Parameter inference for discretely observed stochastic kinetic models using stochastic gradient descent

BMC Systems Biology

Table 3 Parameter inference result for auto-regulatory gene network model (Partially observed case)

k ₁	k ₂	k ₃	k ₄	k ₅	k ₆	k ₇	k ₈	Average % Err.
*(0.1	0.7	0.35	0.3	0.1	0.9	0.2	0.1)
0.102	0.47	0.44	0.214	0.040	0.326	0.400	0.156	46.1
0.090	0.70	0.440	0.348	0.052	0.483	0.263	0.119	24.6
0.125	0.91	0.402	0.316	0.077	0.78	0.230	0.097	16.2
0.188	0.64	0.413	0.250	0.072	0.64	0.43	0.196	49.9
0.078	0.76	0.350	0.300	0.103	0.88	0.188	0.097	5.6
0.108	0.41	0.303	0.247	0.131	0.955	0.214	0.107	16.5
0.079	0.56	0.383	0.332	0.073	0.82	0.228	0.099	14.0
0.123	0.41	0.55	0.386	0.079	0.87	0.213	0.085	24.5
0.103	0.81	0.419	0.421	0.102	1.04	0.142	0.097	16.0
0.075	0.75	0.37	0.30	0.13	0.96	0.25	0.11	13.7

* True values
Datasets D₁*-D₁₀* correspond to D₁-D₁₀ in Table 3 but with speices mRNA, P and P₂ only.
Average % Err. ≡ ⟨|k_i- k_{i, true}|/k_{i, true}⟩_i

ISSN: 1752-0509