DNA microarray and validation by genome-wide expression profiling during growth with propionate as carbon source JO - J Biotechnol VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2003.08.006 DO - 10.1016/j.jbiotec.2003.08.006 ID - Hüser2003 ER - TY - JOUR AU - Brune, I. AU - Werner, H. AU - Huser, A. AU - Kalinowski, J. AU - Puhler, A. AU - Tauch, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - The DtxR protein acting as dual transcriptional regulator directs a global regulatory network involved in iron metabolism of Corynebacterium glutamicum JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-21 DO - 10.1186/1471-2164-7-21 ID - Brune2006 ER - TY - JOUR AU - Koch, D. J. AU - Rückert, C. AU - Albersmeier, A. AU - Hüser, A. T. AU - Tauch, A. AU - Pühler, A. AU - Kalinowski, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional regulator SsuR activates expression of the Corynebacterium glutamicum sulphonate utilization genes in the absence of sulphate JO - Mol Microbiol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04836.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2005.04836.x ID - Koch2005 ER - TY - JOUR AU - Rey, D. A. AU - Nentwich, S. S. AU - Koch, D. J. AU - Rückert, C. AU - Pühler, A. AU - Tauch, A. AU - Kalinowski, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - The McbR repressor modulated by the effector substance S-adenosylhomocysteine controls directly the transcription of a regulon involved in sulphur metabolism of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 JO - Mol Microbiol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2005.04586.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2005.04586.x ID - Rey2005 ER - TY - JOUR AU - Rückert, C. AU - Koch, D. J. AU - Rey, D. A. AU - Albersmeier, A. AU - Mormann, S. AU - Pühler, A. AU - Kalinowski, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Functional genomics and expression analysis of the Corynebacterium glutamicum fpr2-cysIXHDNYZ gene cluster involved in assimilatory sulphate reduction JO - BMC Genomics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-121 DO - 10.1186/1471-2164-6-121 ID - Rückert2005 ER - TY - JOUR AU - Philippi, S. AU - Köhler, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Addressing the problems with life-science databases for traditional uses and systems biology JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1872 DO - 10.1038/nrg1872 ID - Philippi2006 ER - TY - JOUR AU - Köhler, J. AU - Baumbach, J. AU - Taubert, J. AU - Specht, M. AU - Skusa, A. AU - Rüegg, A. AU - Rawlings, C. AU - Verrier, P. AU - Philippi, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Graph-based analysis and visualization of experimental results with ONDEX JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl081 DO - 10.1093/bioinformatics/btl081 ID - Köhler2006 ER - TY - JOUR AU - Wiley, J. C. AU - Prattipati, M. AU - Lin, C. P. AU - Ladiges, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative Mouse Genomics Centers Consortium: the Mouse Genotype Database JO - Mutat Res VL - 595 UR - https://doi.org/10.1016/j.mrfmmm.2005.11.010 DO - 10.1016/j.mrfmmm.2005.11.010 ID - Wiley2006 ER - TY - STD TI - BioDAS website. http://www.biodas.org/ UR - http://www.biodas.org/ ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Dowell, R. D. AU - Jokerst, R. M. AU - Day, A. AU - Eddy, S. R. AU - Stein, L. PY - 2001 DA - 2001// TI - The distributed annotation system JO - BMC Bioinformatics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-2-7 DO - 10.1186/1471-2105-2-7 ID - Dowell2001 ER - TY - STD TI - MyGrid website. http://www.mygrid.org.uk/ UR - http://www.mygrid.org.uk/ ID - ref18 ER - TY - STD TI - Hull D, Wolstencroft K, Stevens R, Goble C, Pocock MR, Li P, Oinn T: Taverna: a tool for building and running workflows of services. Nucleic Acids Res. 2006, W729-W732. 34 Web Server ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Kawas, E. AU - Senger, M. AU - Wilkinson, M. