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Table 1 Centrality analysis to determine the global properties of the EAPCN model using CytoHubba plug-in in Cytoscape

From: The Arabidopsis phytohormone crosstalk network involves a consecutive metabolic route and circular control units of transcription factors that regulate enzyme-encoding genes

MCC DMNC MNC Degree EPC Bottleneck Eccentricity Closeness Radiability Betweenness Stress CC
6.3.-.- 1.2.3.7 6.3.-.- 6.3.-.- 6.3.-.- 2.4.1.- 2.4.1.237 6.3.-.- 2.4.1.- 2.4.1.- 2.4.1.- 1.14.17.4
1.2.3.7 2.8.1.9 1.2.3.7 2.4.1.- 2.4.1.- 1.13.11.51 2.4.1.203 2.4.1.- 2.4.1.237 4.4.1.14 2.4.1.237 2.8.1.9
2.4.1.- 2.4.1.203 2.4.1.- 4.4.1.14 4.4.1.14 1.14.13.- 6.3.-.- 2.4.1.237 6.3.-.- 2.4.1.237 4.4.1.14 1.14.11.13
1.14.11.- 1.14.11.13 1.14.11.- 2.4.1.237 2.4.1.237 1.14.11.- 1.14.11.23 4.4.1.14 4.4.1.14 6.3.-.- 6.3.-.- 2.3.1.74
1.14.13.- 2.1.1.- 1.14.13.- 1.2.3.7 1.2.3.7 1.1.-.- 1.14.13.- 1.2.3.7 1.13.11.51 1.14.11.- 1.13.11.51 6.2.1.-
4.4.1.14 2.4.1.121 2.6.1.5 2.1.1.- 2.6.1.5 1.13.11.- 4.4.1.14 1.13.11.51 1.2.3.7 1.14.11.23 2.4.1.121 1.2.3.7
2.1.1.- 4.4.1.14 2.8.1.9 1.14.11.- 1.13.11.51 4.4.1.14 1.13.11.12 2.6.1.5 2.4.1.121 2.1.1.- 1.14.13.93 2.6.1.5
2.6.1.5 2.3.1.74 2.4.1.203 1.14.11.23 2.4.1.121 1.13.11.12 2.5.1.18 2.4.1.121 2.6.1.5 1.13.11.51 2.4.1.263 6.3.-.-
2.4.1.237 6.2.1.- 1.14.11.13 1.14.13.- 1.14.11.23 2.5.1.18 1.2.4.1 3.1.4.4 2.4.1.263 1.14.13.- 4.1.3.27 2.4.1.203
2.4.1.203 1.13.11.51 2.1.1.- 2.4.1.203 2.1.1.- 1.2.4.1 1.14.99.- 1.14.99.- 3.1.4.4 1.14.13.93 2.6.1.5 2.4.1.121
2.4.1.121 1.14.11.23 2.4.1.121 1.13.11.51 3.1.4.4 1.14.99.- 1.2.3.7 2.4.1.12 1.14.99.- 2.4.1.121 3.1.4.4 1.1.1.288
1.14.11.23 1.1.1.288 4.4.1.14 2.4.1.121 1.14.13.- 2.4.1.237 2.8.1.9 1.14.13.93 2.4.1.12 1.2.3.7 1.14.99.- 2.6.1.57
2.8.1.9 2.6.1.57 2.3.1.74 2.6.1.5 2.8.1.9 1.2.3.7 2.4.1.12 2.4.1.263 1.14.13.93 3.2.1.1 2.4.1.12 1.1.1.-
1.14.11.13 1.1.1.- 6.2.1.- 2.5.1.18 1.14.11.- 2.8.1.9 1.14.11.13 1.14.13.- 4.1.3.27 2.4.1.263 1.14.11.- 1.3.1.-
