TY - JOUR AU - Wang, L. AU - Tu, Z. AU - Sun, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - A network-based integrative approach to prioritize reliable hits from multiple genome-wide RNAi screens in Drosophila JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-220 DO - 10.1186/1471-2164-10-220 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Fromont-Racine, M. AU - Rain, J. C. AU - Legrain, P. PY - 1997 DA - 1997// TI - Toward a functional analysis of the yeast genome through exhaustive two-hybrid screens JO - Nat Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/ng0797-277 DO - 10.1038/ng0797-277 ID - Fromont-Racine1997 ER - TY - JOUR AU - Uetz, P. AU - Giot, L. AU - Cagney, G. AU - Mansfield, T. A. AU - Judson, R. S. AU - Knight, J. R. AU - Lockshon, D. AU - Narayan, V. AU - Srinivasan, M. AU - Pochart, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35001009 DO - 10.1038/35001009 ID - Uetz2000 ER - TY - JOUR AU - Walhout, A. J. AU - Sordella, R. AU - Lu, X. AU - Hartley, J. L. AU - Temple, G. F. AU - Brasch, M. A. AU - Thierry-Mieg, N. AU - Vidal, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Protein interaction mapping in C. elegans using proteins involved in vulval development JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5450.116 DO - 10.1126/science.287.5450.116 ID - Walhout2000 ER - TY - JOUR AU - Ito, T. AU - Chiba, T. AU - Ozawa, R. AU - Yoshida, M. AU - Hattori, M. AU - Sakaki, Y. PY - 2001 DA - 2001// TI - A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.061034498 DO - 10.1073/pnas.061034498 ID - Ito2001 ER - TY - JOUR AU - Giot, L. AU - Bader, J. S. AU - Brouwer, C. AU - Chaudhuri, A. AU - Kuang, B. AU - Li, Y. AU - Hao, Y. L. AU - Ooi, C. E. AU - Godwin, B. AU - Vitols, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - A protein interaction map of Drosophila melanogaster JO - Science VL - 302 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090289 DO - 10.1126/science.1090289 ID - Giot2003 ER - TY - JOUR AU - Reboul, J. AU - Vaglio, P. AU - Rual, J. F. AU - Lamesch, P. AU - Martinez, M. AU - Armstrong, C. M. AU - Li, S. AU - Jacotot, L. AU - Bertin, N. AU - Janky, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1140 DO - 10.1038/ng1140 ID - Reboul2003 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Armstrong, C. M. AU - Bertin, N. AU - Ge, H. AU - Milstein, S. AU - Boxem, M. AU - Vidalain, P. O. AU - Han, J. D. AU - Chesneau, A. AU - Hao, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - A map of the interactome network of the metazoan C. elegans JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1091403 DO - 10.1126/science.1091403 ID - Li2004 ER - TY - JOUR AU - Colland, F. AU - Jacq, X. AU - Trouplin, V. AU - Mougin, C. AU - Groizeleau, C. AU - Hamburger, A. AU - Meil, A. AU - Wojcik, J. AU - Legrain, P. AU - Gauthier, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Functional proteomics mapping of a human signaling pathway JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2334104 DO - 10.1101/gr.2334104 ID - Colland2004 ER - TY - JOUR AU - Rual, J. F. AU - Venkatesan, K. AU - Hao, T. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Dricot, A. AU - Li, N. AU - Berriz, G. F. AU - Gibbons, F. D. AU - Dreze, M. AU - Ayivi-Guedehoussou, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network JO - Nature VL - 437 UR - https://doi.org/10.1038/nature04209 DO - 10.1038/nature04209 ID - Rual2005 ER - TY - JOUR AU - Stelzl, U. AU - Worm, U. AU - Lalowski, M. AU - Haenig, C. AU - Brembeck, F. H. AU - Goehler, H. AU - Stroedicke, M. AU - Zenkner, M. AU - Schoenherr, A. AU - Koeppen, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome JO - Cell VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.08.029 DO - 10.1016/j.cell.2005.08.029 ID - Stelzl2005 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. AU - Braun, P. AU - Yildirim, M. A. AU - Lemmens, I. AU - Venkatesan, K. AU - Sahalie, J. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Gebreab, F. AU - Li, N. AU - Simonis, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-quality binary protein interaction map of the yeast interactome network JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1158684 DO - 10.1126/science.1158684 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Smith, T. F. AU - Waterman, M. S. PY - 1981 DA - 1981// TI - Identification of common molecular subsequences JO - J Mol Biol VL - 147 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(81)90087-5 DO - 10.1016/0022-2836(81)90087-5 ID - Smith1981 ER - TY - JOUR AU - Goffard, N. AU - Garcia, V. AU - Iragne, F. AU - Groppi, A. AU - de Daruvar, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - IPPRED: server for proteins interactions inference JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg091 DO - 10.1093/bioinformatics/btg091 ID - Goffard2003 ER - TY - JOUR AU - Han, K. AU - Park, B. AU - Kim, H. AU - Hong, J. AU - Park, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - HPID: the Human Protein Interaction Database JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth253 DO - 10.1093/bioinformatics/bth253 ID - Han2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. W. AU - Tien, A. C. AU - Huang, W. S. AU - Lee, Y. C. AU - Peng, C. L. AU - Tseng, H. H. AU - Kao, C. Y. AU - Huang, C. Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - POINT: a database for the prediction of protein-protein interactions based on the orthologous interactome JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth366 DO - 10.1093/bioinformatics/bth366 ID - Huang2004 ER - TY - JOUR AU - Lehner, B. AU - Fraser, A. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - A first-draft human protein-interaction map JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-9-r63 DO - 10.1186/gb-2004-5-9-r63 ID - Lehner2004 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. R. AU - Jurisica, I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online predicted human interaction database JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti273 DO - 10.1093/bioinformatics/bti273 ID - Brown2005 ER - TY - JOUR AU - Persico, M. AU - Ceol, A. AU - Gavrila, C. AU - Hoffmann, R. AU - Florio, A. AU - Cesareni, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - HomoMINT: an inferred human network based on orthology mapping of protein interactions discovered in model organisms JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-S4-S21 DO - 10.1186/1471-2105-6-S4-S21 ID - Persico2005 ER - TY - JOUR AU - Rhodes, D. R. AU - Tomlins, S. A. AU - Varambally, S. AU - Mahavisno, V. AU - Barrette, T. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Ghosh, D. AU - Pandey, A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Probabilistic model of the human protein-protein interaction network JO - Nat Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1103 DO - 10.1038/nbt1103 ID - Rhodes2005 ER - TY - JOUR AU - Michaut, M. AU - Kerrien, S. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Chauvat, F. AU - Cassier-Chauvat, C. AU - Aude, J. C. AU - Legrain, P. AU - Hermjakob, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - InteroPORC: automated inference of highly conserved protein interaction networks JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn249 DO - 10.1093/bioinformatics/btn249 ID - Michaut2008 ER - TY - JOUR AU - Jensen, L. J. AU - Kuhn, M. AU - Stark, M. AU - Chaffron, S. AU - Creevey, C. AU - Muller, J. AU - Doerks, T. AU - Julien, P. AU - Roth, A. AU - Simonovic, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn760 DO - 10.1093/nar/gkn760 ID - Jensen2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, T. W. AU - Lin, C. Y. AU - Kao, C. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reconstruction of human protein interolog network using evolutionary conserved network JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-152 DO - 10.1186/1471-2105-8-152 ID - Huang2007 ER - TY - JOUR AU - Vilella, A. J. AU - Severin, J. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Heng, L. AU - Durbin, R. AU - Birney, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - EnsemblCompara GeneTrees: Complete, duplication-aware phylogenetic trees in vertebrates JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.073585.107 DO - 10.1101/gr.073585.107 ID - Vilella2009 ER - TY - JOUR AU - Oti, M. AU - Snel, B. AU - Huynen, M. A. AU - Brunner, H. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Predicting disease genes using protein-protein interactions JO - J Med Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1136/jmg.2006.041376 DO - 10.1136/jmg.2006.041376 ID - Oti2006 ER - TY - JOUR AU - Goh, K. I. AU - Cusick, M. E. AU - Valle, D. AU - Childs, B. AU - Vidal, M. AU - Barabasi, A. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human disease network JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0701361104 DO - 10.1073/pnas.0701361104 ID - Goh2007 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Espadaler, J. AU - Romero-Isart, O. AU - Jackson, R. M. AU - Oliva, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prediction of protein-protein interactions using distant conservation of sequence patterns and structure relationships JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti522 DO - 10.1093/bioinformatics/bti522 ID - Espadaler2005 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. AU - Luscombe, N. M. AU - Lu, H. X. AU - Zhu, X. AU - Xia, Y. AU - Han, J. D. AU - Bertin, N. AU - Chung, S. AU - Vidal, M. AU - Gerstein, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Annotation transfer between genomes: protein-protein interologs and protein-DNA regulogs JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1774904 DO - 10.1101/gr.1774904 ID - Yu2004 ER - TY - JOUR AU - Cusick, M. E. AU - Yu, H. AU - Smolyar, A. AU - Venkatesan, K. AU - Carvunis, A. R. AU - Simonis, N. AU - Rual, J. F. AU - Borick, H. AU - Braun, P. AU - Dreze, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Literature-curated protein interaction datasets JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1284 DO - 10.1038/nmeth.1284 ID - Cusick2009 ER - TY - JOUR AU - Newman, M. E. