Table 1 Hyperarcs of the logical model

-> c-Met

-> HGF

-> H. pylori

-> PIP2

-> PTEN

ATF2 ->

α-catenin/β-catenin/E-cadherin ->

Calpain ->

c-Myc ->

Elk1 ->

ETS1 ->

NF-κB ->

Talin ->

c-Jun ->

STAT3 ->

01.) HGF· c-Met -> HGF/c-Met

02.) HGF/c-Met -> Gab1

03.) Gab1 -> SHP2

04.) HGF/c-Met -> SHP2

05.) HGF/c-Met -> Grb2

06.) Gab1 -> PI3K

07.) HGF/c-Met -> c-Cbl

08.) c-Cbl -> PI3K

09.) Gab1 -> Crk/CrkL

10.) HGF/c-Met -> Shc1

11.) Shc1 -> Grb2

12.) c-Cbl -> Crk/CrkL

13.) Crk/CrkL -> DOCK180

14.) DOCK180 -> Rac1

15.) RAC1 -> STAT3

16.) HGF/c-Met -> STAT3

17.) PI3K -> ILK

18.) !PTEN· PI3K· PIP2 -> PIP3

19.) PIP3 -> PDK1

20.) PDK1· ILK -> AKT1

21.) AKT1 -> RAC1

22.) AKT1 -> PAK1

23.) Rac1 -> PAK1

24.) Rac1· Calmodulin -> IQGAP-1

25.) PAK1 -> MKK4

26.) MKK4 -> JNK

27.) JNK -> c-JUN

28.) JNK -> ELK1

29.) JNK -> ATF2

30.) PAK1 -> IKK

31.) !IKK -> IκBα

32.) !IκBα -> NF-κB

33.) !SHP2· Gab1 -> RasGAP

34.) Grb2 -> SOS1

35.) !RasGAP· SOS1 -> Ras

36.) Ras -> Raf1

37.) Raf1 -> MEK

38.) MEK -> ERK1/2

39.) ERK1/2 -> ELK1

40.) ERK1/2 -> c-Myc

41.) ERK1/2 -> ETS

42.) Gab1 -> PLCγ1

43.) PLCγ1· PIP2 -> IP3

44.) PLCγ1· PIP2 -> DAG

45.) IP3 -> Ca²⁺

46.) DAG· Ca²⁺ -> PKCα

47.) PKCα -> Raf1

48.) Ca²⁺ -> Calmodulin

49.) !IQGAP-1 -> α-catenin/β-catenin/E-cadherin

50.) c-SRC· FYN· H. pylori -> CagA

51.) !H. pylori -> CSK

52.) CagA -> CSK

53.) !CSK -> c-SRC

54.) !CSK -> FYN

55.) CagA -> Crk/CrkL

56.) CagA -> SHP2

57.) !SHP2 -> FAK

58.) FAK -> PIPKIγ661

59.) PIPKIγ661 -> Talin

60.) FAK· ERK1/2 -> Calpain 2

61.) CagA· c-Met -> CagA/c-Met

62.) CagA/c-Met -> PLCγ1