TY - JOUR AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bioinformatics challenges of new sequencing technology JO - Trends Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2007.12.006 DO - 10.1016/j.tig.2007.12.006 ID - Pop2008 ER - TY - JOUR AU - Pop, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome assembly reborn: recent computational challenges JO - Brief Bioinform VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbp026 DO - 10.1093/bib/bbp026 ID - Pop2009 ER - TY - JOUR AU - Mardis, E. AU - McPherson, J. AU - Martienssen, R. AU - Wilson, R. K. AU - McCombie, W. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - What is finished, and why does it matter JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.032102 DO - 10.1101/gr.032102 ID - Mardis2002 ER - TY - JOUR AU - Hunt, M. AU - Newbold, C. AU - Berriman, M. AU - Otto, T. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - A comprehensive evaluation of assembly scaffolding tools JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r42 DO - 10.1186/gb-2014-15-3-r42 ID - Hunt2014 ER - TY - JOUR AU - van Hijum, S. A. AU - Zomer, A. L. AU - Kuipers, O. P. AU - Kok, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Projector 2: contig mapping for efficient gap-closure of prokaryotic genome sequence assemblies JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki356 DO - 10.1093/nar/gki356 ID - van Hijum2005 ER - TY - JOUR AU - Richter, D. C. AU - Schuster, S. C. AU - Huson, D. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - OSLay: optimal syntenic layout of unfinished assemblies JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm153 DO - 10.1093/bioinformatics/btm153 ID - Richter2007 ER - TY - JOUR AU - Rissman, A. I. AU - Mau, B. AU - Biehl, B. S. AU - Darling, A. E. AU - Glasner, J. D. AU - Perna, N. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Reordering contigs of draft genomes using the Mauve Aligner JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp356 DO - 10.1093/bioinformatics/btp356 ID - Rissman2009 ER - TY - JOUR AU - Husemann, P. AU - Stoye, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - r2cat: synteny plots and comparative assembly JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp690 DO - 10.1093/bioinformatics/btp690 ID - Husemann2010 ER - TY - JOUR AU - Munoz, A. AU - Zheng, C. AU - Zhu, Q. AU - Albert, V. A. AU - Rounsley, S. AU - Sankoff, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Scaffold filling, contig fusion and comparative gene order inference JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-304 DO - 10.1186/1471-2105-11-304 ID - Munoz2010 ER - TY - JOUR AU - Dias, Z. AU - Dias, U. AU - Setubal, J. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-96 DO - 10.1186/1471-2105-13-96 ID - Dias2012 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. L. AU - Chen, K. T. AU - Huang, S. Y. AU - Chiu, H. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - CAR: contig assembly of prokaryotic draft genomes using rearrangements JO - BMC Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-014-0381-3 DO - 10.1186/s12859-014-0381-3 ID - Lu2014 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. T. AU - Liu, C. L. AU - Huang, S. H. AU - Shen, H. T. AU - Shieh, Y. K. AU - Chiu, H. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - CSAR: a contig scaffolding tool using algebraic rearrangements JO - Bioinformatics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx543 DO - 10.1093/bioinformatics/btx543 ID - Chen2018 ER - TY - JOUR AU - Li, C. L. AU - Chen, K. T. AU - Lu, C. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Assembling contigs in draft genomes using reversals and block-interchanges JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S5-S9 DO - 10.1186/1471-2105-14-S5-S9 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Lu, C. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - An efficient algorithm for the contig ordering problem under algebraic rearrangement distance JO - J Comput Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2015.0073 DO - 10.1089/cmb.2015.0073 ID - Lu2015 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. T. AU - Chen, C. J. AU - Shen, H. T. AU - Liu, C. L. AU - Huang, S. H. AU - Lu, C. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Multi-CAR: a tool of contig scaffolding using multiple references JO - BMC Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-016-1328-7 DO - 10.1186/s12859-016-1328-7 ID - Chen2016 ER - TY - JOUR AU - Kolmogorov, M. AU - Raney, B. AU - Paten, B. AU - Pham, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ragout: a reference-assisted assembly tool for bacterial genomes JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu280 DO - 10.1093/bioinformatics/btu280 ID - Kolmogorov2014 ER - TY - JOUR AU - Bosi, E. AU - Donati, B. AU - Galardini, M. AU - Brunetti, S. AU - Sagot, M. F. AU - Lio, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - MeDuSa: a multi-draft based scaffolder JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv171 DO - 10.1093/bioinformatics/btv171 ID - Bosi2015 ER - TY - JOUR AU - Pagani, I. AU - Liolios, K. AU - Jansson, J. AU - Chen, I. M. A. AU - Smirnova, T. AU - Nosrat, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: status of genomic and metagenomic projects and their associated metadata JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1100 DO - 10.1093/nar/gkr1100 ID - Pagani2012 ER - TY - JOUR AU - Kolmogorov, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Blossom V: a new implementation of a minimum cost perfect matching algorithm JO - Math Program Comput VL - 1 UR - https://doi.org/10.1007/s12532-009-0002-8 DO - 10.1007/s12532-009-0002-8 ID - Kolmogorov2009 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Mandric, I. AU - Zelikovsky, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - ScaffMatch: scaffolding algorithm based on maximum weight matching JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv211 DO - 10.1093/bioinformatics/btv211 ID - Mandric2015 ER - TY - JOUR AU - Gurevich, A. AU - Saveliev, V. AU - Vyahhi, N. AU - Tesler, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - QUAST: quality assessment tool for genome assemblies JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt086 DO - 10.1093/bioinformatics/btt086 ID - Gurevich2013 ER -