Analysis of significant protein abundance from multiple reaction-monitoring data

BMC Systems Biology

Table 3 Estimated type I error of LMMs and LR-SAM methods

True subject type	True run type	Sample size	Model
			LMM					LR-SAM
			Best	(FF)	(FR)	(RF)	(RR)	L	W	W ₁	W _S	S _VC
Fixed	Fixed	20	0.053	0.054	0.037	0.006	0.002	0.093	0	0.002	0.002	0.019
		50	0.038	0.038	0.033	0.006	0.001	0.044	0.002	0	0.004	0.012
		100	0.048	0.048	0.03	0.003	0	0.035	0.014	0.001	0.001	0.012
	Random	20	0.052	0.052	0.055	0.004	0.002	0.082	0	0.002	0.001	0.014
		50	0.054	0.054	0.049	0.01	0.005	0.055	0.007	0.008	0.006	0.017
		100	0.032	0.032	0.033	0.003	0.001	0.043	0.025	0.003	0.003	0.024
Random	Fixed	20	0.152	0.153	0.211	0.029	0.031	0.107	0	0.008	0.015	0.039
		50	0.178	0.179	0.26	0.06	0.055	0.065	0.014	0.042	0.053	0.05
		100	0.148	0.148	0.204	0.041	0.029	0.06	0.033	0.033	0.039	0.04
	Random	20	0.157	0.159	0.184	0.046	0.053	0.114	0	0.008	0.027	0.053
		50	0.168	0.168	0.195	0.055	0.06	0.068	0.019	0.039	0.047	0.049
		100	0.16	0.16	0.17	0.045	0.04	0.06	0.031	0.034	0.039	0.054

ISSN: 1752-0509