TY - JOUR AU - Hausman, D. B. AU - DiGirolamo, M. AU - Bartness, T. J. AU - Hausman, G. J. AU - Martin, R. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - The biology of white adipocyte proliferation JO - Obesity Rev VL - 2 UR - https://doi.org/10.1046/j.1467-789X.2001.00042.x DO - 10.1046/j.1467-789X.2001.00042.x ID - Hausman2001 ER - TY - JOUR AU - Sarjeant, K. AU - Stephens, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Adipogenesis JO - Cold Spring Harb Perspect Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a008417 DO - 10.1101/cshperspect.a008417 ID - Sarjeant2012 ER - TY - JOUR AU - Garten, Y. AU - Coulet, A. AU - Altman, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Recent progress in automatically extracting information from the pharmacogenomic literature JO - Pharmacogenomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.2217/pgs.10.136 DO - 10.2217/pgs.10.136 ID - Garten2010 ER - TY - JOUR AU - Swanson, D. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - 2011 literature-based resurrection of neglected medical discoveries JO - J Biomed Discov Collab VL - 6 UR - https://doi.org/10.5210/disco.v6i0.3515 DO - 10.5210/disco.v6i0.3515 ID - Swanson2010 ER - TY - JOUR AU - Marc Weeber Klein, H. AU - Berg, L. T. W. AU - Vos, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Using concepts in Literature-Based Discovery: Simulating Swanson’s Raynaud–Fish Oil and Migraine–Magnesium Discoveries JO - J Am Soc Inf Sci Technol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1002/asi.1104 DO - 10.1002/asi.1104 ID - Marc Weeber Klein2001 ER - TY - JOUR AU - Hur, J. AU - Sullivan, K. A. AU - Schuyler, A. D. AU - Hong, Y. AU - Pande, M. AU - States, D. J. AU - Jagadish, H. V. AU - Feldman, E. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Literature-based discovery of diabetes- and ROS-related targets JO - BMC Med Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1755-8794-3-49 DO - 10.1186/1755-8794-3-49 ID - Hur2010 ER - TY - JOUR AU - Cristancho, A. G. AU - Lazar, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Forming functional fat: a growing understanding of adipocyte differentiation JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 1211 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3198 DO - 10.1038/nrm3198 ID - Cristancho2011 ER - TY - JOUR AU - Cline, M. S. AU - Smoot, M. AU - Cerami, E. AU - Kuchinsky, A. AU - Landys, N. AU - Workman, C. AU - Christmas, R. AU - Avila-Campilo, I. AU - Creech, M. AU - Gross, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape JO - Nat Protoc VL - 210 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.324 DO - 10.1038/nprot.2007.324 ID - Cline2007 ER - TY - JOUR AU - Spasic, I. AU - Ananiadou, S. AU - McNaught, J. AU - Kumar, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Text mining and ontologies in biomedicine: making sense of raw text JO - Brief Bioinform VL - 63 UR - https://doi.org/10.1093/bib/6.3.239 DO - 10.1093/bib/6.3.239 ID - Spasic2005 ER - TY - JOUR AU - Rojas, I. AU - Bernardi, L. AU - Ratsch, E. AU - Kania, R. AU - Wittig, U. AU - Saric, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - A database system for the analysis of biochemical pathways JO - In Silico Biol VL - 2 ID - Rojas2002 ER - TY - STD TI - Weeber M, Klein H, Aronson AR, Mork JG, de Jong-van den Berg LT, Vos R. Text-based discovery in biomedicine: the architecture of the DAD-system. Proc AMIA Symp. 2000:903-7. PMID:11080015, and PMCID: PMC2243779. ID - ref11 ER - TY - STD TI - The Adipogenesis Regulation Network database. http://210.27.80.93/arn/. Accessed 15 Jan 2016. UR - http://210.27.80.93/arn/ ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Kim, Y. J. AU - Hwang, S. J. AU - Bae, Y. C. AU - Jung, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - MiR-21 regulates adipogenic differentiation through the modulation of TGF-beta signaling in mesenchymal stem