TY - JOUR AU - Barab'si, A. -. L. AU - Gulbahce, N. AU - Loscalzo, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Network medicine: a network-based approach to human disease JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2918 DO - 10.1038/nrg2918 ID - Barab'si2011 ER - TY - JOUR AU - Stumpf, M. P. H. AU - Thorne, T. AU - de Silva, E. AU - Stewart, R. AU - An, H. J. AU - Lappe, M. AU - Wiuf, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Estimating the size of the human interactome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0708078105 DO - 10.1073/pnas.0708078105 ID - Stumpf2008 ER - TY - JOUR AU - Croft, D. AU - O'Kelly, G. AU - Wu, G. AU - Haw, R. AU - Gillespie, M. AU - Matthews, L. AU - Caudy, M. AU - Garapati, P. AU - Gopinath, G. AU - Jassal, B. AU - Jupe, S. AU - Kalatskaya, I. AU - Mahajan, S. AU - May, B. AU - Ndegwa, N. AU - Schmidt, E. AU - Shamovsky, V. AU - Yung, C. AU - Birney, E. AU - Hermjakob, H. AU - D'Eustachio, P. AU - Stein, L. AU - Kataskaya, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1018 DO - 10.1093/nar/gkq1018 ID - Croft2010 ER - TY - JOUR AU - Kelder, T. AU - van Iersel, M. P. AU - Hanspers, K. AU - Kutmon, M. AU - Conklin, B. R. AU - Evelo, C. T. AU - Pico, A. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - WikiPathways: building research communities on biological pathways JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1074 DO - 10.1093/nar/gkr1074 ID - Kelder2012 ER - TY - JOUR AU - Kelley, R. AU - Ideker, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Systematic interpretation of genetic interactions using protein networks JO - Nat Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1096 DO - 10.1038/nbt1096 ID - Kelley2005 ER - TY - JOUR AU - Rual, J. -. F. AU - Venkatesan, K. AU - Hao, T. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Dricot, A. AU - Li, N. AU - Berriz, G. F. AU - Gibbons, F. D. AU - Dreze, M. AU - Ayivi-Guedehoussou, N. AU - Klitgord, N. AU - Simon, C. AU - Boxem, M. AU - Milstein, S. AU - Rosenberg, J. AU - Goldberg, D. S. AU - Zhang, L. V. AU - Wong, S. L. AU - Franklin, G. AU - Li, S. AU - Albala, J. S. AU - Lim, J. AU - Fraughton, C. AU - Llamosas, E. AU - Cevik, S. AU - Bex, C. AU - Lamesch, P. AU - Sikorski, R. S. AU - Vandenhaute, J. AU - Zoghbi, H. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network JO - Nature VL - 437 UR - https://doi.org/10.1038/nature04209 DO - 10.1038/nature04209 ID - Rual2005 ER - TY - JOUR AU - Gerstein, M. B. AU - Kundaje, A. AU - Hariharan, M. AU - Landt, S. G. AU - Yan, K. -. K. AU - Cheng, C. AU - Mu, X. J. AU - Khurana, E. AU - Rozowsky, J. AU - Alexander, R. AU - Min, R. AU - Alves, P. AU - Abyzov, A. AU - Addleman, N. AU - Bhardwaj, N. AU - Boyle, A. P. AU - Cayting, P. AU - Charos, A. AU - Chen, D. Z. AU - Cheng, Y. AU - Clarke, D. AU - Eastman, C. AU - Euskirchen, G. AU - Frietze, S. AU - Fu, Y. AU - Gertz, J. AU - Grubert, F. AU - Harmanci, A. AU - Jain, P. AU - Kasowski, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11245 DO - 10.1038/nature11245 ID - Gerstein2012 ER - TY - JOUR AU - Waters, K. M. AU - Liu, T. AU - Quesenberry, R. D. AU - Willse, A. R. AU - Bandyopadhyay, S. AU - Kathmann, L. E. AU - Weber, T. J. AU - Smith, R. D. AU - Wiley, H. S. AU - Thrall, B. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Network analysis of epidermal growth factor signaling using integrated genomic, proteomic and phosphorylation data JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034515 DO - 10.1371/journal.pone.0034515 ID - Waters2012 ER - TY - JOUR AU - Caberlotto, L. AU - Lauria, M. AU - Nguyen, T. -. P. AU - Scotti, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The central role of AMP-kinase and energy homeostasis impairment in Alzheimer's disease: a multifactor network analysis JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0078919 DO - 10.1371/journal.pone.0078919 ID - Caberlotto2013 ER - TY - JOUR AU - Metzker, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sequencing