1.13.11.51 1.3.1.- 1.13.11.51 1.14.99.- 4.1.3.27 2.4.1.203 1.14.13.93 4.1.3.27 1.14.13.- 2.4.1.203 1.13.11.- 2.1.1.-
2.3.1.74 1.14.17.4 1.14.11.23 2.8.1.9 2.4.1.12 2.4.1.12 1.13.11.51 1.14.11.- 1.14.11.- 4.1.3.27 2.5.1.18 1.14.11.-
6.2.1.- 6.3.-.- 1.1.1.288 2.4.1.12 1.14.99.- 1.14.11.13 2.3.1.16 1.14.11.23 1.14.11.23 1.14.99.- 1.14.13.- 1.14.13.-
2.5.1.18 2.4.1.- 2.6.1.57 1.14.11.13 2.6.1.57 1.14.13.93 2.4.1.- 2.1.1.- 2.6.1.57 2.4.1.12 1.2.3.7 4.4.1.14
1.14.99.- 1.14.11.- 1.1.1.- 1.14.13.93 1.14.13.93 2.3.1.16 2.4.1.195 1.13.11.- 2.8.1.9 2.5.1.18 2.1.1.- 1.13.11.51
2.4.1.12 1.14.13.- 1.3.1.- 2.4.1.263 1.13.11.- 2.4.1.195 1.11.1.9 2.8.1.9 1.13.11.- 1.13.11.- 1.14.11.23 2.4.1.-
1.14.13.93 2.6.1.5 1.14.17.4 1.1.1.288 2.4.1.263 1.11.1.9 2.1.1.- 2.6.1.57 2.1.1.- 2.6.1.5 2.6.1.57 1.14.11.23
2.4.1.263 1.13.11.12 1.13.11.12 2.6.1.57 2.4.1.203 2.1.1.- 1.14.11.- 1.1.1.288 1.1.1.288 3.1.4.4 1.11.1.9 1.13.11.12
1.1.1.288 2.5.1.18 2.5.1.18 4.1.3.27 2.3.1.74 2.4.1.121 2.4.1.121 2.5.1.18 2.5.1.18 1.1.1.288 2.8.1.9 2.5.1.18
2.6.1.57 1.2.4.1 1.2.4.1 1.13.11.- 2.5.1.18 6.3.-.- 1.1.-.- 2.3.1.74 3.1.3.57 1.1.1.- 3.1.3.57 1.2.4.1
4.1.3.27 1.14.99.- 1.14.99.- 1.1.1.- 1.1.1.- 1.14.11.23 2.4.1.215 6.2.1.- 1.11.1.9 1.3.1.- 1.2.4.1 1.14.99.-
1.13.11.- 2.4.1.237 2.4.1.237 2.3.1.74 6.2.1.- 2.4.1.215 4.1.1.19 3.1.3.57 1.13.11.12 2.6.1.57 1.1.1.- 2.4.1.237
1.1.1.- 2.4.1.12 2.4.1.12 3.1.4.4 1.3.1.- 4.1.1.19 2.4.1.263 1.11.1.9 2.3.1.16 1.14.11.13 1.3.1.- 2.4.1.12
3.1.4.4 1.14.13.93 1.14.13.93 6.2.1.- 1.1.1.288 2.4.1.263 3.2.1.1 1.1.1.- 4.1.1.19 1.11.1.9 1.1.1.288 1.14.13.93
1.3.1.- 2.3.1.16 2.3.1.16 1.3.1.- 3.1.3.57 3.2.1.1 1.1.1.288 1.3.1.- 2.3.1.74 4.1.1.50 2.4.1.195 2.3.1.16
1.13.11.12 2.4.1.195 2.4.1.195 1.13.11.12 4.1.1.19 1.1.1.288 2.6.1.57 1.13.11.12 6.2.1.- 1.2.4.1 2.3.1.74 2.4.1.195
1.2.4.1 1.11.1.9 1.11.1.9 1.2.4.1 1.11.1.9 2.6.1.57 4.1.3.27 2.3.1.16 1.1.1.- 1.1.-.- 6.2.1.- 1.11.1.9
2.3.1.16 1.1.-.- 1.1.-.- 2.3.1.16 1.13.11.12 4.1.3.27 1.1.1.1 4.1.1.19 1.3.1.- 3.1.4.3 1.1.-.- 1.1.-.-