cells derived from human adipose tissue JO - Stem Cells VL - 27 ID - Kim2009 ER - TY - JOUR AU - Tao, C. AU - Huang, S. AU - Wang, Y. AU - Wei, G. AU - Zhang, Y. AU - Qi, D. AU - Wang, Y. AU - Li, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Changes in white and brown adipose tissue microRNA expression in cold-induced mice JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 4633 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.05.014 DO - 10.1016/j.bbrc.2015.05.014 ID - Tao2015 ER - TY - JOUR AU - Trajkovski, M. AU - Lodish, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - MicroRNA networks regulate development of brown adipocytes JO - Trends Endocrinol Metab VL - 249 UR - https://doi.org/10.1016/j.tem.2013.05.002 DO - 10.1016/j.tem.2013.05.002 ID - Trajkovski2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, X. AU - Tamada, K. AU - Kishimoto, R. AU - Okubo, H. AU - Ise, S. AU - Ohta, H. AU - Ruf, S. AU - Nakatani, J. AU - Kohno, N. AU - Spitz, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcriptome profiling of white adipose tissue in a mouse model for 15q duplication syndrome JO - Genom Data VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.gdata.2015.06.035 DO - 10.1016/j.gdata.2015.06.035 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Shore, A. M. AU - Karamitri, A. AU - Kemp, P. AU - Speakman, J. R. AU - Graham, N. S. AU - Lomax, M. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cold-induced changes in gene expression in brown adipose tissue, white adipose tissue and liver JO - PLoS One VL - 87 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0068933 DO - 10.1371/journal.pone.0068933 ID - Shore2013 ER - TY - JOUR AU - Barth, N. AU - Langmann, T. AU - Schölmerich, J. AU - Schmitz, G. AU - Schäffler, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of regulatory elements in the human adipose most abundant gene transcript-1 (apM-1) promoter: role of SP1/SP3 and TNF-alpha as regulatory pathways JO - Diabetologia VL - 45 ID - Barth2002 ER - TY - JOUR AU - Deckmann, K. AU - Rörsch, F. AU - Steri, R. AU - Schubert-Zsilavecz, M. AU - Geisslinger, G. AU - Grösch, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Dimethylcelecoxib inhibits mPGES-1 promoter activity by influencing EGR1 and NF-kB JO - Biochem Pharmacol VL - 809 UR - https://doi.org/10.1016/j.bcp.2010.07.032 DO - 10.1016/j.bcp.2010.07.032 ID - Deckmann2010 ER - TY - JOUR AU - Li, N. AU - Muthusamy, S. AU - Liang, R. AU - Sarojini, H. AU - Wang, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Increased expression of miR-34a and miR-93 in rat liver during aging, and their impact on the expression of Mgst1 and Sirt1 JO - Mech Ageing Dev VL - 1323 UR - https://doi.org/10.1016/j.mad.2010.12.004 DO - 10.1016/j.mad.2010.12.004 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Madonna, S. AU - Scarponi, C. AU - Sestito, R. AU - Pallotta, S. AU - Cavani, A. AU - Albanesi, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - The IFN-gamma-dependent suppressor of cytokine signaling 1 promoter activity is positively regulated by IFN regulatory factor-1 and Sp1 but repressed by growth factor independence-1b and Krüppel-like factor-4, and it is dysregulated in psoriatic keratinocytes JO - J Immunol VL - 185 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1001426 DO - 10.4049/jimmunol.1001426 ID - Madonna2010 ER - TY - JOUR AU - Gao, J. AU - Liu, Y. Y. AU - D'Souza, R. M. AU - Barabási, A. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Target control of complex networks JO - Nat Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms6415 DO - 10.1038/ncomms6415 ID - Gao2014 ER - TY - JOUR AU - Jin, Q. AU - Wang, C. AU - Kuang, X. AU - Feng, X. AU - Sartorelli, V. AU - Ying, H. AU - Ge, K. AU - Dent, S. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Gcn5 and PCAF regulate PPARγ and Prdm16 expression to facilitate brown adipogenesis JO - Mol Cell Biol VL - 3419 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00622-14 DO - 10.1128/MCB.00622-14 ID - Jin2014 ER - TY - JOUR AU - Cho, Y. W. AU - Hong, S. AU - Jin, Q. AU - Wang, L. AU - Lee, J. E. AU - Gavrilova, O. AU - Ge, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histone methylation regulator PTIP is required for PPARgamma and C/EBPalpha expression and adipogenesis JO - Cell Metab VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2009.05.010 DO - 10.1016/j.cmet.2009.05.010 ID - Cho2009 ER - TY - JOUR AU - Qiang, L. AU - Wang, L. AU - Kon, N. AU - Zhao, W. AU - Lee, S. AU - Zhang, Y. AU - Rosenbaum, M. AU - Zhao, Y. AU - Gu, W. AU - Farmer, S. R. AU - Accili, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Brown remodeling of white adipose tissue by SirT1-dependent deacetylation of Pparγ JO - Cell VL - 1503 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.06.027 DO - 10.1016/j.cell.2012.06.027 ID - Qiang2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. H. AU - Yeh, F. L. AU - Yeh, S. P. AU - Ma, H. T. AU - Hung, S. C. AU - Hung, M. C. AU - Li, L. Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Myocyte enhancer factor-2 interacting transcriptional repressor MITR is a switch that promotes osteogenesis and inhibits adipogenesis of mesenchymal stem cells by inactivating peroxisome proliferator-activated receptor gamma-2 JO - J Biol Chem VL - 28612 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M110.199612 DO - 10.1074/jbc.M110.199612 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Takada, I. AU - Kouzmenko, A. P. AU - Kato, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Wnt and PPARgamma signaling in osteoblastogenesis and adipogenesis JO - Nat Rev Rheumatol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1038/nrrheum.2009.137 DO - 10.1038/nrrheum.2009.137 ID - Takada2009 ER - TY - JOUR AU - Tong, Q. AU - Dalgin, G. AU - Xu, H. AU - Ting, C. N. AU - Leiden, J. M. AU - Hotamisligil, G. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Function of GATA transcription factors in preadipocyte-adipocyte transition JO - Science VL - 2905489 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5489.134 DO - 10.1126/science.290.5489.134 ID - Tong2000 ER - TY - JOUR AU - Banerjee, S. S. AU - Feinberg, M. W. AU - Watanabe, M. AU - Gray, S. AU - Haspel, R. L. AU - Denkinger, D. J. AU - Kawahara, R. AU - Hauner, H. AU - Jain, M. K. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Krüppel-like factor KLF2 inhibits peroxisome proliferator-activated receptor-gamma expression and adipogenesis JO - J Biol Chem VL - 2784 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M210859200 DO - 10.1074/jbc.M210859200 ID - Banerjee2003 ER - TY - JOUR AU - Mori, T. AU - Sakaue, H. AU - Iguchi, H. AU - Gomi, H. AU - Okada, Y. AU - Takashima, Y. AU - Nakamura, K. AU - Nakamura, T. AU - Yamauchi, T. AU - Kubota, N. AU - Kadowaki, T. AU - Matsuki, Y. AU - Ogawa, W. AU - Hiramatsu, R. AU - Kasuga, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Role of Krüppel-like factor 15 KLF15 in transcriptional regulation of adipogenesis JO - J Biol Chem VL - 28013 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M410515200 DO - 10.1074/jbc.M410515200 ID - Mori2005 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Y. AU - Zhang, Y. D. AU - Zhang, Y. Y. AU - Qian, S. W. AU - Zhang, Z. C. AU - Li, S. F. AU - Guo, L. AU - Liu, Y. AU - Wen, B. AU - Lei, Q. Y. AU - Tang, Q. Q. AU - Li, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - p300-dependent acetylation of activating transcription factor 5 enhances C/EBPβ transactivation of C/EBPαduring 3 T3-L1 differentiation JO - Mol Cell Biol VL - 343 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00956-13 DO - 10.1128/MCB.00956-13 ID - Zhao2014 ER - TY - JOUR AU - Pi, J. AU - Leung, L. AU - Xue, P. AU - Wang, W. AU - Hou, Y. AU - Liu, D. AU - Yehuda-Shnaidman, E. AU - Lee, C. AU - Lau, J. AU - Kurtz, T. W. AU - Chan, J. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deficiency in the nuclear factor E2-related factor-2 transcription factor results in impaired adipogenesis and protects against diet-induced obesity JO - J Biol Chem VL - 28512 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.093955 DO - 10.1074/jbc.M109.093955 ID - Pi2010 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. K. AU - Arany, Z. AU - Seale, P. AU - Mepani, R. J. AU - Ye, L. AU - Conroe, H. M. AU - Roby, Y. A. AU - Kulaga, H. AU - Reed, R. R. AU - Spiegelman, B. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptional control of preadipocyte determination by Zfp423 JO - Nature VL - 4647288 UR - https://doi.org/10.1038/nature08816 DO - 10.1038/nature08816 ID - Gupta2010 ER - TY - JOUR AU - Lee, H. AU - Kim, H. J. AU - Lee, Y. J. AU - Lee, M. Y. AU - Choi, H. AU - Lee, H. AU - Kim, J. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Krüppel-like factor KLF8 plays a critical role in adipocyte differentiation JO - PLoS One VL - 712 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052474 DO - 10.1371/journal.pone.0052474 ID - Lee2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. F. AU - Fu, W. M. AU - He, M. L. AU - Xie, W. D. AU - Lv, Q. AU - Wan, G. AU - Li, G. AU - Wang, H. AU - Lu, G. AU - Hu, X. AU - Jiang, S. AU - Li, J. N. AU - Lin, M. C. AU - Zhang, Y. O. AU - Kung, H. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - MiRNA-20a promotes osteogenic differentiation of human mesenchymal stem cells by co-regulating BMP signaling JO - RNA Biol VL - 85 UR - https://doi.org/10.4161/rna.8.5.16043 DO - 10.4161/rna.8.5.16043 ID - Zhang2011 ER - TY - JOUR AU - Sun, J. AU - Wang, Y. AU - Li, Y. AU - Zhao, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Downregulation of PPARγ by miR-548d-5p suppresses the adipogenic differentiation of human bone marrow mesenchymal stem cells and enhances their osteogenic potential JO - J Transl Med VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1479-5876-12-168 DO - 10.1186/1479-5876-12-168 ID - Sun2014 ER - TY - JOUR AU - Lee, E. K. AU - Lee, M. J. AU - Abdelmohsen, K. AU - Kim, W. AU - Kim, M. M. AU - Srikantan, S. AU - Martindale, J. L. AU - Hutchison, E. R. AU - Kim, H. H. AU - Marasa, B. S. AU - Selimyan, R. AU - Egan, J. M. AU - Smith, S. R. AU - Fried, S. K. AU - Gorospe, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - miR-130 suppresses adipogenesis by inhibiting peroxisome proliferator-activated receptor gamma expression JO - Mol Cell Biol VL - 314 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.00894-10 DO - 10.1128/MCB.00894-10 ID - Lee2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. Y. AU - Kim, A. Y. AU - Lee, H. W. AU - Son, Y. H. AU - Lee, G. Y. AU - Lee, J. W. AU - Lee, Y. S. AU - Kim, J. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - miR-27a is a negative regulator of adipocyte differentiation via suppressing PPARgamma expression JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 3923 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2010.01.012 DO - 10.1016/j.bbrc.2010.01.012 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Hu, E. AU - Kim, J. B. AU - Sarraf, P. AU - Spiegelman, B. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Inhibition of adipogenesis through MAP kinase-mediated phosphorylation of PPARgamma JO - Science VL - 2745295 UR - https://doi.org/10.1126/science.274.5295.2100 DO - 10.1126/science.274.5295.2100 ID - Hu1996 ER - TY - JOUR AU - Lemkul, J. A. AU - Lewis, S. N. AU - Bassaganya-Riera, J. AU - Bevan, D. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phosphorylation of PPARγ Affects the Collective Motions of the PPARγ-RXRα-DNA Complex JO - PLoS One VL - 105 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123984 DO - 10.1371/journal.pone.0123984 ID - Lemkul2015 ER - TY - JOUR AU - Fakhry, M. AU - Hamade, E. AU - Badran, B. AU - Buchet, R. AU - Magne, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular mechanisms of mesenchymal stem cell differentiation towards osteoblasts JO - World J Stem Cells VL - 5 UR - https://doi.org/10.4252/wjsc.v5.i4.136 DO - 10.4252/wjsc.v5.i4.136 ID - Fakhry2013 ER - TY - JOUR AU - Sun, L. AU - Goff, L. A. AU - Trapnell, C. AU - Alexander, R. AU - Lo, K. A. AU - Hacisuleyman, E. AU - Sauvageau, M. AU - Tazon-Vega, B. AU - Kelley, D. R. AU - Hendrickson, D. G. AU - Yuan, B. AU - Kellis, M. AU - Lodish, H. F. AU - Rinn, J. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Long noncoding RNAs regulate adipogenesis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 1109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1222643110 DO - 10.1073/pnas.1222643110 ID - Sun2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. AU - Cui, X. AU - Shi, C. AU - Chen, L. AU - Yang, L. AU - Pang, L. AU - Zhang, J. AU - Guo, X. AU - Wang, J. AU - Ji, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Differential lncRNA expression profiles in brown and white adipose tissues JO - Mol Genet Genomics VL - 2902 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-014-0954-x DO - 10.1007/s00438-014-0954-x ID - Chen2015 ER - TY - STD TI - The PubMed Database. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed. Accessed 20 Oct 2015. UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed ID - ref44 ER - TY - STD TI - The Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining Database. http://www.grnpedia.org/trrust/. Accessed 15 Jan 2016. UR - http://www.grnpedia.org/trrust/ ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Han, H. AU - Shim, H. AU - Shin, D. AU - Shim, J. E. AU - Ko, Y. AU - Shin, J. AU - Kim, H. AU - Cho, A. AU - Kim, E. AU - Lee, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - TRRUST: a reference database of human transcriptional regulatory interactions JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep11432 DO - 10.1038/srep11432 ID - Han2015 ER - TY - STD TI - The Public database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation. http://www.pazar.info/. Accessed 15 Jan 2016. UR - http://www.pazar.info/ ID - ref47 ER - TY - JOUR AU - Portales-Casamar, E. AU - Arenillas, D. AU - Lim, J. AU - Swanson, M. I. AU - Jiang, S. AU - McCallum, A. AU - Kirov, S. AU - Wasserman, W. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - The PAZAR database of gene regulatory information coupled to the ORCA toolkit for the study of regulatory sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn783 DO - 10.1093/nar/gkn783 ID - Portales-Casamar2009 ER - TY - STD TI - The miRGate database. http://mirgate.bioinfo.cnio.es/miRGate/. Accessed 15 Jan 2016. UR - http://mirgate.bioinfo.cnio.es/miRGate/ ID - ref49 ER - TY - STD TI - Andrés-León E, González Peña D, Gómez-López G, Pisano DG. miRGate: a curated database of human, mouse and rat miRNA-mRNA targets. Database (Oxford). 2015 Apr 8;2015:bav035. doi: 10.1093/database/bav035. ID - ref50 ER - TY - STD TI - The Biological General Repository for Interaction Datasets. http://thebiogrid.org/. Accessed 15 Jan 2016. UR - http://thebiogrid.org/ ID - ref51 ER - TY - JOUR AU - Stark, C. AU - Breitkreutz, B. J. AU - Reguly, T. AU - Boucher, L. AU - Breitkreutz, A. AU - Tyers, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - BioGRID: a general repository for interaction datasets JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj109 DO - 10.1093/nar/gkj109 ID - Stark2006 ER - TY - JOUR AU - Weeber, M. AU - Klein, H. AU - de Jong-van den Berg, L. T. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Using concepts in literature-based discovery: simulating Swanson's Raynaud-fish oil and migraine-magnesium discoveries[J] JO - J Am Soc Inf Sci Technol VL - 527 UR - https://doi.org/10.1002/asi.1104 DO - 10.1002/asi.1104 ID - Weeber2001 ER -