Skip to main content

Advertisement

Table 3 Estimated type I error of LMMs and LR-SAM methods

From: Analysis of significant protein abundance from multiple reaction-monitoring data

True subject type True run type Sample size Model
LMM LR-SAM
Best (FF) (FR) (RF) (RR) L W W 1 W S S VC
Fixed Fixed 20 0.053 0.054 0.037 0.006 0.002 0.093 0 0.002 0.002 0.019
50 0.038 0.038 0.033 0.006 0.001 0.044 0.002 0 0.004 0.012
100 0.048 0.048 0.03 0.003 0 0.035 0.014 0.001 0.001 0.012
Random 20 0.052 0.052 0.055 0.004 0.002 0.082 0 0.002 0.001 0.014
50 0.054 0.054 0.049 0.01 0.005 0.055 0.007 0.008 0.006 0.017
100 0.032 0.032 0.033 0.003 0.001 0.043 0.025 0.003 0.003 0.024
Random Fixed 20 0.152 0.153 0.211 0.029 0.031 0.107 0 0.008 0.015 0.039
50 0.178 0.179 0.26 0.06 0.055 0.065 0.014 0.042 0.053 0.05
100 0.148 0.148 0.204 0.041 0.029 0.06 0.033 0.033 0.039 0.04
Random 20 0.157 0.159 0.184 0.046 0.053 0.114 0 0.008 0.027 0.053
50 0.168 0.168 0.195 0.055 0.06 0.068 0.019 0.039 0.047 0.049
100 0.16 0.16 0.17 0.045 0.04 0.06 0.031 0.034 0.039 0.054