TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Breitkreutz, B. J. AU - Stark, C. AU - Tyers, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Osprey: a network visualization system JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-3-r22 DO - 10.1186/gb-2003-4-3-r22 ID - Breitkreutz2003 ER - TY - JOUR AU - Hooper, S. D. AU - Bork, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Medusa: a simple tool for interaction graph analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti696 DO - 10.1093/bioinformatics/bti696 ID - Hooper2005 ER - TY - JOUR AU - Iragne, F. AU - Nikolski, M. AU - Mathieu, B. AU - Auber, D. AU - Sherman, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - ProViz: protein interaction visualization and exploration JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth494 DO - 10.1093/bioinformatics/bth494 ID - Iragne2005 ER - TY - JOUR AU - Batada, N. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - CNplot: visualizing pre-clustered networks JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth080 DO - 10.1093/bioinformatics/bth080 ID - Batada2004 ER - TY - JOUR AU - Kohler, J. AU - Baumbach, J. AU - Taubert, J. AU - Specht, M. AU - Skusa, A. AU - Ruegg, A. AU - Rawlings, C. AU - Verrier, P. AU - Philippi, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Graph-based analysis and visualization of experimental results with ONDEX JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl081 DO - 10.1093/bioinformatics/btl081 ID - Kohler2006 ER - TY - JOUR AU - Thimm, O. AU - Blasing, O. AU - Gibon, Y. AU - Nagel, A. AU - Meyer, S. AU - Kruger, P. AU - Selbig, J. AU - Muller, L. A. AU - Rhee, S. Y. AU - Stitt, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - MAPMAN: a user-driven tool to display genomics data sets onto diagrams of metabolic pathways and other biological processes JO - Plant J VL - 37 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02016.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02016.x ID - Thimm2004 ER - TY - JOUR AU - Batagelj, V. AU - Mrvar, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - Pajek – Program for Large Network Analysis JO - Connections VL - 21 ID - Batagelj1998 ER - TY - JOUR AU - Pinney, J. W. AU - Shirley, M. W. AU - McConkey, G. A. AU - Westhead, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - metaSHARK: software for automated metabolic network prediction from DNA sequence and its application to the genomes of Plasmodium falciparum and Eimeria tenella JO - Nucleic acids research VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki285 DO - 10.1093/nar/gki285 ID - Pinney2005 ER - TY - JOUR AU - Freeman, T. C. AU - Goldovsky, L. AU - Brosch, M. AU - van Dongen, S. AU - Maziere, P. AU - Grocock, R. J. AU - Freilich, S. AU - Thornton, J. AU - Enright, A. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Construction, visualisation, and clustering of transcription networks from microarray expression data JO - PLoS computational biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030206 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030206 ID - Freeman2007 ER - TY - JOUR AU - Kumar, S. AU - Tamura, K. AU - Nei, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers JO - Comput Appl Biosci VL - 10 ID - Kumar1994 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Dudley, J. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 JO - Molecular Biology and Evolution VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm092 DO - 10.1093/molbev/msm092 ID - Tamura2007 ER - TY - JOUR AU - Seo, J. AU - Shneiderman, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Interactively Exploring Hierarchical Clustering Results JO - IEEE Computer VL - 35 UR - https://doi.org/10.1109/MC.2002.1016905 DO - 10.1109/MC.2002.1016905 ID - Seo2002 ER - TY - CHAP AU - Tanimoto, T. T. PY - 1957 DA - 1957// TI - Tanimoto BT - IBM Internal Report, November 17 ID - Tanimoto1957 ER - TY - JOUR AU - Erhardt, R. A. AU - Schneider, R. AU - Blaschke, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Status of text-mining techniques applied to biomedical text JO - Drug Discov Today VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.drudis.2006.02.011 DO - 10.1016/j.drudis.2006.02.011 ID - Erhardt2006 ER - TY - JOUR AU - Fruchterman, T. M. J. AU - Reingold, E. M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Graph Drawing by Force-Directed Placement JO - Software, Practice and Experience VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/spe.4380211102 DO - 10.1002/spe.4380211102 ID - Fruchterman1991 ER - TY - CHAP AU - Crippen, G. M. AU - Havel, T. F. PY - 1988 DA - 1988// BT - Distance Geometry and Molecular Conformation PB - Wiley CY - New York ID - Crippen1988 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Joslyn, C. A. AU - Mniszewski, S. M. AU - Fulmer, A. AU - Heaton, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - The gene ontology categorizer JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth921 DO - 10.1093/bioinformatics/bth921 ID - Joslyn2004 ER - TY - CHAP AU - MacQueen, J. B. PY - 1967 DA - 1967// TI - Kmeans Some Methods for classification and Analysis of Multivariate Observations BT - 5-th Berkeley Symposium on Mathematical Statistics and Probability: 1967 PB - University of California Press CY - Berkeley ID - MacQueen1967 ER - TY - JOUR AU - Frey, B. J. AU - Dueck, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clustering by passing messages between data points JO - Science VL - 315 UR - https://doi.org/10.1126/science.1136800 DO - 10.1126/science.1136800 ID - Frey2007 ER - TY - JOUR AU - Enright, A. J. AU - van Dongen, S. AU - Ouzounis, C. