TY - JOUR AU - Auffray, C. AU - Adcock, I. M. AU - Chung, K. F. AU - Djukanovic, R. AU - Pison, C. AU - Sterk, P. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - An integrative systems biology approach to understanding pulmonary diseases JO - Chest VL - 137 UR - https://doi.org/10.1378/chest.09-1850 DO - 10.1378/chest.09-1850 ID - Auffray2010 ER - TY - JOUR AU - Vineis, P. AU - Perera, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular epidemiology and biomarkers in etiologic cancer research: the new in light of the old JO - Cancer Epidemiol Biomarkers Prev VL - 16 UR - https://doi.org/10.1158/1055-9965.EPI-07-0457 DO - 10.1158/1055-9965.EPI-07-0457 ID - Vineis2007 ER - TY - JOUR AU - Ballman, K. V. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genetics and genomics: gene expression microarrays JO - Circulation VL - 118 UR - https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.107.714600 DO - 10.1161/CIRCULATIONAHA.107.714600 ID - Ballman2008 ER - TY - JOUR AU - Sen, B. AU - Mahadevan, B. AU - DeMarini, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transcriptional responses to complex mixtures: a review JO - Mutation research VL - 636 UR - https://doi.org/10.1016/j.mrrev.2007.08.002 DO - 10.1016/j.mrrev.2007.08.002 ID - Sen2007 ER - TY - JOUR AU - Fry, R. C. AU - Navasumrit, P. AU - Valiathan, C. AU - Svensson, J. P. AU - Hogan, B. J. AU - Luo, M. AU - Bhattacharya, S. AU - Kandjanapa, K. AU - Soontararuks, S. AU - Nookabkaew, S. AU - Mahidol, C. AU - Ruchirawat, M. AU - Samson, L. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Activation of inflammation/NF-kappaB signaling in infants born to arsenic-exposed mothers JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030207 DO - 10.1371/journal.pgen.0030207 ID - Fry2007 ER - TY - JOUR AU - Jost-Albrecht, K. AU - Hofstetter, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene expression by human monocytes from peripheral blood in response to exposure to metals JO - J Biomed Mater Res B Appl Biomater VL - 76 UR - https://doi.org/10.1002/jbm.b.30389 DO - 10.1002/jbm.b.30389 ID - Jost-Albrecht2006 ER - TY - JOUR AU - van Leeuwen, D. M. AU - van Herwijnen, M. H. AU - Pedersen, M. AU - Knudsen, L. E. AU - Kirsch-Volders, M. AU - Sram, R. J. AU - Staal, Y. C. AU - Bajak, E. AU - van Delft, J. H. AU - Kleinjans, J. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide differential gene expression in children exposed to air pollution in the Czech Republic JO - Mutat Res VL - 600 UR - https://doi.org/10.1016/j.mrfmmm.2006.05.032 DO - 10.1016/j.mrfmmm.2006.05.032 ID - van Leeuwen2006 ER - TY - JOUR AU - Lobenhofer, E. K. AU - Auman, J. T. AU - Blackshear, P. E. AU - Boorman, G. A. AU - Bushel, P. R. AU - Cunningham, M. L. AU - Fostel, J. M. AU - Gerrish, K. AU - Heinloth, A. N. AU - Irwin, R. D. AU - Malarkey, D. E. AU - Merrick, B. A. AU - Sieber, S. O. AU - Tucker, C. J. AU - Ward, S. M. AU - Wilson, R. E. AU - Hurban, P. AU - Tennant, R. W. AU - Paules, R. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene expression response in target organ and whole blood varies as a function of target organ injury phenotype JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-6-r100 DO - 10.1186/gb-2008-9-6-r100 ID - Lobenhofer2008 ER - TY - JOUR AU - Grond-Ginsbach, C. AU - Hummel, M. AU - Wiest, T. AU - Horstmann, S. AU - Pfleger, K. AU - Hergenhahn, M. AU - Hollstein, M. AU - Mansmann, U. AU - Grau, A. J. AU - Wagner, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene expression in human peripheral blood mononuclear cells upon acute ischemic stroke JO - J Neurol VL - 255 UR - https://doi.org/10.1007/s00415-008-0784-z DO - 10.1007/s00415-008-0784-z ID - Grond-Ginsbach2008 ER - TY - JOUR AU - Grunblatt, E. AU - Bartl, J. AU - Zehetmayer, S. AU - Ringel, T. M. AU - Bauer, P. AU - Riederer, P. AU - Jacob, C. