TY - JOUR AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - Kuhn, M. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Minguez, P. AU - Doerks, T. AU - Stark, M. AU - Muller, J. AU - Bork, P. AU - Jensen, L. J. AU - von Mering, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq973 DO - 10.1093/nar/gkq973 ID - Szklarczyk2011 ER - TY - JOUR AU - Franceschini, A. AU - Szklarczyk, D. AU - Frankild, S. AU - Kuhn, M. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Lin, J. AU - Minguez, P. AU - Bork, P. AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1094 DO - 10.1093/nar/gks1094 ID - Franceschini2013 ER - TY - JOUR AU - Cowley, M. J. AU - Pinese, M. AU - Kassahn, K. S. AU - Waddell, N. AU - Pearson, J. V. AU - Grimmond, S. M. AU - Biankin, A. V. AU - Hautaniemi, S. AU - Wu, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - PINA v2.0: mining interactome modules JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr967 DO - 10.1093/nar/gkr967 ID - Cowley2012 ER - TY - JOUR AU - Wu, J. AU - Vallenius, T. AU - Ovaska, K. AU - Westermarck, J. AU - Makela, T. P. AU - Hautaniemi, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integrated network analysis platform for protein-protein interactions JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1282 DO - 10.1038/nmeth.1282 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Dudley, J. T. AU - Butte, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - In silico research in the era of cloud computing JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1110-1181 DO - 10.1038/nbt1110-1181 ID - Dudley2010 ER - TY - JOUR AU - Schatz, M. C. AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cloud computing and the DNA data race JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0710-691 DO - 10.1038/nbt0710-691 ID - Schatz2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Gu, S. AU - Liu, Y. AU - Wang, B. AU - Azuaje, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene set analysis in the cloud JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr630 DO - 10.1093/bioinformatics/btr630 ID - Zhang2012 ER - TY - JOUR AU - Racine, J. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - RStudio: A Platform-Independent IDE for R and Sweave JO - Journal of Applied Econometrics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/jae.1278 DO - 10.1002/jae.1278 ID - Racine2012 ER - TY - STD TI - cisPath. [http://www.isb.pku.edu.cn/cisPath/] UR - http://www.isb.pku.edu.cn/cisPath/ ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - STD TI - Aslett L: RStudio AMIs. [http://www.louisaslett.com/RStudio_AMI/] UR - http://www.louisaslett.com/RStudio_AMI/ ID - ref11 ER - TY - STD TI - Bioconductor AMI. [http://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/] UR - http://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/ ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Razick, S. AU - Magklaras, G. AU - Donaldson, I. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - iRefIndex: a consolidated protein interaction database with provenance JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-405 DO - 10.1186/1471-2105-9-405 ID - Razick2008 ER - TY - JOUR AU - Mora, A. AU - Donaldson, I. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - iRefR: an R package to manipulate the iRefIndex consolidated protein interaction database JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-455 DO - 10.1186/1471-2105-12-455 ID - Mora2011 ER - TY - STD TI - Update on activities at the Universal Protein Resource (UniProt) in 2013. Nucleic Acids Res. 2013, 41: D43-47. ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Aranda, B. AU - Achuthan, P. AU - Alam-Faruque, Y. AU - Armean, I. AU - Bridge, A. AU - Derow, C. AU - Feuermann, M. AU - Ghanbarian, A. T. AU - Kerrien, S. AU - Khadake, J. AU - Kerssemakers, J. AU - Leroy, C. AU - Menden, M. AU - Michaut, M. AU - Montecchi-Palazzi, L. AU - Neuhauser, S. N. AU - Orchard, S. AU - Perreau, V. AU - Roechert, B. AU - van Eijk, K. AU - Hermjakob, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The IntAct molecular interaction database in 2010 JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp878 DO - 10.1093/nar/gkp878 ID - Aranda2010 ER - TY - JOUR AU - Licata, L. AU - Briganti, L. AU - Peluso, D. AU - Perfetto, L. AU - Iannuccelli, M. AU - Galeota, E. AU - Sacco, F. AU - Palma, A. AU - Nardozza, A. P. AU - Santonico, E. AU - Castagnoli, L. AU - Cesareni, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - MINT, the molecular interaction database: 2012 update JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr930 DO - 10.1093/nar/gkr930 ID - Licata2012 ER - TY - JOUR AU - Chatr-Aryamontri, A. AU - Breitkreutz, B. J. AU - Heinicke, S. AU - Boucher, L. AU - Winter, A. AU - Stark, C. AU - Nixon, J. AU - Ramage, L. AU - Kolas, N. AU - O'Donnell, L. AU - Reguly, T. AU - Breitkreutz, A. AU - Sellam, A. AU - Chen, D. AU - Chang, C. AU - Rust, J. AU - Livstone, M. AU - Oughtred, R. AU - Dolinski, K. AU - Tyers, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The BioGRID interaction database: 2013 update JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1158 DO - 10.1093/nar/gks1158 ID - Chatr-Aryamontri2013 ER - TY - JOUR AU - Salwinski, L. AU - Miller, C. S. AU - Smith, A. J. AU - Pettit, F. K. AU - Bowie, J. U. AU - Eisenberg, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Database of Interacting Proteins: 2004 update JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh086 DO - 10.1093/nar/gkh086 ID - Salwinski2004 ER - TY - JOUR AU - Keshava Prasad, T. S. AU - Goel, R. AU - Kandasamy, K. AU - Keerthikumar, S. AU - Kumar, S. AU - Mathivanan, S. AU - Telikicherla, D. AU - Raju, R. AU - Shafreen, B. AU - Venugopal, A. AU - Balakrishnan, L. AU - Marimuthu, A. AU - Banerjee, S. AU - Somanathan, D. S. AU - Sebastian, A. AU - Rani, S. AU - Ray, S. AU - Harrys Kishore, C. J. AU - Kanth, S. AU - Ahmed, M. AU - Kashyap, M. K. AU - Mohmood, R. AU - Ramachandra, Y. L. AU - Krishna, V. AU - Rahiman, B. A. AU - Mohan, S. AU - Ranganathan, P. AU - Ramabadran, S. AU - Chaerkady, R. AU - Pandey, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human Protein Reference Database--2009 update JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn892 DO - 10.1093/nar/gkn892 ID - Keshava Prasad2009 ER - TY - JOUR AU - Guldener, U. AU - Munsterkotter, M. AU - Oesterheld, M. AU - Pagel, P. AU - Ruepp, A. AU - Mewes, H. W. AU - Stumpflen, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj003 DO - 10.1093/nar/gkj003 ID - Guldener2006 ER - TY - JOUR AU - Saito, R. AU - Smoot, M. E. AU - Ono, K. AU - Ruscheinski, J. AU - Wang, P. L. AU - Lotia, S. AU - Pico, A. R. AU - Bader, G. D. AU - Ideker, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - A travel guide to Cytoscape plugins JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2212 DO - 10.1038/nmeth.2212 ID - Saito2012 ER -