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - BioMoby extensions to the Taverna workflow management and enactment software JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-523 DO - 10.1186/1471-2105-7-523 ID - Kawas2006 ER - TY - JOUR AU - Curbera, F. AU - Duftler, M. AU - Khalaf, R. AU - Nagy, W. AU - Mukhi, N. AU - Weerawarana, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Unraveling the Web Services Web: An Introduction to SOAP, WSDL, and UDDI JO - IEEE Internet Computing VL - 6 UR - https://doi.org/10.1109/4236.991449 DO - 10.1109/4236.991449 ID - Curbera2002 ER - TY - STD TI - Pillai S, Silventoinen V, Kallio K, Senger M, Sobhany S, Tate J, Velankar S, Golovin A, Henrick K, Rice P, Stoehr P, Lopez R: SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute. Nucleic Acids Res. 2005, W25-W28. 33 Web Server ID - ref22 ER - TY - STD TI - Barthelmes J, Ebeling C, Chang A, Schomburg I, Schomburg D: BRENDA, AMENDA and FRENDA: the enzyme information system in 2007. Nucleic Acids Res. 2007, D511-D514. 35 Database ID - ref23 ER - TY - STD TI - Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M: From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006, D354-D357. 34 Database ID - ref24 ER - TY - CHAP AU - Day-Richter, J. AU - Harris, M. A. AU - Haendel, M. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - OBO-Edit – An Ontology Editor for Biologists BT - Bioinformatics ID - Day-Richter2007 ER - TY - STD TI - Mlecnik B, Scheideler M, Hackl H, Hartler J, Sanchez-Cabo F, Trajanoski Z: PathwayExplorer: web service for visualizing high-throughput expression data on biological pathways. Nucleic Acids Res. 2005, W633-W637. 33 Web Server ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Tauch, A. AU - Trost, E. AU - Bekel, T. AU - Goesmann, A. AU - Ludewig, U. AU - Pühler, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System JO - Biochemica VL - 4 ID - Tauch2006 ER - TY - JOUR AU - Tauch, A. AU - Kaiser, O. AU - Hain, T. AU - Goesmann, A. AU - Weisshaar, B. AU - Albersmeier, A. AU - Bekel, T. AU - Bischoff, N. AU - Brune, I. AU - Chakraborty, T. AU - Kalinowski, J. AU - Meyer, F. AU - Rupp, O. AU - Schneiker, S. AU - Viehoever, P. AU - Pühler, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.13.4671-4682.2005 DO - 10.1128/JB.187.13.4671-4682.2005 ID - Tauch2005 ER - TY - JOUR AU - Salzberg, S. L. AU - Pertea, M. AU - Delcher, A. L. AU - Gardner, M. J. AU - Tettelin, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Interpolated Markov models for eukaryotic gene finding JO - Genomics VL - 59 UR - https://doi.org/10.1006/geno.1999.5854 DO - 10.1006/geno.1999.5854 ID - Salzberg1999 ER - TY - JOUR AU - Badger, J. H. AU - Olsen, G. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - CRITICA: coding region identification tool invoking comparative analysis JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026133 ID - Badger1999 ER - TY - JOUR AU - McHardy, A. C. AU - Goesmann, A. AU - Pühler, A. AU - Meyer, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Development of joint application strategies for two microbial gene finders JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth137 DO - 10.1093/bioinformatics/bth137 ID - McHardy2004 ER - TY - JOUR AU - Krause, L. AU - McHardy, A. C. AU - Nattkemper, T. W. AU - Pühler, A. AU - Stoye, J. AU - Meyer, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - GISMO-gene identification using a support vector machine for ORF classification JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl1083 DO - 10.1093/nar/gkl1083 ID - Krause2007 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schäffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - STD TI - Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bork P, Buillard V, Cerutti L, Copley R, Courcelle E, Das U, Daugherty L, Dibley M, Finn R, Fleischmann W, Gough J, Haft D, Hulo N, Hunter S, Kahn D, Kanapin A, Kejariwal A, Labarga A, Langendijk-Genevaux PS, Lonsdale D, Lopez R, Letunic I, Madera M, Maslen J, McAnulla C, McDowall J, Mistry J, Mitchell A, Nikolskaya AN, Orchard S, Orengo C, Petryszak R, Selengut JD, Sigrist CJA, Thomas PD, Valentin F, Wilson D, Wu CH, Yeats C: New developments in the InterPro database. Nucleic Acids Res. 2007, D224-D228. 