TY - JOUR AU - Kitano, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Systems biology: a brief overview JO - Science VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1069492 DO - 10.1126/science.1069492 ID - Kitano2002 ER - TY - JOUR AU - Le Novère, N. AU - Bornstein, B. AU - Broicher, A. AU - Courtot, M. AU - Donizelli, M. AU - Dharuri, H. AU - Li, L. AU - Sauro, H. AU - Schilstra, M. AU - Shapiro, B. AU - Snoep, J. L. AU - Hucka, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - BioModels Database: a free, centralized database of curated, published, quantitative kinetic models of biochemical and cellular systems JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj092 DO - 10.1093/nar/gkj092 ID - Le Novère2006 ER - TY - JOUR AU - Hucka, M. AU - Finney, A. AU - Sauro, H. M. AU - Bolouri, H. AU - Doyle, J. C. AU - Kitano, H. AU - Arkin, A. P. AU - Bornstein, B. J. AU - Bray, D. AU - Cornish-Bowden, A. AU - Cuellar, A. A. AU - Dronov, S. AU - Gilles, E. D. AU - Ginkel, M. AU - Gor, V. AU - Goryanin, I. I. AU - Hedley, W. J. AU - Hodgman, T. C. AU - Hofmeyr, J. H. AU - Hunter, P. J. AU - Juty, N. S. AU - Kasberger, J. L. AU - Kremling, A. AU - Kummer, U. AU - Le Novere, N. AU - Loew, L. M. AU - Lucio, D. AU - Mendes, P. AU - Minch, E. AU - Mjolsness, E. D. AU - Nakayama, Y. AU - Nelson, M. R. AU - Nielsen, P. F. AU - Sakurada, T. AU - Schaff, J. C. AU - Shapiro, B. E. AU - Shimizu, T. S. AU - Spence, H. D. AU - Stelling, J. AU - Takahashi, K. AU - Tomita, M. AU - Wagner, J. AU - Wang, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg015 DO - 10.1093/bioinformatics/btg015 ID - Hucka2003 ER - TY - JOUR AU - Pahle, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biochemical simulations: stochastic, approximate stochastic and hybrid approaches JO - Briefings Bioinf VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbn050 DO - 10.1093/bib/bbn050 ID - Pahle2009 ER - TY - JOUR AU - Hoops, S. AU - Sahle, S. AU - Gauges, R. AU - Lee, C. AU - Pahle, J. AU - Simus, N. AU - Singhal, M. AU - Xu, L. AU - Mendes, P. AU - Kummer, U. PY - 2006 DA - 2006// TI - COPASI–a COmplex PAthway SImulator JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl485 DO - 10.1093/bioinformatics/btl485 ID - Hoops2006 ER - TY - JOUR AU - Olivier, B. G. AU - Snoep, J. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Web-based kinetic modelling using JWS Online JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth200 DO - 10.1093/bioinformatics/bth200 ID - Olivier2004 ER - TY - JOUR AU - Loew, L. M. AU - Schaff, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - The Virtual Cell: a software environment for computational cell biology JO - Trends Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-7799(01)01740-1 DO - 10.1016/S0167-7799(01)01740-1 ID - Loew2001 ER - TY - JOUR AU - Li, P. AU - Dada, J. O. AU - Jameson, D. AU - Spasic, I. AU - Swainston, N. AU - Carroll, K. AU - Dunn, W. AU - Khan, F. AU - Malys, N. AU - Messiha, H. L. AU - Simeonidis, E. AU - Weichart, D. AU - Winder, C. AU - Wishart, J. AU - Broomhead, D. S. AU - Goble, C. A. AU - Gaskell, S. J. AU - Kell, D. B. AU - Westerhoff, H. V. AU - Mendes, P. AU - Paton, N. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Systematic integration of experimental data and models in systems biology JO - BMC Bioinf VL - 11 ID - Li2010 ER - TY - CHAP AU - Dada, J. AU - Mendes, P. ED - Paton, N. ED - Missier, P. ED - Hedeler, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Design and architecture of web services for simulation of biochemical systems BT - Data Integration in the, Life Sciences PB - Springer CY - Berlin / Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-02879-3_15 DO - 10.1007/978-3-642-02879-3_15 ID - Dada2009 ER - TY - CHAP AU - Litzkow, M. AU - Livny, M. AU - Mutka, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - Condor-a hunter of idle workstations BT - Distributed Computing Systems, 1988., 8th International Conference on PB - IEEE CY - USA ID - Litzkow1987 ER - TY - JOUR AU - Thain, D. AU - Tannenbaum, T. AU - Livny, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Distributed computing in practice: the Condor experience JO - Concurrency Comput: Pract and Experience VL - 17 UR - https://doi.org/10.1002/cpe.938 DO - 10.1002/cpe.938 ID - Thain2005 ER - TY - STD TI - Python Programming Language – Official Website [http://python.org/] [] UR - http://python.org/ ID - ref12 ER - TY - STD TI - Django The Web framework for perfectionists with deadlines [http://www.djangoproject.com/] [] UR - http://www.djangoproject.com/ ID - ref13 ER - TY - STD TI - matplotlib: python plotting [http://matplotlib.sourceforge.net/] [] UR - http://matplotlib.sourceforge.net/ ID - ref14 ER - TY - STD TI - Visualization: Motion Chart - Google Chart Tools - Google Code [http://code.google.com/apis/chart/interactive/docs/gallery/motionchart.html] [] UR - http://code.google.com/apis/chart/interactive/docs/gallery/motionchart.html ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Sahle, S. AU - Mendes, P. AU - Hoops, S. AU - Kummer, U. PY - 2008 DA - 2008// TI - A new strategy for assessing sensitivities in biochemical models JO - Philos Trans R Soc A VL - 366 UR - https://doi.org/10.1098/rsta.2008.0108 DO - 10.1098/rsta.2008.0108 ID - Sahle2008 ER - TY - JOUR AU - Nash, S. PY - 1984 DA - 1984// TI - Newton-type minimization via the Lanczos method JO - SIAM J Numer Anal VL - 21 UR - https://doi.org/10.1137/0721052 DO - 10.1137/0721052 ID - Nash1984 ER - TY - CHAP AU - Kennedy, J. AU - Eberhart, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Particle swarm optimization BT - Neural Networks, 1995. Proceedings., IEEE International Conference on, Volume 4 PB - IEEE CY - Perth, WA, Australia ID - Kennedy1995 ER - TY - JOUR AU - Ashall, L. AU - Horton, C. A. AU - Nelson, D. E. AU - Paszek, P. AU - Harper, C. V. AU - Sillitoe, K. AU - Ryan, S. AU - Spiller, D. G. AU - Unitt, J. F. AU - Broomhead, D. S. AU - Kell, D. B. AU - Rand, D. A. AU - Sée, V. AU - White, M. R. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pulsatile stimulation determines timing and specificity of NF-kappaB-dependent transcription JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1164860 DO - 10.1126/science.1164860 ID - Ashall2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, C. Y. AU - Ferrell, J. E. PY - 1996 DA - 1996// TI - Ultrasensitivity in the mitogen-activated protein kinase cascade JO - Proc Nat Acad Sci U S A VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.19.10078 DO - 10.1073/pnas.93.19.10078 ID - Huang1996 ER - TY - JOUR AU - Kummer, U. AU - Olsen, L. F. AU - Dixon, C. J. AU - Green, A. K. AU - Bomberg-Bauer, E. AU - Baier, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Switching from Simple to Complex Oscillations in Calcium Signaling JO - Biophys J VL - 79 UR - https://doi.org/10.1016/S0006-3495(00)76373-9 DO - 10.1016/S0006-3495(00)76373-9 ID - Kummer2000 ER - TY - STD TI - Oracle Grid Enginehttp://www.oracle.com/us/products/tools/oracle-grid-engine-075549.html UR - http://www.oracle.com/us/products/tools/oracle-grid-engine-075549.html ID - ref22 ER - TY - STD TI - Maui Cluster Scheduler [http://www.clusterresources.com/products/maui-cluster-scheduler.php] [] UR - http://www.clusterresources.com/products/maui-cluster-scheduler.php ID - ref23 ER - TY - STD TI - TORQUE Resource Manager [http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/] [] UR - http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/ ID - ref24 ER - TY - STD TI - PBS Works - Enabling On-Demand Computing [http://www.pbsworks.com/] [] UR - http://www.pbsworks.com/ ID - ref25 ER -