technologies - the next generation JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2626 DO - 10.1038/nrg2626 ID - Metzker2010 ER - TY - JOUR AU - Mann, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proteomics for biomedicine: a half-completed journey JO - EMBO Mol Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1002/emmm.201100198 DO - 10.1002/emmm.201100198 ID - Mann2012 ER - TY - JOUR AU - Thiele, I. AU - Swainston, N. AU - Fleming, R. M. T. AU - Hoppe, A. AU - Sahoo, S. AU - Aurich, M. K. AU - Haraldsdottir, H. AU - Mo, M. L. AU - Rolfsson, O. AU - Stobbe, M. D. AU - Thorleifsson, S. G. AU - Agren, R. AU - B'lling, C. AU - Bordel, S. AU - Chavali, A. K. AU - Dobson, P. AU - Dunn, W. B. AU - Endler, L. AU - Hala, D. AU - Hucka, M. AU - Hull, D. AU - Jameson, D. AU - Jamshidi, N. AU - Jonsson, J. J. AU - Juty, N. AU - Keating, S. AU - Nookaew, I. AU - Le Nov're, N. AU - Malys, N. AU - Mazein, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - A community-driven global reconstruction of human metabolism JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2488 DO - 10.1038/nbt.2488 ID - Thiele2013 ER - TY - JOUR AU - Langfelder, P. AU - Horvath, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-559 DO - 10.1186/1471-2105-9-559 ID - Langfelder2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, I. -. M. AU - Zhang, B. AU - Yang, X. AU - Zhu, J. AU - Stepaniants, S. AU - Zhang, C. AU - Meng, Q. AU - Peters, M. AU - He, Y. AU - Ni, C. AU - Slipetz, D. AU - Crackower, M. A. AU - Houshyar, H. AU - Tan, C. M. AU - Asante-Appiah, E. AU - O'Neill, G. AU - Luo, M. J. AU - Thieringer, R. AU - Yuan, J. AU - Chiu, C. -. S. AU - Lum, P. Y. AU - Lamb, J. AU - Boie, Y. AU - Wilkinson, H. A. AU - Schadt, E. E. AU - Dai, H. AU - Roberts, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systems analysis of eleven rodent disease models reveals an inflammatome signature and key drivers JO - Mol Syst Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2012.24 DO - 10.1038/msb.2012.24 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Voineagu, I. AU - Wang, X. AU - Johnston, P. AU - Lowe, J. K. AU - Tian, Y. AU - Horvath, S. AU - Mill, J. AU - Cantor, R. M. AU - Blencowe, B. J. AU - Geschwind, D. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology JO - Nature VL - 474 UR - https://doi.org/10.1038/nature10110 DO - 10.1038/nature10110 ID - Voineagu2011 ER - TY - JOUR AU - Hasan, S. AU - Bonde, B. K. AU - Buchan, N. S. AU - Hall, M. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Network analysis has diverse roles in drug discovery JO - Drug Discov Today VL - 00 ID - Hasan2012 ER - TY - JOUR AU - Brown, J. B. AU - Okuno, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systems biology and systems chemistry: new directions for drug discovery JO - Chem Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2011.12.012 DO - 10.1016/j.chembiol.2011.12.012 ID - Brown2012 ER - TY - JOUR AU - Kasarskis, A. AU - Yang, X. AU - Schadt, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrative genomics strategies to elucidate the complexity of drug response JO - Pharmacogenomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.2217/pgs.11.115 DO - 10.2217/pgs.11.115 ID - Kasarskis2011 ER - TY - JOUR AU - Leung, A. AU - Bader, G. D. AU - Reimand, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - HyperModules: identifying clinically and phenotypically significant network modules with disease mutations for biomarker discovery JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu172 DO - 10.1093/bioinformatics/btu172 ID - Leung2014 ER - TY - JOUR AU - Hofree, M. AU - Shen, J. P. AU - Carter, H. AU - Gross, A. AU - Ideker, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Network-based stratification of tumor mutations JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2651 DO - 10.1038/nmeth.2651 ID - Hofree2013 ER - TY - JOUR AU - Nolan, C. J. AU - Damm, P. AU - Prentki, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Type 