Skip to main content

Table 2 The prediction results based on different protein-protein interaction data

From: Improving protein function prediction using domain and protein complexes in PPI networks

Data set

Methods

MF

CC

BP

  

#GO

PPV

TPR

Fmeasure

MCC

#GO

PPV

TPR

Fmeasure

MCC

#GO

PPV

TPR

Fmeasure

MCC

MIPS

DSCP

83

0.49

0.41

0.44

0.44

113

0.43

0.40

0.41

0.40

249

0.37

0.37

0.37

0.36

DCS

83

0.42

0.34

0.38

0.37

113

0.30

0.28

0.29

0.28

249

0.30

0.31

0.30

0.30

Zhang-DC

83

0.24

0.19

0.21

0.20

113

0.21

0.21

0.21

0.20

249

0.23

0.24

0.24

0.23

MRF

83

0.36

0.22

0.27

0.28

113

0.19

0.11

0.14

0.14

249

0.18

0.13

0.15

0.15

RLC

83

0.19

0.32

0.24

0.23

113

0.20

0.37

0.26

0.25

249

0.16

0.37

0.22

0.22

DIP

DSCP

95

0.47

0.40

0.43

0.43

124

0.45

0.43

0.44

0.43

267

0.38

0.37

0.38

0.37

DCS

95

0.45

0.38

0.41

0.41

124

0.37

0.35

0.36

0.35

267

0.34

0.34

0.34

0.33

Zhang-DC

95

0.28

0.25

0.26

0.26

124

0.28

0.31

0.29

0.28

267

0.25

0.27

0.26

0.25

MRF

95

0.33

0.24

0.27

0.27

124

0.19

0.12

0.14

0.14

267

0.20

0.13

0.15

0.15

RLC

95

0.18

0.34

0.24

0.22

124

0.19

0.46

0.27

0.27

267

0.14

0.41

0.21

0.22

Biogrid-phy

DSCP

103

0.48

0.42

0.45

0.44

130

0.46

0.46

0.46

0.45

299

0.40

0.39

0.40

0.39

DCS

103

0.45

0.41

0.43

0.42

130

0.40

0.44

0.42

0.41

299

0.36

0.37

0.37

0.36

Zhang-DC

103

0.32

0.29

0.31

0.30

130

0.35

0.42

0.38

0.37

299

0.30

0.32

0.31

0.30

MRF

103

0.48

0.26

0.34

0.35

130

0.21

0.14

0.17

0.16

299

0.38

0.13

0.19

0.22

RLC

103

0.15

0.29

0.20

0.17

130

0.16

0.50

0.25

0.25

299

0.25

0.34

0.29

0.25

Biogrid-cpl

DSCP

105

0.48

0.42

0.44

0.43

130

0.45

0.46

0.45

0.45

303

0.40

0.40

0.40

0.39

DCS

105

0.43

0.40

0.41

0.41

130

0.39

0.42

0.41

0.40

303

0.36

0.39

0.37

0.36

Zhang-DC

105

0.30

0.26

0.28

0.27

130

0.32

0.38

0.35

0.34

303

0.26

0.31

0.28

0.27

MRF

105

0.74

0.25

0.38

0.43

130

0.52

0.13

0.21

0.26

303

0.45

0.13

0.20

0.24

 

RLC

105

0.32

0.26

0.29

0.23

130

0.35

0.35

0.35

0.29

303

0.22

0.35

0.27

0.25

  1. This table shows prediction results of five algorithms (DCS, DSCP, Zhang-DC, MRF and RLC) based on four different protein-protein interaction data (MIPS PPI, DIP PPI, BioGrid physical PPI and BioGrid PPI comprising both physical and genetic interactions), including the number of GO terms of each category (MF, CC and BP) on each interaction data set and the corresponding values of PPV, TPR, F-Measure and MCC.