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - An efficient algorithm for large-scale detection of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.7.1575 DO - 10.1093/nar/30.7.1575 ID - Enright2002 ER - TY - JOUR AU - Johnson, S. C. PY - 1967 DA - 1967// TI - Hierarchical Clustering Schemes JO - Psychometrika VL - 2 UR - https://doi.org/10.1007/BF02289588 DO - 10.1007/BF02289588 ID - Johnson1967 ER - TY - JOUR AU - D'andrade, R. PY - 1978 DA - 1978// TI - U-Statistic Hierarchical Clustering JO - Psychometrika VL - 4 ID - D'andrade1978 ER - TY - JOUR AU - Saitou, N. M. PY - 1987 DA - 1987// TI - The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees JO - Mol Biol Evol VL - 4 ID - Saitou1987 ER - TY - CHAP AU - Sneath, P. H. A. AU - Sokal, R. R. PY - 1973 DA - 1973// TI - Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean BT - Numerical Taxonomy PB - Freeman CY - San Francisco ID - Sneath1973 ER - TY - JOUR AU - Shatkay, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Hairpins in bookstacks: information retrieval from biomedical text JO - Brief Bioinform VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/bib/6.3.222 DO - 10.1093/bib/6.3.222 ID - Shatkay2005 ER - TY - STD TI - The Newick tree format. 2005, http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html UR - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Letunic, I. AU - Bork, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl529 DO - 10.1093/bioinformatics/btl529 ID - Letunic2007 ER - TY - JOUR AU - Etzold, T. AU - Argos, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - SRS – an indexing and retrieval tool for flat file data libraries JO - Computer Applications in the Biosciences VL - 9 ID - Etzold1993 ER - TY - JOUR AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Kuhn, M. AU - Chaffron, S. AU - Doerks, T. AU - Krüger, B. AU - Snel, B. AU - Bork, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - STRING 7-recent developments in the integration and prediction of protein interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl825 DO - 10.1093/nar/gkl825 ID - von Mering2006 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic acids research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - CHAP AU - Hucka, M. AU - Finney, A. AU - Sauro, H. M. AU - Bolouri, H. AU - Doyle, J. C. AU - Kitano, H. AU - Arkin, A. P. AU - Bornstein, B. J. AU - Bray, D. AU - Cornish-Bowden, A. AU - Cuellar, A. A. AU - Dronov, S. AU - Apweiler, R. AU - Bairoch, A. AU - Wu, C. H. AU - Barker, W. C. AU - Boeckmann, B. AU - Gasteiger, E. AU - Huang, H. AU - Magrane, M. AU - Martin, M. J. AU - Natale, D. A. AU - O'Donovan, C. AU - Redaschi, N. AU - Yeh, L. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - UniProt: the Universal Protein knowledgebase BT - Nucleic acids research ID - Hucka2004 ER - TY - JOUR AU - Hucka, M. AU - Finney, A. AU - Sauro, H. M. AU - Bolouri, H. AU - Doyle, J. C. AU - Kitano, H. AU - Arkin, A. P. AU - Bornstein, B. J. AU - Bray, D. AU - Cornish-Bowden, A. AU - Cuellar, A. A. AU - Dronov, S. AU - Gilles, E. D. AU - Ginkel, M. AU - Gor, V. AU - Goryanin, I. I. AU - Hedley, W. J. AU - Hodgman, T. C. AU - Hofmeyr, J. H. AU - Hunter, P. J. AU - Juty, N. S. AU - Kasberger, J. L. AU - Kremling, A. AU - Kummer, U. AU - Le Novere, N. AU - Loew, L. M. AU - Lucio, D. AU - Mendes, P. AU - Minch, E. AU - Mjolsness, E. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg015 DO - 10.1093/bioinformatics/btg015 ID - Hucka2003 ER - TY - JOUR AU - Hermjakob, H. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Bader, G. AU - Wojcik, J. AU - Salwinski, L. AU - Ceol, A. AU - Moore, S. AU - Orchard, S. AU - Sarkans, U. AU - von Mering, C. AU - Roechert, B. AU - Poux, S. AU - Jung, E. AU - Mersch, H. AU - Kersey, P. AU - Lappe, M. AU - Li, Y. AU - Zeng, R. AU - Rana, D. AU - Nikolski, M. AU - Husi, H. AU - Brun, C. AU - Shanker, K. AU - Grant, S. G. AU - Sander, C. AU - Bork, P. AU - Zhu, W. AU - Pandey, A. AU - Brazma, A. AU - Jacq, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - The HUPO PSI's molecular interaction format – a community standard for the representation of protein interaction data JO - Nat Biotechnol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nbt926 DO - 10.1038/nbt926 ID - Hermjakob2004 ER -