From: Stochastic simulations of the tetracycline operon
Number
Reaction
1
2 T e t R ⇌ k 2 k 1 T e t R 2
2
T e t R 2 + t e t O 1 ⇌ k 4 k 3 T e t R 2 : t e t O 1
3
T e t R 2 + t e t O 2 ⇌ k 6 k 5 T e t R 2 : t e t O 2
4
T e t R 2 + n s D N A ⇌ k 8 k 7 T e t R 2 : n s D N A
5
T c E x → k 9 T c
6
T e t R 2 + T c ⇌ k 11 k 10 T e t R 2 : T c
7
T e t R 2 : T c + T c ⇌ k 13 k 12 T e t R 2 : T c 2
8
T e t R 2 : t e t O 1 + T c ⇌ k 15 k 14 T e t R 2 : t e t O 1 : T c
9
T e t R 2 : t e t O 1 : T c + T c ⇌ k 17 k 16 T e t R 2 : t e t O 1 : T c 2
10
T e t R 2 : t e t O 1: T c 2 ⇌ k 19 k 18 T e t R 2 : T c 2 + t e t O 1
11
T e t R 2 : t e t O 2 + T c ⇌ k 21 k 20 T e t R 2 : t e t O 2 : T c
12
T e t R 2 : t e t O 2 : T c + T c ⇌ k 23 k 22 T e t R 2 : t e t O 2 : T c 2
13
T e t R 2 : t e t O 2 : T c 2 ⇌ k 25 k 24 T e t R 2 : T c 2 + t e t O 2
14
R N A p + C o m p l e x ⇌ k 27 k 26 R N A p : [ t e t P R 1 ] : t e t P R 2 : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2
15
R N A p : [ t e t P R 1 ] : t e t P R 2 : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2 → k 28 R N A p * : [ t e t P R 1 ] : t e t P R 2 : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2
16
R N A p * : [ t e t P R 1 ] : t e t P R 2 : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2 → k 29 R N A p * : D N A ( P R 1 ) + C o m p l e x
17
R N A p * : D N A ( P R 1 ) → k 31 k 30 R N A p + m R N A ( t e t R )
18
19
R N A p : t e t P R 1 : [ t e t P R 2 ] : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2 → k 34 R N A p * : t e t P R 1 : [ t e t P R 2 ] : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2
20
R N A p * : t e t P R 1 : [ t e t P R 2 ] : t e t P A : t e t O 1 : t e t O 2 → k 35 R N A p * : D N A ( P R 2 ) + C o m p l e x
21
R N A p *: D N A ( P R 2 ) → k 37 k 36 R N A p + m R N A ( t e t R )
22
23
R N A p : [ t e t P R 2 ] : t e t O 1 : T e t R 2 : t e t O 2 → k 40 R N A p * : [ t e t P R 2 ] : t e t O 1 : T e t R 2 : t e t O 2
24
R N A p * : [ t e t P R 2 ] : t e t O 1: T e t R 2 : t e t O 2 → k 41 R N A p * : D N A ( P R 2 ) + t e t P R 2 + t e t O 1 : T e t R 2 : t e t O 2
25
R i b + m R N A ( t e t R ) → k 42 R i b : m R N A ( t e t R )
26
R i b : m R N A ( t e t R ) → k 43 R i b * : m R N A ( t e t R ) + m R N A ( t e t R )
27
R i b * : m R N A ( t e t R ) → k 45 k 44 R i b + t e t R
28
29
R N A p : t e t P R 1 : t e t P R 2 : [ t e t P A ] : t e t O 1 : t e t O 2 → k 48 R N A p * : t e t P R 1 : t e t P R 2 : [ t e t P A ] : t e t O 1 : t e t O 2
30
R N A p * : t e t P R 1 : t e t P R 2 :[ t e t P A ]: t e t O 1 : t e t O 2 → k 49 R N A p * : D N A ( P A ) + C o m p l e x
31
R N A p * : D N A ( P A ) → k 51 k 50 R N A p + m R N A ( t e t A )
32
R i b + m R N A ( t e t A ) → k 52 R i b : m R N A ( t e t A )
33
R i b : m R N A ( t e t A ) → k 53 R i b * : m R N A ( t e t A ) + m R N A ( t e t A )
34
R i b * : m R N A ( t e t A ) → k 55 k 54 R i b + T e t A
35
T e t R 2 → k 56 0
36
T e t R 2 : T c 2 → k 57 2 T c
37
m R N A ( t e t R ) → k 58 0
38
m R N A ( t e t A ) → k 59 0
39
T c → k 60 0
40
T c + T e t A → k 62 k 61 T e t A
41
t e t P R 1 + t e t P R 2 + t e t P A + t e t O 1 + t e t O 2 → k 63 C o m p l e x
42
C o m p l e x + T e t R 2 → k 64 T e t R 2 : t e t O 1 + t e t P R 1 + t e t P R 2 + t e t P A + t e t O 2
43
C o m p l e x + T e t R 2 → k 65 T e t R 2 : t e t O 2 + t e t P R 1 + t e t P R 2 + t e t P A + t e t O 1
44
C o m p l e x + T e t R 2 : T c 2 → k 66 T e t R 2 : t e t O 1 : T c 2 + t e t P R 1 + t e t P R 2 + t e t P A + t e t O 2
45
C o m p l e x + T e t R 2 : T c 2 → k 67 T e t R 2 : t e t O 2 : T c 2 + t e t P R 1 + t e t P R 2 + t e t P A + t e t O 1
