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Table 1 The summary of misclassification rates for the four compared methods under different significant levels (α) and proportions of reproducible genes (γ)

From: Quantitative reproducibility analysis for identifying reproducible targets from high-throughput experiments

  The proposed Method The copula mixture method [10] Benjamini & Heller method [9] The rank product method [8]
  α=0.1 α=0.05 α=0.1 α=0.05 α=0.1 α=0.05 α=0.1 α=0.05
γ=80% 0.007(0.001) 0.008(0.0012) 0.24(0.0708) 0.271(0.0954) 0.025(0.0022) 0.032(0.0025) 0.197(0.0044) 0.25(0.0036)
γ=60% 0.007(0.0013) 0.008(0.0013) 0.402(0.0022) 0.404(0.0028) 0.022(0.0017) 0.027(0.002) 0.073(0.0031) 0.099(0.0035)
γ=40% 0.005(0.001) 0.006(0.001) 0.568(0.0059) 0.541(0.01) 0.016(0.0017) 0.02(0.0019) 0.02(0.0018) 0.028(0.0021)
γ=20% 0.004(8e-04) 0.004(8e-04) 0.166(0.0026) 0.186(0.0015) 0.01(0.0014) 0.013(0.0015) 0.004(9e-04) 0.006(0.0011)
γ=10% 0.002(6e-04) 0.002(6e-04) 0.058(0.0104) 0.077(0.0075) 0.007(0.001) 0.008(0.0011) 0.002(5e-04) 0.002(6e-04)
γ=5% 0.001(5e-04) 0.001(5e-04) 0.011(0.0038) 0.025(0.0042) 0.004(9e-04) 0.005(0.001) 0.001(4e-04) 0.001(3e-04)
γ=1% 0.001(4e-04) 0(4e-04) 0.001(6e-04) 0.002(9e-04) 0.001(7e-04) 0.002(7e-04) 0.001(4e-04) 0(3e-04)