TY - JOUR AU - Kolbe, A. AU - Oliver, S. N. AU - Fernie, A. R. AU - Stitt, M. AU - van Dongen, J. T. AU - Geigenberger, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Combined transcript and metabolite profiling of Arabidopsis leaves reveals fundamental effects of the thiol-disulfide status on plant metabolism JO - Plant Physiol VL - 141 UR - https://doi.org/10.1104/pp.106.081208 DO - 10.1104/pp.106.081208 ID - Kolbe2006 ER - TY - JOUR AU - Cho, K. AU - Shibato, J. AU - Agrawal, G. K. AU - Jung, Y. H. AU - Kubo, A. AU - Jwa, N. S. AU - Tamogami, S. AU - Satoh, K. AU - Kikuchi, S. AU - Higashi, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrated transcriptomics, proteomics, and metabolomics analyses to survey ozone responses in the leaves of rice seedling JO - J Proteome Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/pr800128q DO - 10.1021/pr800128q ID - Cho2008 ER - TY - JOUR AU - Heijne, W. H. AU - Kienhuis, A. S. AU - van Ommen, B. AU - Stierum, R. H. AU - Groten, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Systems toxicology: applications of toxicogenomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics in toxicology JO - Expert Rev Proteomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1586/14789450.2.5.767 DO - 10.1586/14789450.2.5.767 ID - Heijne2005 ER - TY - JOUR AU - Ferrara, C. T. AU - Wang, P. AU - Neto, E. C. AU - Stevens, R. D. AU - Bain, J. R. AU - Wenner, B. R. AU - Ilkayeva, O. R. AU - Keller, M. P. AU - Blasiole, D. A. AU - Kendziorski, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genetic networks of liver metabolism revealed by integration of metabolic and transcriptional profiling JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000034 DO - 10.1371/journal.pgen.1000034 ID - Ferrara2008 ER - TY - JOUR AU - Carrari, F. AU - Baxter, C. AU - Usadel, B. AU - Urbanczyk-Wochniak, E. AU - Zanor, M. I. AU - Nunes-Nesi, A. AU - Nikiforova, V. AU - Centero, D. AU - Ratzka, A. AU - Pauly, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrated analysis of metabolite and transcript levels reveals the metabolic shifts that underlie tomato fruit development and highlight regulatory aspects of metabolic network behavior JO - Plant Physiol VL - 142 UR - https://doi.org/10.1104/pp.106.088534 DO - 10.1104/pp.106.088534 ID - Carrari2006 ER - TY - JOUR AU - Xu, E. Y. AU - Perlina, A. AU - Vu, H. AU - Troth, S. P. AU - Brennan, R. J. AU - Aslamkhan, A. G. AU - Xu, Q. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrated pathway analysis of rat urine metabolic profiles and kidney transcriptomic profiles to elucidate the systems toxicology of model nephrotoxicants JO - Chem Res Toxicol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1021/tx800061w DO - 10.1021/tx800061w ID - Xu2008 ER - TY - JOUR AU - Nam, H. AU - Chung, B. C. AU - Kim, Y. AU - Lee, K. AU - Lee, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Combining tissue transcriptomics and urine metabolomics for breast cancer biomarker identification JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp558 DO - 10.1093/bioinformatics/btp558 ID - Nam2009 ER - TY - JOUR AU - Su, G. AU - Burant, C. F. AU - Beecher, C. W. AU - Athey, B. D. AU - Meng, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrated metabolome and transcriptome analysis of the NCI60 dataset JO - BMC Bioinforma VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-S1-S36 DO - 10.1186/1471-2105-12-S1-S36 ID - Su2011 ER - TY - JOUR AU - Gehlenborg, N. AU - O'Donoghue, S. I. AU - Baliga, N. S. AU - Goesmann, A. AU - Hibbs, M. A. AU - Kitano, H. AU - Kohlbacher, O. AU - Neuweger, H. AU - Schneider, R. AU - Tenenbaum, D. AU - Gavin, A. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Visualization of omics data for systems biology JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1436 DO - 10.1038/nmeth.1436 ID - Gehlenborg2010 ER - TY - JOUR AU - Junker, B. H. AU - Klukas, C. AU - Schreiber, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - VANTED: a system for advanced data analysis and visualization in the context of biological networks JO - BMC Bioinforma VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-109 DO - 10.1186/1471-2105-7-109 ID - Junker2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Hung, J. H. AU - Wang, Y. AU - Chang, Y. C. AU - Huang, C. L. AU - Huyck, M. AU - DeLisi, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - VisANT 3.5: multi-scale network visualization, analysis and inference based on the gene ontology JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp406 DO - 10.1093/nar/gkp406 ID - Hu2009 ER - TY - JOUR AU - Karnovsky, A. AU - Weymouth, T. AU - Hull, T. AU - Tarcea, V. G. AU - Scardoni, G. AU - Laudanna, C. AU - Sartor, M. A. AU - Stringer, K. A. AU - Jagadish, H. V. AU - Burant, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metscape 2 bioinformatics tool for the analysis and visualization of metabolomics and gene expression