35 Database ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Fedorova, N. D. AU - Jackson, J. D. AU - Jacobs, A. R. AU - Kiryutin, B. AU - Koonin, E. V. AU - Krylov, D. M. AU - Mazumder, R. AU - Mekhedov, S. L. AU - Nikolskaya, A. N. AU - Rao, B. S. AU - Smirnov, S. AU - Sverdlov, A. V. AU - Vasudevan, S. AU - Wolf, Y. I. AU - Yin, J. J. AU - Natale, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The COG database: an updated version includes eukaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-41 DO - 10.1186/1471-2105-4-41 ID - Tatusov2003 ER - TY - JOUR AU - Ball, C. A. AU - Sherlock, G. AU - Brazma, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Funding high-throughput data sharing JO - Nat Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0904-1179 DO - 10.1038/nbt0904-1179 ID - Ball2004 ER - TY - JOUR AU - Spellman, P. T. AU - Miller, M. AU - Stewart, J. AU - Troup, C. AU - Sarkans, U. AU - Chervitz, S. AU - Bernhart, D. AU - Sherlock, G. AU - Ball, C. AU - Lepage, M. AU - Swiatek, M. AU - Marks, W. L. AU - Goncalves, J. AU - Markel, S. AU - Iordan, D. AU - Shojatalab, M. AU - Pizarro, A. AU - White, J. AU - Hubley, R. AU - Deutsch, E. AU - Senger, M. AU - Aronow, B. J. AU - Robinson, A. AU - Bassett, D. AU - Stoeckert, C. J. AU - Brazma, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Design and implementation of microarray gene expression markup language (MAGE-ML) JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-9-research0046 DO - 10.1186/gb-2002-3-9-research0046 ID - Spellman2002 ER - TY - STD TI - SOAPlite library website. http://www.soaplite.com UR - http://www.soaplite.com ID - ref39 ER - TY - STD TI - NuSOAP website. http://sourceforge.net/projects/nusoap UR - http://sourceforge.net/projects/nusoap ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Gerstmeir, R. AU - Wendisch, V. F. AU - Schnicke, S. AU - Ruan, H. AU - Farwick, M. AU - Reinscheid, D. AU - Eikmanns, B. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Acetate metabolism and its regulation in Corynebacterium glutamicum JO - J Biotechnol VL - 104 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-1656(03)00167-6 DO - 10.1016/S0168-1656(03)00167-6 ID - Gerstmeir2003 ER - TY - JOUR AU - Kornberg, H. L. PY - 1966 DA - 1966// TI - The role and control of the glyoxylate cycle in Escherichia coli JO - Biochem J VL - 99 UR - https://doi.org/10.1042/bj0990001 DO - 10.1042/bj0990001 ID - Kornberg1966 ER - TY - JOUR AU - Cramer, A. AU - Eikmanns, B. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - RamA, the transcriptional regulator of acetate metabolism in Corynebacterium glutamicum, is subject to negative autoregulation JO - J Mol Microbiol Biotechnol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1159/000096459 DO - 10.1159/000096459 ID - Cramer2007 ER - TY - JOUR AU - Cramer, A. AU - Gerstmeir, R. AU - Schaffer, S. AU - Bott, M. AU - Eikmanns, B. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of RamA, a novel LuxR-type transcriptional regulator of genes involved in acetate metabolism of Corynebacterium glutamicum JO - J Bacteriol VL - 188 UR - https://doi.org/10.1128/JB.188.7.2554-2567.2006 DO - 10.1128/JB.188.7.2554-2567.2006 ID - Cramer2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, H. J. AU - Kim, T. H. AU - Kim, Y. AU - Lee, H. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identification and characterization of glxR, a gene involved in regulation of glyoxylate bypass in Corynebacterium glutamicum JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.11.3453-3460.2004 DO - 10.1128/JB.186.11.3453-3460.2004 ID - Kim2004 ER - TY - JOUR AU - Cramer, A. AU - Auchter, M. AU - Frunzke, J. AU - Bott, M. AU - Eikmanns, B. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - RamB, the transcriptional regulator of acetate metabolism in Corynebacterium glutamicum, is subject to regulation by RamA and RamB JO - J Bacteriol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01061-06 DO - 10.1128/JB.01061-06 ID - Cramer2007 ER - TY - JOUR AU - Engels, V. AU - Wendisch, V. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The DeoR-type regulator SugR represses expression of ptsG in Corynebacterium glutamicum JO - J Bacteriol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01596-06 DO - 10.1128/JB.01596-06 ID - Engels2007 ER -