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The structure and function of complex networks JO - SIAM Review VL - 45 UR - https://doi.org/10.1137/S003614450342480 DO - 10.1137/S003614450342480 ID - Newman2003 ER - TY - JOUR AU - Wiles, A. M. AU - Ravi, D. AU - Bhavani, S. AU - Bishop, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - An analysis of normalization methods for Drosophila RNAi genomic screens and development of a robust validation scheme JO - J Biomol Screen VL - 13 UR - https://doi.org/10.1177/1087057108323125 DO - 10.1177/1087057108323125 ID - Wiles2008 ER - TY - JOUR AU - Ravi, D. AU - Wiles, A. M. AU - Bhavani, S. AU - Ruan, J. AU - Leder, P. AU - Bishop, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A network of conserved damage survival pathways revealed by a genomic RNAi screen JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000527 DO - 10.1371/journal.pgen.1000527 ID - Ravi2009 ER - TY - JOUR AU - Nakagawa, T. AU - Shirane, M. AU - Iemura, S. AU - Natsume, T. AU - Nakayama, K. I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Anchoring of the 26S proteasome to the organellar membrane by FKBP38 JO - Genes Cells VL - 12 ID - Nakagawa2007 ER - TY - JOUR AU - Caldarola, S. AU - De Stefano, M. C. AU - Amaldi, F. AU - Loreni, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Synthesis and function of ribosomal proteins--fading models and new perspectives JO - FEBS J VL - 276 UR - https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2009.07036.x DO - 10.1111/j.1742-4658.2009.07036.x ID - Caldarola2009 ER - TY - JOUR AU - Kim, Y. J. AU - Lis, J. T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Interactions between subunits of Drosophila Mediator and activator proteins JO - Trends Biochem Sci VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibs.2005.03.010 DO - 10.1016/j.tibs.2005.03.010 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Braun, P. AU - Tasan, M. AU - Dreze, M. AU - Barrios-Rodiles, M. AU - Lemmens, I. AU - Yu, H. AU - Sahalie, J. M. AU - Murray, R. R. AU - Roncari, L. AU - de Smet, A. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - An experimentally derived confidence score for binary protein-protein interactions JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1281 DO - 10.1038/nmeth.1281 ID - Braun2009 ER - TY - JOUR AU - Smith, E. AU - Morowitz, H. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Universality in intermediary metabolism JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0404922101 DO - 10.1073/pnas.0404922101 ID - Smith2004 ER - TY - JOUR AU - Elofsson, A. AU - von Heijne, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Membrane protein structure: prediction versus reality JO - Annu Rev Biochem VL - 76 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.76.052705.163539 DO - 10.1146/annurev.biochem.76.052705.163539 ID - Elofsson2007 ER - TY - JOUR AU - Gandhi, T. K. AU - Zhong, J. AU - Mathivanan, S. AU - Karthick, L. AU - Chandrika, K. N. AU - Mohan, S. S. AU - Sharma, S. AU - Pinkert, S. AU - Nagaraju, S. AU - Periaswamy, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of the human protein interactome and comparison with yeast, worm and fly interaction datasets JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1747 DO - 10.1038/ng1747 ID - Gandhi2006 ER - TY - JOUR AU - Venkatesan, K. AU - Rual, J. F. AU - Vazquez, A. AU - Stelzl, U. AU - Lemmens, I. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Hao, T. AU - Zenkner, M. AU - Xin, X. AU - Goh, K. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - An empirical framework for binary interactome mapping JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1280 DO - 10.1038/nmeth.1280 ID - Venkatesan2009 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, A. S. AU - Yu, J. AU - Gardenour, K. R. AU - Finley, R. L. AU - Ideker, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Cost-effective strategies for completing the interactome JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1283 DO - 10.1038/nmeth.1283 ID - Schwartz2009 ER - TY - JOUR AU - Berriz, G. F. AU - King, O. D. AU - Bryant, B. AU - Sander, C. AU - Roth, F. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Characterizing gene sets with FuncAssociate JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg363 DO - 10.1093/bioinformatics/btg363 ID - Berriz2003 ER - TY - JOUR AU - Hermjakob, H. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Lewington, C. AU - Mudali, S. AU - Kerrien, S. AU - Orchard, S. AU - Vingron, M. AU - Roechert, B. AU - Roepstorff, P. AU - Valencia, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - IntAct: an open source molecular interaction database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh052 DO - 10.1093/nar/gkh052 ID - Hermjakob2004 ER - TY - JOUR AU - Xenarios, I. AU - Salwinski, L. AU - Duan, X. J. AU - Higney, P. AU - Kim, S. M. AU - Eisenberg, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - DIP, the Database of Interacting Proteins: a research tool for studying cellular networks of protein interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.303 DO - 10.1093/nar/30.1.303 ID - Xenarios2002 ER - TY - JOUR AU - Alfarano, C. AU - Andrade, C. E. AU - Anthony, K. AU - Bahroos, N. AU - Bajec, M. AU - Bantoft, K. AU - Betel, D. AU - Bobechko, B. AU - Boutilier, K. AU - Burgess, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki051 DO - 10.1093/nar/gki051 ID - Alfarano2005 ER - TY - JOUR AU - Maglott, D. AU - Ostell, J. AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Entrez Gene: gene-centered information at NCBI JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl993 DO - 10.1093/nar/gkl993 ID - Maglott2007 ER - TY - STD TI - The Drosophila Gateway Vector Collection. http://www.ciwemb.edu/labs/murphy/Gateway%20vectors.html UR - http://www.ciwemb.edu/labs/murphy/Gateway%20vectors.html ID - ref49 ER -