TY - JOUR AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network biology: understanding the cell's functional organization JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1272 DO - 10.1038/nrg1272 ID - Barabasi2004 ER - TY - JOUR AU - Tyson, J. J. AU - Chen, A. K. AU - Novak, B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Network dynamics and cell physiology JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35103078 DO - 10.1038/35103078 ID - Tyson2001 ER - TY - JOUR AU - Eldar, A. AU - Dorfman, R. AU - Weiss, D. AU - Ashe, H. AU - Shilo, B. AU - Barkai, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Robustness of the BMP morphogen gradient in Drosophila embryonic patterning JO - Nature VL - 419 UR - https://doi.org/10.1038/nature01061 DO - 10.1038/nature01061 ID - Eldar2002 ER - TY - JOUR AU - Albert, R. AU - Othmer, H. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - The topology of the regulatory interactions predicts the expression pattern of the Drosophila segment polarity genes JO - J Theor Biol VL - 223 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-5193(03)00035-3 DO - 10.1016/S0022-5193(03)00035-3 ID - Albert2003 ER - TY - JOUR AU - Bornholdt, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Less is more in Modeling Large Genetic Networks JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1119959 DO - 10.1126/science.1119959 ID - Bornholdt2005 ER - TY - JOUR AU - Tyson, J. J. AU - Chen, J. C. AU - Novak, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Sniffers, buffers, toggles and blinkers: dynamics of regulatory and signaling pathways in the cell JO - Curr Opin Cell Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/S0955-0674(03)00017-6 DO - 10.1016/S0955-0674(03)00017-6 ID - Tyson2003 ER - TY - JOUR AU - Kuepfer, L. AU - Peter, M. AU - Sauer, U. AU - Stelling, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Ensemble modeling for analysis of cell signaling dynamics JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1330 DO - 10.1038/nbt1330 ID - Kuepfer2007 ER - TY - JOUR AU - Prinz, A. A. AU - Bucher, D. AU - Marder, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Similar network activity from disparate circuit parameters JO - Nat Neurosci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nn1352 DO - 10.1038/nn1352 ID - Prinz2004 ER - TY - JOUR AU - Gutenkunst, R. N. AU - Waterfall, J. J. AU - Casey, F. P. AU - Brown, K. S. AU - Myers, C. R. AU - Sethna, J. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Universally Sloppy Parameter Sensitivities in Systems Biology Models JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030189 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030189 ID - Gutenkunst2007 ER - TY - JOUR AU - Saez-Rodriguez, J. AU - Kremling, A. AU - Conzelmann, H. AU - Bettenbrock, K. AU - Gilles, E. D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Modular analysis of signal transduction networks JO - IEEE Contr Syst Mag VL - 24 UR - https://doi.org/10.1109/MCS.2004.1316652 DO - 10.1109/MCS.2004.1316652 ID - Saez-Rodriguez2004 ER - TY - JOUR AU - Sorensen, M. E. AU - DeWeerth, S. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - An algorithmic method for reducing conductance-based neuron models JO - Biol Cybern VL - 95 UR - https://doi.org/10.1007/s00422-006-0076-6 DO - 10.1007/s00422-006-0076-6 ID - Sorensen2006 ER - TY - JOUR AU - Davidich, M. AU - Bornholdt, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - The transition from differential equations to Boolean networks: a case study in simplifying a regulatory network model JO - J Theor Biol VL - 255 UR - https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2008.07.020 DO - 10.1016/j.jtbi.2008.07.020 ID - Davidich2008 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, H. AU - Madsen, M. F. AU - Danø, S. AU - Cedersund, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Complexity reduction of biochemical rate expressions JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn035 DO - 10.1093/bioinformatics/btn035 ID - Schmidt2008 ER - TY - CHAP AU - Radulescu, O. AU - Gorban, A. N. AU - Zinovyev, A. AU - Lilienbaum, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Robust simplifications of multiscale biochemical networks BT - BMC Syst Biol ID - Radulescu2008 ER - TY - JOUR AU - Eriksson, O. AU - Zhou, B. Y. B. a. n. d. AU - Björkegren, J. AU - Tegnér, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Deconstructing the core dynamics from a complex time-lagged regulatory biological circuit JO - IET Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1049/iet-syb.2007.0028 DO - 10.1049/iet-syb.2007.0028 ID - Eriksson2009 ER - TY - JOUR AU - Feret, J. AU - Danos, V. AU - Krivine, J. AU - Harmer, R. AU - Fontana, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Internal coarse-graining of molecular systems JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0809908106 DO - 10.1073/pnas.0809908106 ID - Feret2009 ER - TY - JOUR AU - Okino, M. S. AU - Mavrovouniotis, M. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Simplification of Mathematical Models of Chemical Reaction Systems JO - Chem Rev VL - 98 UR - https://doi.org/10.1021/cr950223l DO - 10.1021/cr950223l ID - Okino1998 ER - TY - JOUR AU - Crudu, A. AU - Debussche, A. AU - Radulescu, O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks JO - BMC Syst Biol VL - 3 ID - Crudu2009 ER - TY - JOUR AU - Novak, B. AU - Pataki, Z. AU - Ciliberto, A. AU - Tyson, J. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mathematical model of the cell division cycle of fission yeast JO - Chaos VL - 11 UR - https://doi.org/10.1063/1.1345725 DO - 10.1063/1.1345725 ID - Novak2001 ER - TY - CHAP AU - Campolongo, F. AU - Saltelli, A. AU - Sorensen, T. AU - Tarantolo, S. ED - Saltelli, A. ED - Chan, K. ED - Scott, E. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Hitchhiker's Guide to Sensitivity Analysis BT - Sensitivity Analysis PB - Sons Ltd CY - Chichester, UK ID - Campolongo2000 ER - TY - CHAP AU - Tegnér, J. AU - Compte, A. AU - Auffray, C. AU - An, G. AU - Cedersund, G. AU - Clermont, G. AU - Gutkin, B. AU - Oltvai, Z. AU - Stephan, K. AU - Thomas, R. AU - Villoslada, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Computational disease modeling - fact or fiction? BT - BMC Syst Biol ID - Tegnér2009 ER - TY - JOUR AU - Clermont, G. AU - Auffray, C. AU - Moreau, Y. AU - Rocke, D. AU - Dalevi, D. AU - Dubhashi, D. AU - Marshall, D. AU - Raasch, P. AU - Dehne, F. AU - Provero, P. AU - Tegner, J. AU - Aronow, B. AU - Langston, M. AU - M, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bridging the gap between systems biology and medicine JO - Genome Med VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/gm88 DO - 10.1186/gm88 ID - Clermont2009 ER - TY - JOUR AU - Tyson, J. J. AU - Csikasz-Nagy, A. AU - Novak, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - The dynamics of cell cycle regulation JO - BioEssays VL - 24 UR - https://doi.org/10.1002/bies.10191 DO - 10.1002/bies.10191 ID - Tyson2002 ER - TY - CHAP AU - Hlavacek, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - How to deal with large models? BT - Mol Syst Biol ID - Hlavacek2009 ER -