2 diabetes across generations: from pathophysiology to prevention and management JO - Lancet VL - 378 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(11)60614-4 DO - 10.1016/S0140-6736(11)60614-4 ID - Nolan2011 ER - TY - JOUR AU - Radonjic, M. AU - Wielinga, P. Y. AU - Wopereis, S. AU - Kelder, T. AU - Goelela, V. S. AU - Verschuren, L. AU - Toet, K. AU - van Duyvenvoorde, W. AU - van der Werff van der Vat, B. AU - Stroeve, J. H. M. AU - Cnubben, N. AU - Kooistra, T. AU - van Ommen, B. AU - Kleemann, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Differential Effects of Drug Interventions and Dietary Lifestyle in Developing Type 2 Diabetes and Complications: A Systems Biology Analysis in LDLr / Mice JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056122 DO - 10.1371/journal.pone.0056122 ID - Radonjic2013 ER - TY - JOUR AU - Rosenson, R. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Fenofibrate: treatment of hyperlipidemia and beyond JO - Expert Rev Cardiovasc Ther VL - 6 UR - https://doi.org/10.1586/14779072.6.10.1319 DO - 10.1586/14779072.6.10.1319 ID - Rosenson2008 ER - TY - JOUR AU - Tontonoz, P. AU - Mangelsdorf, D. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Liver X receptor signaling pathways in cardiovascular disease JO - Mol Endocrinol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1210/me.2003-0061 DO - 10.1210/me.2003-0061 ID - Tontonoz2003 ER - TY - JOUR AU - Kuhn, M. AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - Campillos, M. AU - von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Beyer, A. AU - Bork, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - STITCH 2: an interaction network database for small molecules and proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp937 DO - 10.1093/nar/gkp937 ID - Kuhn2010 ER - TY - JOUR AU - Keating, G. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fenofibrate: a review of its lipid-modifying effects in dyslipidemia and its vascular effects in type 2 diabetes mellitus JO - Am J Cardiovasc Drugs VL - 11 UR - https://doi.org/10.2165/11207690-000000000-00000 DO - 10.2165/11207690-000000000-00000 ID - Keating2011 ER - TY - JOUR AU - Gerstein, H. C. AU - Miller, M. E. AU - Byington, R. P. AU - Goff, D. C. AU - Bigger, J. T. AU - Buse, J. B. AU - Cushman, W. C. AU - Genuth, S. AU - Ismail-Beigi, F. AU - Grimm, R. H. AU - Probstfield, J. L. AU - Simons-Morton, D. G. AU - Friedewald, W. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effects of intensive glucose lowering in type 2 diabetes JO - N Engl J Med VL - 358 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0802743 DO - 10.1056/NEJMoa0802743 ID - Gerstein2008 ER - TY - JOUR AU - Turinsky, A. L. AU - Razick, S. AU - Turner, B. AU - Donaldson, I. M. AU - Wodak, S. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Literature curation of protein interactions: measuring agreement across major public databases JO - Database (Oxford) VL - 2010 UR - https://doi.org/10.1093/database/baq026 DO - 10.1093/database/baq026 ID - Turinsky2010 ER - TY - JOUR AU - Shen, Y. AU - Yue, F. AU - McCleary, D. F. AU - Ye, Z. AU - Edsall, L. AU - Kuan, S. AU - Wagner, U. AU - Dixon, J. AU - Lee, L. AU - Lobanenkov, V. V. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - A map of the cis-regulatory sequences in the mouse genome JO - Nature VL - 488 UR - https://doi.org/10.1038/nature11243 DO - 10.1038/nature11243 ID - Shen2012 ER - TY - JOUR AU - Ideker, T. AU - Krogan, N. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential network biology JO - Mol Syst Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2011.99 DO - 10.1038/msb.2011.99 ID - Ideker2012 ER - TY - JOUR AU - Furuhashi, M. AU - Ura, N. AU - Murakami, H. AU - Hyakukoku, M. AU - Yamaguchi, K. AU - Higashiura, K. AU - Shimamoto, K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fenofibrate improves insulin sensitivity in connection with intramuscular lipid content, muscle fatty acid-binding protein, and beta-oxidation in skeletal muscle JO - J Endocrinol VL - 174 UR - https://doi.org/10.1677/joe.0.1740321 DO - 10.1677/joe.0.1740321 ID - Furuhashi2002 ER - TY - JOUR AU - Jeong, S. AU - Yoon, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fenofibrate inhibits adipocyte hypertrophy and insulin resistance by activating adipose PPARalpha in high fat diet-induced obese mice JO - Exp Mol Med VL - 41 UR - https://doi.org/10.3858/emm.2009.41.6.045 DO - 10.3858/emm.2009.41.6.045 ID - Jeong2009 ER - TY - JOUR AU - Efanov, A. M. AU - Sewing, S. AU - Bokvist, K. AU - Gromada, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Liver X Receptor Activation Stimulates Insulin Secretion via Modulation of Glucose and Lipid Metabolism in Pancreatic Beta-Cells JO - Diabetes VL - 53 UR - https://doi.org/10.2337/diabetes.53.suppl_3.S75 DO - 10.2337/diabetes.53.suppl_3.S75 ID - Efanov2004 ER - TY - JOUR AU - Kharitonenkov, A. AU - Shiyanova, T. L. AU - Koester, A. AU - Ford, A. M. AU - Micanovic, R. AU - Galbreath, E. J. AU - Sandusky, G. E. AU - Hammond, L. J. AU - Moyers, J. S. AU - Owens, R. A. AU - Gromada, J. AU - Brozinick, J. T. AU - Hawkins, E. D. AU - Wroblewski, V. J. AU - Li, D. -. S. AU - Mehrbod, F. AU - Jaskunas, S. R. AU - Shanafelt, A. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - FGF-21 as a novel metabolic regulator JO - J Clin Invest VL - 115 UR - https://doi.org/10.1172/JCI23606 DO - 10.1172/JCI23606 ID - Kharitonenkov2005 ER - TY - JOUR AU - Berglund, E. D. AU - Li, C. Y. AU - Bina, H. A. AU - Lynes, S. E. AU - Michael, M. D. AU - Shanafelt, A. B. AU - Kharitonenkov, A. AU - Wasserman, D. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fibroblast growth factor 21 controls glycemia via regulation of hepatic glucose flux and insulin sensitivity JO - Endocrinology VL - 150 UR - https://doi.org/10.1210/en.2009-0221 DO - 10.1210/en.2009-0221 ID - Berglund2009 ER - TY - JOUR AU - Wu, M. AU - Singh, S. B. AU - Wang, J. AU - Chung, C. C. AU - Salituro, G. AU - Karanam, B. V. AU - Lee, S. H. AU - Powles, M. AU - Ellsworth, K. P. AU - Lassman, M. E. AU - Miller, C. AU - Myers, R. W. AU - Tota, M. R. AU - Zhang, B. B. AU - Li, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Antidiabetic and antisteatotic effects of the selective fatty acid synthase (FAS) inhibitor platensimycin in mouse models of diabetes JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002588108 DO - 10.1073/pnas.1002588108 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Augustine, K. A. AU - Rossi, R. M. AU - Van, G. AU - Housman, J. AU - Stark, K. AU - Danilenko, D. AU - Varnum, B. AU - Medlock, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Noninsulin-dependent diabetes mellitus occurs in mice ectopically expressing the human Axl tyrosine kinase receptor JO - J Cell Physiol VL - 181 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-Y DO - 3.0.CO;2-Y ID - Augustine1999 ER - TY - JOUR AU - G'tte, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Syndecans in inflammation JO - FASEB J VL - 17 UR - https://doi.org/10.1096/fj.02-0739rev DO - 10.1096/fj.02-0739rev ID - G'tte2003 ER - TY - JOUR AU - Hotamisligil, G. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inflammation and metabolic disorders JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05485 DO - 10.1038/nature05485 ID - Hotamisligil2006 ER - TY - JOUR AU - Brazma, A. AU - Parkinson, H. AU - Sarkans, U. AU - Shojatalab, M. AU - Vilo, J. AU - Abeygunawardena, N. AU - Holloway, E. AU - Kapushesky, M. AU - Kemmeren, P. AU - Lara, G. G. AU - Oezcimen, A. AU - Rocca-Serra, P. AU - Sansone, S. -. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - ArrayExpress a public repository for microarray gene expression data at the EBI JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg091 DO - 10.1093/nar/gkg091 ID - Brazma2003 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Von Mering, C. AU - Jensen, L. J. AU - Snel, B. AU - Hooper, S. D. AU - Krupp, M. AU - Foglierini, M. AU - Jouffre, N. AU - Huynen, M. A. AU - Bork, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki005 DO - 10.1093/nar/gki005 ID - Von Mering2005 ER - TY - JOUR AU - Yusuf, D. AU - Butland, S. L. AU - Swanson, M. I. AU - Bolotin, E. AU - Ticoll, A. AU - Cheung, W. A. AU - Zhang, X. Y. C. AU - Dickman, C. T. D. AU - Fulton, D. L. AU - Lim, J. S. AU - Schnabl, J. M. AU - Ramos, O. H. P. AU - Vasseur-Cognet, M. AU - de Leeuw, C. N. AU - Simpson, E. M. AU - Ryffel, G. U. AU - Lam, E. W. -. F. AU - Kist, R. AU - Wilson, M. S. C. AU - Marco-Ferreres, R. AU - Brosens, J. J. AU - Beccari, L. L. AU - Bovolenta, P. AU - Benayoun, B. A. AU - Monteiro, L. J. AU - Schwenen, H. D. C. AU - Grontved, L. AU - Wederell, E. AU - Mandrup, S. AU - Veitia, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - The transcription factor encyclopedia JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-3-r24 DO - 10.1186/gb-2012-13-3-r24 ID - Yusuf2012 ER - TY - JOUR AU - Langfelder, P. AU - Zhang, B. AU - Horvath, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Defining clusters from a hierarchical cluster tree: the Dynamic Tree Cut package for R JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm563 DO - 10.1093/bioinformatics/btm563 ID - Langfelder2008 ER - TY - JOUR AU - Falcon, S. AU - Gentleman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using GOstats to test gene lists for GO term association JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl567 DO - 10.1093/bioinformatics/btl567 ID - Falcon2007 ER - TY - STD TI - Ingenuity IPA Software.., [http://www.ingenuity.com/products/pathways_analysis.html] UR - http://www.ingenuity.com/products/pathways_analysis.html ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Becker, K. G. AU - Barnes, K. C. AU - Bright, T. J. AU - Wang, S. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - The genetic association database JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng0504-431 DO - 10.1038/ng0504-431 ID - Becker2004 ER - TY - JOUR AU - Yu, W. AU - Gwinn, M. AU - Clyne, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A navigator for human genome epidemiology JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng0208-124 DO - 10.1038/ng0208-124 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Gordon, L. AU - Hendrix, M. AU - Hourlier, T. AU - Johnson, N. AU - Kohori, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Larsson, P. AU - Longden, I. AU - McLaren, W. AU - Overduin, B. AU - Pritchard, B. AU - Riat, H. S. AU - Rios, D. AU - Ritchie, G. R. S. AU - Ruffier, M. AU - Schuster, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ensembl 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1064 DO - 10.1093/nar/gkq1064 ID - Flicek2011 ER - TY - JOUR AU - Petryszak, R. AU - Burdett, T. AU - Fiorelli, B. AU - Fonseca, N. A. AU - Gonzalez-Porta, M. AU - Hastings, E. AU - Huber, W. AU - Jupp, S. AU - Keays, M. AU - Kryvych, N. AU - McMurry, J. AU - Marioni, J. C. AU - Malone, J. AU - Megy, K. AU - Rustici, G. AU - Tang, A. Y. AU - Taubert, J. AU - Williams, E. AU - Mannion, O. AU - Parkinson, H. E. AU - Brazma, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Expression Atlas update a database of gene and transcript expression from microarray- and sequencing-based functional genomics experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1270 DO - 10.1093/nar/gkt1270 ID - Petryszak2014 ER - TY - STD TI - Dupont P, Callut J, Dooms G, Monette JN, Deville Y, Sainte BP: Relevant subgraph extraction from random walks in a graph.Res Report RR 2006, 380167., ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Csordi, G. AU - Nepusz, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - The igraph software package for complex network research JO - InterJournal Complex Syst VL - 1695 ID - Csordi2006 ER - TY - JOUR AU - Smoot, M. E. AU - Ono, K. AU - Ruscheinski, J. AU - Wang, P. AU - Ideker, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq675 DO - 10.1093/bioinformatics/btq675 ID - Smoot2011 ER -