data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr661 DO - 10.1093/bioinformatics/btr661 ID - Karnovsky2012 ER - TY - JOUR AU - Pavlopoulos, G. AU - O'Donoghue, S. AU - Satagopam, V. AU - Soldatos, T. AU - Pafilis, E. AU - Schneider, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Arena3D: visualization of biological networks in 3D JO - BMC Syst Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-2-104 DO - 10.1186/1752-0509-2-104 ID - Pavlopoulos2008 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - McGuffin, M. J. AU - Jurisica, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Interaction techniques for selecting and manipulating subgraphs in network visualizations JO - IEEE Trans Vis Comput Graph VL - 15 UR - https://doi.org/10.1109/TVCG.2009.151 DO - 10.1109/TVCG.2009.151 ID - McGuffin2009 ER - TY - JOUR AU - Barsky, A. AU - Munzner, T. AU - Gardy, J. AU - Kincaid, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Cerebral: visualizing multiple experimental conditions on a graph with biological context JO - IEEE Trans Vis Comput Graph VL - 14 UR - https://doi.org/10.1109/TVCG.2008.117 DO - 10.1109/TVCG.2008.117 ID - Barsky2008 ER - TY - JOUR AU - Bader, G. D. AU - Cary, M. P. AU - Sander, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pathguide: a pathway resource list JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj126 DO - 10.1093/nar/gkj126 ID - Bader2006 ER - TY - JOUR AU - Arakawa, K. AU - Kono, N. AU - Yamada, Y. AU - Mori, H. AU - Tomita, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - KEGG-based pathway visualization tool for complex omics data JO - In Silico Biol VL - 5 ID - Arakawa2005 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Alcalde, F. AU - Garcia-Lopez, F. AU - Dopazo, J. AU - Conesa, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq594 DO - 10.1093/bioinformatics/btq594 ID - Garcia-Alcalde2011 ER - TY - JOUR AU - Neuweger, H. AU - Persicke, M. AU - Albaum, S. P. AU - Bekel, T. AU - Dondrup, M. AU - Huser, A. T. AU - Winnebald, J. AU - Schneider, J. AU - Kalinowski, J. AU - Goesmann, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra-aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example JO - BMC Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-3-82 DO - 10.1186/1752-0509-3-82 ID - Neuweger2009 ER - TY - JOUR AU - Tokimatsu, T. AU - Sakurai, N. AU - Suzuki, H. AU - Ohta, H. AU - Nishitani, K. AU - Koyama, T. AU - Umezawa, T. AU - Misawa, N. AU - Saito, K. AU - Shibata, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - KaPPA-view: a web-based analysis tool for integration of transcript and metabolite data on plant metabolic pathway maps JO - Plant Physiol VL - 138 UR - https://doi.org/10.1104/pp.105.060525 DO - 10.1104/pp.105.060525 ID - Tokimatsu2005 ER - TY - JOUR AU - Thimm, O. AU - Blasing, O. AU - Gibon, Y. AU - Nagel, A. AU - Meyer, S. AU - Kruger, P. AU - Selbig, J. AU - Muller, L. A. AU - Rhee, S. Y. AU - Stitt, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - MAPMAN: a user-driven tool to display genomics data sets onto diagrams of metabolic pathways and other biological processes JO - Plant J VL - 37 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02016.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02016.x ID - Thimm2004 ER - TY - JOUR AU - Symons, S. AU - Zipplies, C. AU - Battke, F. AU - Nieselt, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative systems biology visualization with MAYDAY JO - J Integr Bioinform VL - 7 ID - Symons2010 ER - TY - JOUR AU - Lüdemann, A. AU - Weicht, D. AU - Selbig, J. AU - Kopka, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - PaVESy: Pathway Visualization and Editing System JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth278 DO - 10.1093/bioinformatics/bth278 ID - Lüdemann2004 ER - TY - STD TI - Ingenuity Pathway Analysis. http://www.ingenuity.com/, UR - http://www.ingenuity.com/ ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Hoffmann, R. AU - Valencia, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - A gene network for navigating the literature JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng0704-664 DO - 10.1038/ng0704-664 ID - Hoffmann2004 ER - TY - STD TI - iHOP. http://www.ihop-net.org, UR - http://www.ihop-net.org ID - ref28 ER - TY - JOUR AU - Romero, P. AU - Wagg, J. AU - Green, M. AU - Kaiser, D. AU - Krummenacker, M. AU - Karp, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Computational prediction of human metabolic pathways from the complete human genome JO - Genome Biology VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-6-1-r2 DO - 10.1186/gb-2004-6-1-r2 ID - Romero2004 ER - TY - JOUR AU - da Huang, W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - da Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Maglott, D. AU - Ostell, J. AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Entrez Gene: gene-centered information at NCBI JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1237 DO - 10.1093/nar/gkq1237 ID - Maglott2011 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Bairoch, A. AU - Wu, C. H. AU - Barker, W. C. AU - Boeckmann, B. AU - Ferro, S. AU - Gasteiger, E. AU - Huang, H. AU - Lopez, R. AU - Magrane, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - UniProt: the Universal Protein knowledgebase JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh131 DO - 10.1093/nar/gkh131 ID - Apweiler2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Xiao, J. AU - Suzek, T. O. AU - Zhang, J. AU - Wang, J. AU - Bryant, S. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules JO - Nucleic Acids Research VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp456 DO - 10.1093/nar/gkp456 ID - Wang2009 ER - TY - BOOK PY - 2010 DA - 2010// TI - A Language and Environment for Statistical Computing PB - Vienna CY - Austria ID - ref34 ER - TY - BOOK AU - Warnes, G. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - gplots: Various R programming tools for plotting data ID - Warnes2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Yang, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - An algorithm for thorough background subtraction from high-resolution LC/MS data: application for detection of glutathione-trapped reactive metabolites JO - J Mass Spectrom VL - 43 UR - https://doi.org/10.1002/jms.1390 DO - 10.1002/jms.1390 ID - Zhang2008 ER - TY - STD TI - Google Chart Tools. https://developers.google.com/chart/, UR - https://developers.google.com/chart/ ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Zheng, P. -. Z. AU - Wang, K. -. K. AU - Zhang, Q. -. Y. AU - Huang, Q. -. H. AU - Du, Y. -. Z. AU - Zhang, Q. -. H. AU - Xiao, D. -. K. AU - Shen, S. -. H. AU - Imbeaud, S. AU - Eveno, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Systems analysis of transcriptome and proteome in retinoic acid/arsenic trioxide-induced cell differentiation/apoptosis of promyelocytic leukemia JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0502825102 DO - 10.1073/pnas.0502825102 ID - Zheng2005 ER - TY - JOUR AU - Xia, J. AU - Wishart, D. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - MetPA: a web-based metabolomics tool for pathway analysis and visualization JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq418 DO - 10.1093/bioinformatics/btq418 ID - Xia2010 ER - TY - JOUR AU - Rivera, O. J. AU - Song, C. S. AU - Centonze, V. E. AU - Lechleiter, J. D. AU - Chatterjee, B. AU - Roy, A. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Role of the Promyelocytic Leukemia Body in the Dynamic Interaction between the Androgen Receptor and Steroid Receptor Coactivator-1 in Living Cells JO - Molecular Endocrinology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1210/me.2002-0165 DO - 10.1210/me.2002-0165 ID - Rivera2003 ER - TY - JOUR AU - Ueda, T. AU - Mawji, N. R. AU - Bruchovsky, N. AU - Sadar, M. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Ligand-independent Activation of the Androgen Receptor by Interleukin-6 and the Role of Steroid Receptor Coactivator-1 in Prostate Cancer Cells JO - Journal of Biological Chemistry VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M203313200 DO - 10.1074/jbc.M203313200 ID - Ueda2002 ER - TY - JOUR AU - Agoulnik, I. U. AU - Vaid, A. AU - Bingman, W. E. AU - Erdeme, H. AU - Frolov, A. AU - Smith, C. L. AU - Ayala, G. AU - Ittmann, M. M. AU - Weigel, N. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Role of SRC-1 in the Promotion of Prostate Cancer Cell Growth and Tumor Progression JO - Cancer Research VL - 65 ID - Agoulnik2005 ER - TY - JOUR AU - Harris, M. N. AU - Ozpolat, B. AU - Abdi, F. AU - Gu, S. AU - Legler, A. AU - Mawuenyega, K. G. AU - Tirado-Gomez, M. AU - Lopez-Berestein, G. AU - Chen, X. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparative proteomic analysis of all-trans-retinoic acid treatment reveals systematic posttranscriptional control mechanisms in acute promyelocytic leukemia JO - Blood VL - 104 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2004-01-0046 DO - 10.1182/blood-2004-01-0046 ID - Harris2004 ER - TY - JOUR AU - Ishii, N. AU - Nakahigashi, K. AU - Baba, T. AU - Robert, M. AU - Soga, T. AU - Kanai, A. AU - Hirasawa, T. AU - Naba, M. AU - Hirai, K. AU - Hoque, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multiple High-Throughput Analyses Monitor the Response of E JO - coli to Perturbations VL - 316 ID - Ishii2007 ER - TY - JOUR AU - Trauger, S. A. AU - Kalisak, E. AU - Kalisiak, J. AU - Morita, H. AU - Weinberg, M. V. AU - Menon, A. L. AU - Ii Poole, F. L. AU - Adams, M. W. W. AU - Siuzdak, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Correlating the Transcriptome, Proteome, and Metabolome in the Environmental Adaptation of a Hyperthermophile JO - Journal of Proteome Research VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/pr700609j DO - 10.1021/pr700609j ID - Trauger2008 ER -