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Table 4 Rule set for Strand II (T II ) of 0 % reduced (full isosurface) model of Pen a 1 for all energy-minimized conformations (native, S-shaped, U-shaped). Letters in parentheses are binding sites. Omitted letters are free or occupied. The IgE subscript shows which site it is bound to

From: Extending rule-based methods to model molecular geometry and 3D model resolution

Binding site Reaction rule Binding rate
A T II (A,B) + IgE →T II (IgE A ,B) k f1
  T II (A,IgE B ) + IgE →T II (IgE A ,IgE B ) k f2
B T II (A,B,C) + IgE →T II (A,IgE B ,C) k f1
  T II (IgE A ,B,C) + IgE →T II (IgE A ,IgE B ,C) k f2
  T II (A,B,IgE C ) + IgE →T II (A,IgE B ,IgE C ) k f2
  T II (IgE A ,B,IgE C ) + IgE →T II (IgE A ,IgE B ,IgE C ) k f2
C T II (B,C,D) + IgE →T II (B,IgE C ,D) k f1
  T II (IgE B ,C,D) + IgE →T II (IgE B ,IgE C ,D) k f2
  T II (B,C,IgE D ) + IgE →T II (B,IgE C ,IgE D ) k f2
  T II (IgE B ,C,IgE D ) + IgE →T II (IgE B ,IgE C ,IgE D ) k f2
D T II (C,D,E) + IgE →T II (C,IgE D ,E) k f1
  T II (IgE C ,D,E) + IgE →T II (IgE C ,IgE D ,E) k f2
  T II (C,D,IgE E ) + IgE →T II (C,IgE D ,IgE E ) k f2
  T II (IgE C ,D,IgE E ) + IgE →T II (IgE C ,IgE D ,IgE E ) k f2
E T II (D,E,F) + IgE →T II (D,IgE E ,F) k f1
  T II (IgE D ,E,F) + IgE →T II (IgE D ,IgE E ,F) k f2
  T II (D,E,IgE F ) + IgE →T II (D,IgE E ,IgE F ) k f2
  T II (IgE D ,E,IgE F ) + IgE →T II (IgE D ,IgE E ,IgE F ) k f2
F T II (E,F) + IgE →T II (E,IgE F ) k f1
  T II (IgE E ,F) + IgE →T II (IgE E ,IgE F ) k f2