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Table 2 FBA predicted fluxes vs. experimental fluxes

From: Validation of an FBA model for Pichia pastoris in chemostat cultures

Glycerol   
Code μ Glycerol Oxygen CO2 By-products   
msd1 ptd2 msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd   
7 1.88 2.46 1.09 1.09 2.16 1.32 1.56 0.81 0.00 0.00   
11 6.17 6.21 2.75 2.75 3.62 3.33 2.35 2.04 0.00 0.00   
62 0.90 1.16 0.52 0.52 0.82 0.62 0.62 0.38 NR3 0.00   
63 1.11 1.39 0.62 0.62 0.87 0.75 0.65 0.46 NR 0.00   
64 2.38 2.74 1.21 1.21 1.65 1.47 1.22 0.90 NR 0.00   
65 4.89 5.42 2.40 2.40 3.12 2.91 2.29 1.78 NR 0.00   
66 8.37 9.13 4.04 4.04 4.77 4.89 3.40 3.00 NR 0.00   
70 8.07 8.31 3.68 3.68 3.99 4.45 2.96 2.73 NR 0.00   
71 8.79 10.16 4.50 4.50 4.71 5.44 4.70 3.34 NR 0.00   
72 8.66 9.17 4.06 4.06 4.19 4.91 3.53 3.01 NR 0.00   
NRMSE4 12%   0%   14%   23%      
Median error5 13%   0%   13%   24%      
Glucose   
Code μ Glucose Oxygen CO 2 By-products   
  msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd   
1 3.72 3.83 0.96 0.96 2.00 1.90 2.09 1.95 ≥0.02a 0.00   
2 3.72 3.74 0.94 0.94 1.78 1.85 1.87 1.90 ≥0.04a 0.00   
3 3.74 3.64 0.92 0.91 1.69 1.80 1.75 1.85 0.00 0.00   
4 3.01 3.93 0.99 0.99 2.12 1.95 2.37 2.01 ≥0.03b 0.00   
5 3.71 5.29 1.33 1.33 1.57 2.62 2.03 2.69 ≥0.3c 0.00   
6 3.73 6.92 1.74 1.74 0.54 3.43 1.65 3.52 ≥1.0c 0.00   
14 5.74 6.00 1.51 1.51 2.71 2.97 3.18 3.06 0.00 0.00   
49 1.03 1.71 0.43 0.43 0.33 0.85 0.74 0.87 NR 0.00   
50 2.57 2.78 0.70 0.70 0.78 1.38 1.15 1.42 NR 0.00   
51 3.99 3.93 0.99 0.99 1.75 1.95 2.27 2.01 NR 0.00   
53 5.26 5.56 1.40 1.40 1.34 2.76 2.12 2.84 NR 0.00   
NRMSE   29%   0%   64%   32%     
% Median error 6%   0%   11%   15%     
Methanol   
Code μ Methanol Oxygen CO 2 By-products   
  msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd   
15 1.60 4.18 6.31 6.31 7.56 5.23 3.44 2.13 0.00 0.00   
28 2.32 2.66 4.02 4.02 4.22 3.33 2.33 1.36 0.00 0.00   
36 0.31 0.66 0.99 0.99   0.82   0.33 0.00 0.00   
37 1.39 3.09 4.66 4.66   3.86   1.57 0.00 0.00   
38 1.62 3.73 5.64 5.64   4.67   1.90 0.00 0.00   
39 1.04 2.00 3.02 3.02   2.50   1.02 0.00 0.00   
40 1.20 2.25 3.39 3.39   2.81   1.14 0.00 0.00   
41 1.93 2.88 4.34 4.34   3.60   1.47 0.00 0.00   
42 1.31 2.40 3.62 3.62   3.00   1.22 ≥0.01b 0.00   
43 1.66 2.67 4.02 4.02   3.33   1.36 ≥0.01b 0.00   
