From: Extending rule-based methods to model molecular geometry and 3D model resolution
Binding site | Reaction rule | Binding rate |
---|---|---|
A | T _{ I }(A,B,C) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },B,C) | k _{ f1} |
T _{ I }(A,IgE _{ B },C) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },C) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,B,IgE _{ C }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },B,IgE _{ C }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,IgE _{ B },IgE _{ C }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },IgE _{ C }) | k _{ f2} | |
B | T _{ I }(A,B,C) + IgE →T _{ I }(A,IgE _{ B },C) | k _{ f1} |
T _{ I }(IgE _{ A },B,C) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },C) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,B,IgE _{ C }) + IgE →T _{ I }(A,IgE _{ B },IgE _{ C }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ A },B,IgE _{ C }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },IgE _{ C }) | k _{ f2} | |
C | T _{ I }(A,B,C,D) + IgE →T _{ I }(A,B,IgE _{ C },D) | k _{ f1} |
T _{ I }(IgE _{ A },B,C,D) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },B,IgE _{ C },D) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,IgE _{ B },C,D) + IgE →T _{ I }(A,IgE _{ B },IgE _{ C },D) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,B,C,IgE _{ D }) + IgE →T _{ I }(A,B,IgE _{ C },IgE _{ D }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },C,D) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },IgE _{ C },D) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ A },B,C,IgE _{ D }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },B,IgE _{ C },IgE _{ D }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(A,IgE _{ B },C,IgE _{ D }) + IgE →T _{ I }(A,IgE _{ B },IgE _{ C },IgE _{ D }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },C,IgE _{ D }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ A },IgE _{ B },IgE _{ C },IgE _{ D }) | k _{ f2} | |
D | T _{ I }(C,D,E) + IgE →T _{ I }(C,IgE _{ D },E) | k _{ f1} |
T _{ I }(IgE _{ C },D,E) + IgE →T _{ I }(IgE _{ C },IgE _{ D },E) | k _{ f2} | |
T _{ I }(C,D,IgE _{ E }) + IgE →T _{ I }(C,IgE _{ D },IgE _{ E }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ C },D,IgE _{ E }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ C },IgE _{ D },IgE _{ E }) | k _{ f2} | |
E | T _{ I }(D,E,F) + IgE →T _{ I }(D,IgE _{ E },F) | k _{ f1} |
T _{ I }(IgE _{ D },E,F) + IgE →T _{ I }(IgE _{ D },IgE _{ E },F) | k _{ f2} | |
T _{ I }(D,E,IgE _{ F }) + IgE →T _{ I }(D,IgE _{ E },IgE _{ F }) | k _{ f2} | |
T _{ I }(IgE _{ D },E,IgE _{ F }) + IgE →T _{ I }(IgE _{ D },IgE _{ E },IgE _{ F }) | k _{ f2} | |
F | T _{ I }(E,F) + IgE →T _{ I }(E,IgE _{ F }) | k _{ f1} |
T _{ I }(IgE _{ E },F) + IgE →T _{ I }(IgE _{ E },IgE _{ F }) | k _{ f2} |