2.4.1.195 2.4.1.215 2.4.1.215 2.4.1.195 1.14.11.13 1.1.1.1 2.6.1.5 1.2.4.1 2.4.1.203 2.4.1.195 3.1.4.3 2.4.1.215
1.11.1.9 4.1.1.19 4.1.1.19 1.11.1.9 2.3.1.16 2.6.1.5 1.13.11.- 2.4.1.203 1.2.4.1 1.1.1.1 1.14.19.2 4.1.1.19
1.1.-.- 2.4.1.263 2.4.1.263 1.1.-.- 3.1.4.3 1.1.1.- 1.1.1.- 2.4.1.195 2.4.1.195 5.4.4.2 2.4.1.203 2.4.1.263
2.4.1.215 3.2.1.1 3.2.1.1 2.4.1.215 1.14.19.2 5.4.4.2 5.4.4.2 3.2.1.1 3.2.1.1 2.8.1.9 1.13.11.12 3.2.1.1
4.1.1.19 4.1.3.27 4.1.3.27 4.1.1.19 1.1.-.- 2.3.1.74 2.3.1.74 1.1.-.- 1.1.-.- 3.1.3.57 2.3.1.16 4.1.3.27
3.2.1.1 1.1.1.1 1.1.1.1 3.2.1.1 1.2.4.1 4.1.1.50 4.1.1.50 3.1.4.3 3.1.4.3 1.14.19.2 4.1.1.19 1.1.1.1
1.1.1.1 1.13.11.- 1.13.11.- 1.1.1.1 1.14.17.4 3.1.4.3 3.1.4.3 1.14.19.2 1.14.19.2 2.3.1.74 3.2.1.1 1.13.11.-
5.4.4.2 5.4.4.2 5.4.4.2 5.4.4.2 2.4.1.195 3.1.4.4 3.1.4.4 1.14.11.13 1.14.17.4 6.2.1.- 1.1.1.1 5.4.4.2
4.1.1.50 4.1.1.50 4.1.1.50 4.1.1.50 5.4.4.2 3.1.3.57 3.1.3.57 1.14.17.4 1.14.11.13 2.4.1.215 5.4.4.2 4.1.1.50
3.1.4.3 3.1.4.3 3.1.4.3 3.1.4.3 3.2.1.1 6.2.1.- 6.2.1.- 4.1.1.50 1.1.1.1 1.13.11.12 4.1.1.50 3.1.4.3
3.1.3.57 3.1.4.4 3.1.4.4 3.1.3.57 1.1.1.1 1.14.19.2 1.14.19.2 1.1.1.1 5.4.4.2 2.3.1.16 1.14.11.13 3.1.4.4
1.14.19.2 3.1.3.57 3.1.3.57 1.14.19.2 4.1.1.50 1.3.1.- 1.3.1.- 5.4.4.2 4.1.1.50 4.1.1.19 2.4.1.215 3.1.3.57
1.14.17.4 1.14.19.2 1.14.19.2 1.14.17.4 2.4.1.215 1.14.17.4 1.14.17.4 2.4.1.215 2.4.1.215 1.14.17.4 1.14.17.4 1.14.19.2
  1. We have used twelve centrality indices: Maximal Clique Centrality (MCC), Density of Maximum Neighborhood Component (DMNC), Maximum Neighborhood Component (MNC), Degree, Edge Percolated Component (EPC), Bottleneck, Eccentricity, Closeness, Radiability, Betweenness, Stress and Clustering Coefficient (CC) to check which one appears as highly connected nodes. All enzymes have been sorted by default parameters according to 12 different centrality parameters, EC numbers of the enzymes are listed
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BMC Systems Biology

ISSN: 1752-0509

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