44 0.54 1.15 1.73 1.73   1.44   0.59 0.00 0.00   
45 0.66 1.11 1.67 1.67   1.38   0.56 0.00 0.00   
53 1.97 2.69 4.06 4.06   3.36   1.37 NR 0.00   
54 2.96 3.93 5.93 5.93   4.91   2.00 NR 0.00   
55 3.54 4.76 7.18 7.18   5.95   2.42 NR 0.00   
56 1.22 1.80 2.72 2.72 2.93 2.26 1.57 0.92 NR 0.00   
57 2.12 2.94 4.44 4.44 4.70 3.68 2.48 1.50 NR 0.00   
58 2.31 3.17 4.79 4.79 5.05 3.97 2.72 1.62 NR 0.00   
59 2.34 3.21 4.85 4.85 5.08 4.02 2.68 1.64 NR 0.00   
60 3.53 4.71 7.12 7.12 7.22 5.89 3.76 2.40 NR 0.00   
61 4.47 5.90 8.90 8.90 8.67 7.37 4.46 3.01 NR 0.00   
NRMSE 61%   0%   51%   45%     
% Median error 45%   0%   21%   39%     
Glycerol methanol mixtures
Code μ Glycerol Methanol Oxygen CO 2 By-products
msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd msd ptd
8 2.07 2.56 0.95 0.95 0.63 0.63 2.70 1.67 1.70 0.92 0.00 0.00
9 1.72 2.65 0.74 0.74 1.48 1.48 3.90 2.12 2.10 1.05 0.00 0.00
10 2.02 2.83 0.57 0.57 2.33 2.33 4.85 2.62 2.21 1.21 0.00 0.00
12 6.18 7.49 2.77 2.77 1.87 1.87 7.19 4.90 4.18 2.69 0.00 0.00
13 6.24 6.84 2.23 2.23 2.73 2.73 7.20 4.96 3.60 2.58 0.00 0.00
19 2.32 2.84 0.67 0.67 2.01 2.01 3.21 2.47 1.77 1.18 0.00 0.00
20 2.32 2.80 0.51 0.51 2.49 2.49 3.46 2.68 1.89 1.22 0.00 0.00
21 2.32 2.78 0.43 0.43 2.73 2.73 3.58 2.78 1.97 1.24 0.00 0.00
22 2.32 2.75 0.31 0.31 3.09 3.09 3.76 2.93 2.09 1.27 0.00 0.00
23 2.32 2.74 0.28 0.28 3.18 3.18 3.79 2.97 2.09 1.28 0.00 0.00
24 2.32 2.72 0.18 0.18 3.49 3.49 3.96 3.11 2.17 1.31 0.00 0.00
25 2.32 2.69 0.13 0.13 3.62 3.62 3.96 3.16 2.21 1.32 0.00 0.00
26 2.32 2.69 0.11 0.11 3.69 3.69 4.02 3.19 2.25 1.33 0.00 0.00
27 2.32 2.68 0.09 0.09 3.74 3.74 4.06 3.21 2.25 1.33 0.00 0.00
29 0.39 0.86 0.27 0.27 0.38 0.37   0.64   0.33 0.00 0.00
30 0.77 1.56 0.54 0.54 0.50 0.50   1.07   0.57 0.00 0.00
31 1.16 2.25 0.82 0.81 0.63 0.63   1.50   0.82 0.00 0.00
32 1.93 2.89 1.09 1.09 0.66 0.66   1.86   1.03 0.00 0.00
33 2.71 3.69 1.36 1.36 0.94 0.94   2.42   1.32 0.00 0.00
34 3.09 4.66 1.90 1.90 0.55 0.55   2.75   1.60 0.00 0.00
35 3.48 5.81 2.45 2.45 0.44 0.44   3.32   1.96 0.00 0.00
46 4.54 5.83 2.53 2.53 0.18 0.18 4.78 3.21 3.25 1.94 0.00 0.00
47 5.63 7.06 2.61 2.61 1.76 1.76 5.35 4.61 3.09 2.53 0.00 0.00
48 5.44 6.72 2.22 2.22 2.58 2.58 5.73 4.82 3.33 2.52 0.00 0.00
NRMSE 32%   0%   0%   34%   39%   
% Md error 19%   0%   0%   23%   39%