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene expression as peripheral biomarkers for sporadic Alzheimer's disease JO - J Alzheimers Dis VL - 16 ID - Grunblatt2009 ER - TY - JOUR AU - Han, M. AU - Liew, C. T. AU - Zhang, H. W. AU - Chao, S. AU - Zheng, R. AU - Yip, K. T. AU - Song, Z. Y. AU - Li, H. M. AU - Geng, X. P. AU - Zhu, L. X. AU - Lin, J. J. AU - Marshall, K. W. AU - Liew, C. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Novel blood-based, five-gene biomarker set for the detection of colorectal cancer JO - Clin Cancer Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-07-1801 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-07-1801 ID - Han2008 ER - TY - JOUR AU - Bushel, P. R. AU - Wolfinger, R. D. AU - Gibson, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Simultaneous clustering of gene expression data with clinical chemistry and pathological evaluations reveals phenotypic prototypes JO - BMC Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-1-15 DO - 10.1186/1752-0509-1-15 ID - Bushel2007 ER - TY - JOUR AU - Gottschalg, E. AU - Moore, N. E. AU - Ryan, A. K. AU - Travis, L. C. AU - Waller, R. C. AU - Pratt, S. AU - Atmaca, M. AU - Kind, C. N. AU - Fry, J. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phenotypic anchoring of arsenic and cadmium toxicity in three hepatic-related cell systems reveals compound- and cell-specific selective up-regulation of stress protein expression: implications for fingerprint profiling of cytotoxicity JO - Chem Biol Interact VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbi.2006.04.003 DO - 10.1016/j.cbi.2006.04.003 ID - Gottschalg2006 ER - TY - JOUR AU - Paules, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Phenotypic anchoring: linking cause and effect JO - Environ Health Perspect VL - 111 UR - https://doi.org/10.1289/ehp.111-a338 DO - 10.1289/ehp.111-a338 ID - Paules2003 ER - TY - JOUR AU - Gibson, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - The environmental contribution to gene expression profiles JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2383 DO - 10.1038/nrg2383 ID - Gibson2008 ER - TY - JOUR AU - Hemminki, K. AU - Lorenzo Bermejo, J. AU - Forsti, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - The balance between heritable and environmental aetiology of human disease JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2009 DO - 10.1038/nrg2009 ID - Hemminki2006 ER - TY - JOUR AU - Gao, L. AU - Tsai, Y. J. AU - Grigoryev, D. N. AU - Barnes, K. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Host defense genes in asthma and sepsis and the role of the environment JO - Curr Opin Allergy Clin Immunol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1097/ACI.0b013e3282f1fb9a DO - 10.1097/ACI.0b013e3282f1fb9a ID - Gao2007 ER - TY - JOUR AU - Peden, D. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Influences on the development of allergy and asthma JO - Toxicology VL - 181–182 UR - https://doi.org/10.1016/S0300-483X(02)00301-3 DO - 10.1016/S0300-483X(02)00301-3 ID - Peden2002 ER - TY - JOUR AU - Collins, F. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - The case for a US prospective cohort study of genes and environment JO - Nature VL - 429 UR - https://doi.org/10.1038/nature02628 DO - 10.1038/nature02628 ID - Collins2004 ER - TY - JOUR AU - Manolio, T. A. AU - Collins, F. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genes, environment, health, and disease: facing up to complexity JO - Hum Hered VL - 63 UR - https://doi.org/10.1159/000099178 DO - 10.1159/000099178 ID - Manolio2007 ER - TY - JOUR AU - Haldar, P. AU - Pavord, I. D. AU - Shaw, D. E. AU - Berry, M. A. AU - Thomas, M. AU - Brightling, C. E. AU - Wardlaw, A. J. AU - Green, R. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cluster analysis and clinical asthma phenotypes JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 178 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200711-1754OC DO - 10.1164/rccm.200711-1754OC ID - Haldar2008 ER - TY - JOUR AU - Just, J. AU - Gouvis-Echraghi, R. AU - Couderc, R. AU - Guillemot-Lambert, N. AU - Saint-Pierre, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Novel severe wheezy young children phenotypes: Boys atopic multiple-trigger and girls nonatopic uncontrolled wheeze JO - J Allergy Clin Immunol VL - 130 ID - Just2012 ER - TY - JOUR AU - Lotvall, J. AU - Akdis, C. A. AU - Bacharier, L. B. AU - Bjermer, L. AU - Casale, T. B. AU - Custovic, A. AU - Lemanske, R. F. AU - Wardlaw, A. J. AU - Wenzel, S. E. AU - Greenberger, P. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Asthma endotypes: a new approach to classification of disease entities within the asthma syndrome JO - J Allergy Clin Immunol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2010.11.037 DO - 10.1016/j.jaci.2010.11.037 ID - Lotvall2011 ER - TY - JOUR AU - Wenzel, S. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Asthma: defining of the persistent adult phenotypes JO - Lancet VL - 368 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(06)69290-8 DO - 10.1016/S0140-6736(06)69290-8 ID - Wenzel2006 ER - TY - JOUR AU - Moore, W. C. AU - Bleecker, E. R. AU - Curran-Everett, D. AU - Erzurum, S. C. AU - Ameredes, B. T. AU - Bacharier, L. AU - Calhoun, W. J. AU - Castro, M. AU - Chung, K. F. AU - Clark, M. P. AU - Dweik, R. A. AU - Fitzpatrick, A. M. AU - Gaston, B. AU - Hew, M. AU - Hussain, I. AU - Jarjour, N. N. AU - Israel, E. AU - Levy, B. D. AU - Murphy, J. R. AU - Peters, S. P. AU - Teague, W. G. AU - Meyers, D. A. AU - Busse, W. W. AU - Wenzel, S. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - National Heart LBIsSARP: Characterization of the severe asthma phenotype by the National Heart, Lung, and Blood Institute's Severe Asthma Research Program JO - J Allergy Clin Immunol VL - 119 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2006.11.639 DO - 10.1016/j.jaci.2006.11.639 ID - Moore2007 ER - TY - JOUR AU - Cho, M. H. AU - Washko, G. R. AU - Hoffmann, T. J. AU - Criner, G. J. AU - Hoffman, E. A. AU - Martinez, F. J. AU - Laird, N. AU - Reilly, J. J. AU - Silverman, E. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cluster analysis in severe emphysema subjects using phenotype and genotype data: an exploratory investigation JO - Respir Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1465-9921-11-30 DO - 10.1186/1465-9921-11-30 ID - Cho2010 ER - TY - JOUR AU - Bush, A. AU - Menzies-Gow, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phenotypic differences between pediatric and adult asthma JO - Proc Am Thorac Soc VL - 6 UR - https://doi.org/10.1513/pats.200906-046DP DO - 10.1513/pats.200906-046DP ID - Bush2009 ER - TY - JOUR AU - Fitzpatrick, A. M. AU - Teague, W. G. AU - Meyers, D. A. AU - Peters, S. P. AU - Li, X. AU - Li, H. AU - Wenzel, S. E. AU - Aujla, S. AU - Castro, M. AU - Bacharier, L. B. AU - Gaston, B. M. AU - Bleecker, E. R. AU - Moore, W. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Heterogeneity of severe asthma in childhood: confirmation by cluster analysis of children in the National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute Severe Asthma Research Program JO - J Allergy Clin Immunol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2010.11.015 DO - 10.1016/j.jaci.2010.11.015 ID - Fitzpatrick2011 ER - TY - JOUR AU - Moore, W. C. AU - Meyers, D. A. AU - Wenzel, S. E. AU - Teague, W. G. AU - Li, H. AU - Li, X. AU - D'Agostino, R. AU - Castro, M. AU - Curran-Everett, D. AU - Fitzpatrick, A. M. AU - Gaston, B. AU - Jarjour, N. N. AU - Sorkness, R. AU - Calhoun, W. J. AU - Chung, K. F. AU - Comhair, S. A. AU - Dweik, R. A. AU - Israel, E. AU - Peters, S. P. AU - Busse, W. W. AU - Erzurum, S. C. AU - Bleecker, E. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - National Heart L, Blood Institute's Severe Asthma Research P: Identification of asthma phenotypes using cluster analysis in the Severe Asthma Research Program JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 181 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200906-0896OC DO - 10.1164/rccm.200906-0896OC ID - Moore2010 ER - TY - JOUR AU - Weatherall, M. AU - Travers, J. AU - Shirtcliffe, P. M. AU - Marsh, S. E. AU - Williams, M. V. AU - Nowitz, M. R. AU - Aldington, S. AU - Beasley, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Distinct clinical phenotypes of airways disease defined by cluster analysis JO - Eur Respir J VL - 34 UR - https://doi.org/10.1183/09031936.00174408 DO - 10.1183/09031936.00174408 ID - Weatherall2009 ER - TY - JOUR AU - Kelley, C. F. AU - Mannino, D. M. AU - Homa, D. M. AU - Savage-Brown, A. AU - Holguin, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Asthma phenotypes, risk factors, and measures of severity in a national sample of US children JO - Pediatrics VL - 115 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2004-0529 DO - 10.1542/peds.2004-0529 ID - Kelley2005 ER - TY - JOUR AU - Bhakta, N. R. AU - Woodruff, P. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Human asthma phenotypes: from the clinic, to cytokines, and back again JO - Immunol Rev VL - 242 UR - https://doi.org/10.1111/j.1600-065X.2011.01032.x DO - 10.1111/j.1600-065X.2011.01032.x ID - Bhakta2011 ER - TY - JOUR AU - Woodruff, P. G. AU - Modrek, B. AU - Choy, D. F. AU - Jia, G. AU - Abbas, A. R. AU - Ellwanger, A. AU - Koth, L. L. AU - Arron, J. R. AU - Fahy, J. V. PY - 2009 DA - 2009// TI - T-helper type 2-driven inflammation defines major subphenotypes of asthma JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 180 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200903-0392OC DO - 10.1164/rccm.200903-0392OC ID - Woodruff2009 ER - TY - JOUR AU - Woodruff, P. G. AU - Boushey, H. A. AU - Dolganov, G. M. AU - Barker, C. S. AU - Yang, Y. H. AU - Donnelly, S. AU - Ellwanger, A. AU - Sidhu, S. S. AU - Dao-Pick, T. P. AU - Pantoja, C. AU - Erle, D. J. AU - Yamamoto, K. R. AU - Fahy, J. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide profiling identifies epithelial cell genes associated with asthma and with treatment response to corticosteroids JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0707413104 DO - 10.1073/pnas.0707413104 ID - Woodruff2007 ER - TY - JOUR AU - Choy, D. F. AU - Modrek, B. AU - Abbas, A. R. AU - Kummerfeld, S. AU - Clark, H. F. AU - Wu, L. C. AU - Fedorowicz, G. AU - Modrusan, Z. AU - Fahy, J. V. AU - Woodruff, P. G. AU - Arron, J. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Gene expression patterns of Th2 inflammation and intercellular communication in asthmatic airways JO - J Immunol VL - 186 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1002568 DO - 10.4049/jimmunol.1002568 ID - Choy2011 ER - TY - JOUR AU - Baines, K. J. AU - Simpson, J. L. AU - Wood, L. G. AU - Scott, R. J. AU - Gibson, P. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcriptional phenotypes of asthma defined by gene expression profiling of induced sputum samples JO - J Allergy Clin Immunol VL - 127 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaci.2010.10.024 DO - 10.1016/j.jaci.2010.10.024 ID - Baines2011 ER - TY - JOUR AU - Bjornsdottir, U. S. AU - Holgate, S. T. AU - Reddy, P. S. AU - Hill, A. A. AU - McKee, C. M. AU - Csimma, C. I. AU - Weaver, A. A. AU - Legault, H. M. AU - Small, C. G. AU - Ramsey, R. C. AU - Ellis, D. K. AU - Burke, C. M. AU - Thompson, P. J. AU - Howarth, P. H. AU - Wardlaw, A. J. AU - Bardin, P. G. AU - Bernstein, D. I. AU - Irving, L. B. AU - Chupp, G. L. AU - Bensch, G. W. AU - Stahlman, J. E. AU - Karetzky, M. AU - Baker, J. W. AU - Miller, R. L. AU - Goodman, B. H. AU - Raible, D. G. AU - Goldman, S. J. AU - Miller, D. K. AU - Ryan, J. L. AU - Dorner, A. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pathways activated during human asthma exacerbation as revealed by gene expression patterns in blood JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0021902 DO - 10.1371/journal.pone.0021902 ID - Bjornsdottir2011 ER - TY - JOUR AU - Verrills, N. M. AU - Irwin, J. A. AU - He, X. Y. AU - Wood, L. G. AU - Powell, H. AU - Simpson, J. L. AU - McDonald, V. M. AU - Sim, A. AU - Gibson, P. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of novel diagnostic biomarkers for asthma and chronic obstructive pulmonary disease JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 183 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201010-1623OC DO - 10.1164/rccm.201010-1623OC ID - Verrills2011 ER - TY - JOUR AU - Gallagher, J. AU - Hudgens, E. AU - Williams, A. AU - Inmon, J. AU - Rhoney, S. AU - Andrews, G. AU - Reif, D. AU - Heidenfelder, B. AU - Neas, L. AU - Williams, R. AU - Johnson, M. AU - Ozkaynak, H. AU - Edwards, S. AU - Hubal, E. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mechanistic indicators of childhood asthma (MICA) study: piloting an integrative design for evaluating environmental health JO - BMC Public Health VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2458-11-344 DO - 10.1186/1471-2458-11-344 ID - Gallagher2011 ER - TY - JOUR AU - Hubbell, E. AU - Liu, W. M. AU - Mei, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Robust estimators for expression analysis JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1585 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1585 ID - Hubbell2002 ER - TY - CHAP AU - Kaufman, L. R. AU - Rousseeuw, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Finding Groups in Data: an introduction to cluster analysis BT - Wiley Series in Probability and Statistics PB - Sons, Inc CY - Hoboken NJ ID - Kaufman2005 ER - TY - JOUR AU - Hubert, L. PY - 1974 DA - 1974// TI - Approximate evaluation technique for the single-link and complete-link hierarchical clustering procedures JO - J Am Stat Assoc VL - 69 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1974.10480191 DO - 10.1080/01621459.1974.10480191 ID - Hubert1974 ER - TY - JOUR AU - Milligan, G. W. AU - Cooper, M. C. PY - 1985 DA - 1985// TI - An examination of procedures of determining the number of cluster in a data set JO - Psychometrika VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/BF02294245 DO - 10.1007/BF02294245 ID - Milligan1985 ER - TY - JOUR AU - Bushel, P. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Clustering of gene expression data and end-point measurements by simulated annealing JO - J Bioinform Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1142/S021972000900400X DO - 10.1142/S021972000900400X ID - Bushel2009 ER - TY - CHAP AU - Quinlan, J. R. PY - 1993 DA - 1993// TI - C4.5: programs for machine learning BT - Morgan Kaufmann Series in Machine Learning PB - Morgan Kaufmann Publishers, Inc CY - San Mateo, CA ID - Quinlan1993 ER - TY - BOOK PY - 2001 DA - 2001// TI - Random Forests PB - Kluwer Academic Publishers CY - The Netherlands ID - ref46 ER - TY - JOUR AU - Anderson, G. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Endotyping asthma: new insights into key pathogenic mechanisms in a complex, heterogeneous disease JO - Lancet VL - 372 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(08)61452-X DO - 10.1016/S0140-6736(08)61452-X ID - Anderson2008 ER - TY - JOUR AU - Wenzel, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Severe asthma: from characteristics to phenotypes to endotypes JO - Clin Exp Allergy VL - 42 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2222.2011.03929.x DO - 10.1111/j.1365-2222.2011.03929.x ID - Wenzel2012 ER - TY - JOUR AU - Leonardson, A. S. AU - Zhu, J. AU - Chen, Y. AU - Wang, K. AU - Lamb, J. R. AU - Reitman, M. AU - Emilsson, V. AU - Schadt, E. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - The effect of food intake on gene expression in human peripheral blood JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddp476 DO - 10.1093/hmg/ddp476 ID - Leonardson2010 ER - TY - JOUR AU - Beyene, J. AU - Tritchler, D. AU - Bull, S. B. AU - Cartier, K. C. AU - Jonasdottir, G. AU - Kraja, A. T. AU - Li, N. AU - Nock, N. L. AU - Parkhomenko, E. AU - Rao, J. S. AU - Stein, C. M. AU - Sutradhar, R. AU - Waaijenborg, S. AU - Wang, K. S. AU - Wang, Y. AU - Wolkow, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multivariate analysis of complex gene expression and clinical phenotypes with genetic marker data JO - Genet Epidemiol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1002/gepi.20286 DO - 10.1002/gepi.20286 ID - Beyene2007 ER - TY - JOUR AU - Consortium, W. T. C. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05911 DO - 10.1038/nature05911 ID - Consortium2007 ER - TY - JOUR AU - Ehret, G. B. AU - Morrison, A. C. AU - O'Connor, A. A. AU - Grove, M. L. AU - Baird, L. AU - Schwander, K. AU - Weder, A. AU - Cooper, R. S. AU - Rao, D. C. AU - Hunt, S. C. AU - Boerwinkle, E. AU - Chakravarti, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Replication of the Wellcome Trust genome-wide association study of essential hypertension: the Family Blood Pressure Program JO - Eur J Hum Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/ejhg.2008.102 DO - 10.1038/ejhg.2008.102 ID - Ehret2008 ER - TY - JOUR AU - Eichler, E. E. AU - Flint, J. AU - Gibson, G. AU - Kong, A. AU - Leal, S. M. AU - Moore, J. H. AU - Nadeau, J. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Missing heritability and strategies for finding the underlying causes of complex disease JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2809 DO - 10.1038/nrg2809 ID - Eichler2010 ER - TY - JOUR AU - Lettre, G. AU - Palmer, C. D. AU - Young, T. AU - Ejebe, K. G. AU - Allayee, H. AU - Benjamin, E. J. AU - Bennett, F. AU - Bowden, D. W. AU - Chakravarti, A. AU - Dreisbach, A. AU - Farlow, D. N. AU - Folsom, A. R. AU - Fornage, M. AU - Forrester, T. AU - Fox, E. AU - Haiman, C. A. AU - Hartiala, J. AU - Harris, T. B. AU - Hazen, S. L. AU - Heckbert, S. R. AU - Henderson, B. E. AU - Hirschhorn, J. N. AU - Keating, B. J. AU - Kritchevsky, S. B. AU - Larkin, E. AU - Li, M. AU - Rudock, M. E. AU - McKenzie, C. A. AU - Meigs, J. B. AU - Meng, Y. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide association study of coronary heart disease and its risk factors in 8,090 African Americans: the NHLBI CARe Project JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001300 DO - 10.1371/journal.pgen.1001300 ID - Lettre2011 ER - TY - JOUR AU - Hancox, R. J. AU - Le Souef, P. N. AU - Anderson, G. P. AU - Reddel, H. K. AU - Chang, A. B. AU - Beasley, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Asthma: time to confront some inconvenient truths JO - Respirology VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/j.1440-1843.2009.01700.x DO - 10.1111/j.1440-1843.2009.01700.x ID - Hancox2010 ER - TY - JOUR AU - Schadt, E. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular networks as sensors and drivers of common human diseases JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08454 DO - 10.1038/nature08454 ID - Schadt2009 ER - TY - JOUR AU - Rappaport, S. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Implications of the exposome for exposure science JO - J Expo Sci Environ Epidemiol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/jes.2010.50 DO - 10.1038/jes.2010.50 ID - Rappaport2011 ER - TY - JOUR AU - Wild, C. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complementing the genome with an "exposome": the outstanding challenge of environmental exposure measurement in molecular epidemiology JO - Cancer Epidemiol Biomarkers Prev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1158/1055-9965.EPI-05-0456 DO - 10.1158/1055-9965.EPI-05-0456 ID - Wild2005 ER - TY - JOUR AU - Wild, C. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Environmental exposure measurement in cancer epidemiology JO - Mutagenesis VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/mutage/gen061 DO - 10.1093/mutage/gen061 ID - Wild2009 ER - TY - JOUR AU - Rappaport, S. M. AU - Smith, M. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Epidemiology Environment and disease risks JO - Science VL - 330 UR - https://doi.org/10.1126/science.1192603 DO - 10.1126/science.1192603 ID - Rappaport2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Klipfell, E. AU - Bennett, B. J. AU - Koeth, R. AU - Levison, B. S. AU - Dugar, B. AU - Feldstein, A. E. AU - Britt, E. B. AU - Fu, X. AU - Chung, Y. M. AU - Wu, Y. AU - Schauer, P. AU - Smith, J. D. AU - Allayee, H. AU - Tang, W. H. AU - DiDonato, J. A. AU - Lusis, A. J. AU - Hazen, S. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Gut flora metabolism of phosphatidylcholine promotes cardiovascular disease JO - Nature VL - 472 UR - https://doi.org/10.1038/nature09922 DO - 10.1038/nature09922 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Patel, C. J. AU - Bhattacharya, J. AU - Butte, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - An Environment-Wide Association Study (EWAS) on type 2 diabetes mellitus JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010746 DO - 10.1371/journal.pone.0010746 ID - Patel2010 ER - TY - CHAP AU - Rappaport, S. M. AU - Li, H. AU - Grigoryan, H. AU - Funk, W. E. AU - Williams, E. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Adductomics: Characterizing exposures to reactive electrophiles BT - Toxicol Lett ID - Rappaport2011 ER - TY - STD TI - Workshop on Emerging Technologies for Measuring Individual Expsomes: Emerging Science for Environmental Health Decisions. December 8–9, Washington, DC.http://nas-sites.org/emergingscience/workshops/individual-exposomes/, UR - http://nas-sites.org/emergingscience/workshops/individual-exposomes/ ID - ref64 ER - TY - JOUR AU - Gibson, P. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inflammatory phenotypes in adult asthma: clinical applications JO - Clin Respir J VL - 3 UR - https://doi.org/10.1111/j.1752-699X.2009.00162.x DO - 10.1111/j.1752-699X.2009.00162.x ID - Gibson2009 ER - TY - JOUR AU - Bansal, M. AU - Belcastro, V. AU - Ambesi-Impiombato, A. AU - di Bernardo, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - How to infer gene networks from expression profiles JO - Mol Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100120 DO - 10.1038/msb4100120 ID - Bansal2007 ER - TY - JOUR AU - Marbach, D. AU - Prill, R. J. AU - Schaffter, T. AU - Mattiussi, C. AU - Floreano, D. AU - Stolovitzky, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Revealing strengths and weaknesses of methods for gene network inference JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0913357107 DO - 10.1073/pnas.0913357107 ID - Marbach2010 ER - TY - JOUR AU - Friedman, N. AU - Linial, M. AU - Nachman, I. AU - Pe'er, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Using Bayesian networks to analyze expression data JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/106652700750050961 DO - 10.1089/106652700750050961 ID - Friedman2000 ER - TY - JOUR AU - Luo, W. AU - Woolf, P. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Reconstructing transcriptional regulatory networks using three-way mutual information and Bayesian networks JO - Methods Mol Biol VL - 674 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60761-854-6_23 DO - 10.1007/978-1-60761-854-6_23 ID - Luo2010 ER - TY - JOUR AU - Millstein, J. AU - Zhang, B. AU - Zhu, J. AU - Schadt, E. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Disentangling molecular relationships with a causal inference test JO - BMC Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-10-23 DO - 10.1186/1471-2156-10-23 ID - Millstein2009 ER - TY - JOUR AU - Maucher, M. AU - Kracher, B. AU - Kuhl, M. AU - Kestler, H. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Inferring Boolean network structure via correlation JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr166 DO - 10.1093/bioinformatics/btr166 ID - Maucher2011 ER - TY - JOUR AU - Mehra, S. AU - Hu, W. S. AU - Karypis, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - A Boolean algorithm for reconstructing the structure of regulatory networks JO - Metab Eng VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2004.05.002 DO - 10.1016/j.ymben.2004.05.002 ID - Mehra2004 ER - TY - JOUR AU - Nagaraj, S. H. AU - Reverter, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - A Boolean-based systems biology approach to predict novel genes associated with cancer: application to colorectal cancer JO - BMC Syst Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-5-35 DO - 10.1186/1752-0509-5-35 ID - Nagaraj2011 ER - TY - JOUR AU - Madar, A. AU - Greenfield, A. AU - Vanden-Eijnden, E. AU - Bonneau, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - DREAM3: network inference using dynamic context likelihood of relatedness and the inferelator JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009803 DO - 10.1371/journal.pone.0009803 ID - Madar2010 ER - TY - JOUR AU - Margolin, A. A. AU - Nemenman, I. AU - Basso, K. AU - Wiggins, C. AU - Stolovitzky, G. AU - Dalla Favera, R. AU - Califano, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - ARACNE: an algorithm for the reconstruction of gene regulatory networks in a mammalian cellular context JO - BMC Bioinforma VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S1-S7 DO - 10.1186/1471-2105-7-S1-S7 ID - Margolin2006 ER - TY - JOUR AU - Meyer, P. E. AU - Kontos, K. AU - Lafitte, F. AU - Bontempi, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Information-theoretic inference of large transcriptional regulatory networks JO - EURASIP J Bioinform Syst Biol VL - 2007 UR - https://doi.org/10.1155/2007/79879 DO - 10.1155/2007/79879 ID - Meyer2007 ER - TY - JOUR AU - Gao, S. AU - Wang, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quantitative utilization of prior biological knowledge in the Bayesian network modeling of gene expression data JO - BMC Bioinforma VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-359 DO - 10.1186/1471-2105-12-359 ID - Gao2011 ER - TY - JOUR AU - Lo, K. AU - Raftery, A. E. AU - Dombek, K. M. AU - Zhu, J. AU - Schadt, E. E. AU - Bumgarner, R. E. AU - Yeung, K. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Integrating external biological knowledge in the construction of regulatory networks from time-series expression data JO - BMC Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-6-101 DO - 10.1186/1752-0509-6-101 ID - Lo2012 ER - TY - JOUR AU - Zhu, J. AU - Wiener, M. C. AU - Zhang, C. AU - Fridman, A. AU - Minch, E. AU - Lum, P. Y. AU - Sachs, J. R. AU - Schadt, E. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Increasing the power to detect causal associations by combining genotypic and expression data in segregating populations JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030069 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030069 ID - Zhu2007 ER -