Table 1 Summary information of association modules for mRNA expressions
index | driver type | drivers | reg | sign | N | index | driver type | drivers | reg | sign | N |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | intra CNV | seg 30 (chr 6p) | NA | + | 84 | 44 | inter CNV | seg 18 (chr 3p) | ZIC1,MITF | + | 118 |
2 | intra CNV | seg 54 (chr 12q) | NA | + | 77 | 45 | inter CNV | seg 31 (chr 6q) | TBP,MYB,HDAC2 | + | 77 |
3 | intra CNV | seg 1 (chr 1p) | NA | + | 74 | 46 | inter CNV | seg 84 (chr 22q) | SREBF2,EP300 | + | 49 |
4 | intra CNV | seg 57 (chr 14q) | NA | + | 62 | 47 | inter CNV | seg 30 (chr 6p) | E2F3,NFYA,SRF | + | 31 |
5 | intra CNV | seg 69 (chr 17q) | NA | + | 62 | 48 | inter CNV | seg 42 (chr 10q) | TCF7L2 | + | 30 |
6 | intra CNV | seg 11 (chr 2p) | NA | + | 58 | 49 | inter CNV | seg 55 (chr 12q) | NR2C1,NFYB | + | 22 |
7 | intra CNV | seg 42 (chr 10q) | NA | + | 55 | 50 | inter CNV | seg 19 (chr 3q) | ZNF148 | + | 22 |
8 | intra CNV | seg 3 (chr 1p) | NA | + | 53 | 51 | inter CNV | seg 63 (chr 16pq) | NFATC3,RBL2 | + | 21 |
9 | intra CNV | seg 37 (chr 8q) | NA | + | 53 | 52 | inter CNV | seg 69 (chr 17q) | SPOP,NME2,POLG2 | + | 20 |
10 | intra CNV | seg 59 (chr 14q) | NA | + | 53 | 53 | inter CNV | seg 42 (chr 10q) | NFKB2 | + | 19 |
11 | intra CNV | seg 16 (chr 3p) | NA | + | 49 | 54 | inter CNV | seg 16 (chr 3p) | UBP1 | + | 18 |
12 | intra CNV | seg 63 (chr 16pq) | NA | + | 49 | 55 | inter CNV | seg 83 (chr 22q) | EWSR1 | + | 17 |
13 | intra CNV | seg 33 (chr 7q) | NA | + | 47 | 56 | inter CNV | seg 57 (chr 14q) | APEX1 | + | 16 |
14 | intra CNV | seg 84 (chr 22q) | NA | + | 47 | 57 | inter CNV | seg 16 (chr 3p) | RPA2,EIF2C1 | + | 15 |
15 | intra CNV | seg 55 (chr 12q) | NA | + | 44 | 58 | inter CNV | seg 19 (chr 3q) | CNBP | + | 15 |
16 | intra CNV | seg 51 (chr 11q) | NA | + | 43 | 59 | inter CNV | seg 51 (chr 11q) | RICS | + | 14 |
17 | intra CNV | seg 2 (chr 1p) | NA | + | 42 | 60 | inter CNV | seg 56 (chr 13q) | GTF3A | + | 13 |
18 | intra CNV | seg 73 (chr 19p) | NA | + | 42 | 61 | inter CNV | seg 4 (chr 1q) | RUNX3 | + | 10 |
19 | intra CNV | seg 50 (chr 11q) | NA | + | 40 | 62 | mutation | APC | NA | + | 136 |
20 | intra CNV | seg 68 (chr 17q) | NA | + | 39 | 63 | mutation | APC | NA | - | 56 |
21 | intra CNV | seg 65 (chr 17p) | NA | + | 37 | 64 | mutation | PIK3CA | NA | + | 50 |
22 | intra CNV | seg 32 (chr 7p) | NA | + | 36 | 65 | mutation | CDKN2A | NA | - | 43 |
23 | intra CNV | seg 35 (chr 7q) | NA | + | 35 | 66 | mutation | TP53 | NA | - | 35 |
24 | intra CNV | seg 31 (chr 6q) | NA | + | 33 | 67 | mutation | BRAF | NA | - | 34 |
25 | intra CNV | seg 19 (chr 3q) | NA | + | 32 | 68 | mutation | TP53 | NA | + | 33 |
26 | intra CNV | seg 18 (chr 3p) | NA | + | 30 | 69 | mutation | CDKN2A | NA | + | 32 |
27 | intra CNV | seg 9 (chr 1q) | NA | + | 29 | 70 | mutation | KRAS | NA | + | 25 |
28 | intra CNV | seg 22 (chr 4p) | NA | + | 29 | 71 | mutation | PTEN | NA | + | 20 |
29 | intra CNV | seg 62 (chr 15q) | NA | + | 29 | 72 | mutation | KRAS | NA | - | 16 |
30 | intra CNV | seg 41 (chr 9q) | NA | + | 28 | 73 | mutation | BRAF | NA | + | 16 |
31 | intra CNV | seg 49 (chr 11q) | NA | + | 28 | 74 | mutation | PIK3CA | NA | - | 13 |
32 | intra CNV | seg 56 (chr 13q) | NA | + | 28 | 75 | mutation | PTEN | NA | - | 13 |
33 | intra CNV | seg 60 (chr 15q) | NA | + | 28 | 76 | methylation | PAX8 | NA | - | 61 |
34 | intra CNV | seg 44 (chr 11p) | NA | + | 27 | 77 | methylation | BCR | NA | - | 58 |
35 | intra CNV | seg 61 (chr 15q) | NA | + | 26 | 78 | methylation | HOXC13 | NA | - | 19 |
36 | intra CNV | seg 80 (chr 21q) | NA | + | 24 | 79 | methylation | CCND1,PPARG | NA | - | 13 |
37 | intra CNV | seg 36 (chr 8p) | NA | + | 23 | 80 | methylation | COL5A1 | NA | - | 10 |
38 | intra CNV | seg 27 (chr 5q) | NA | + | 22 | 81 | microRNA | mir group 1 | NA | - | 121 |
39 | intra CNV | seg 39 (chr 9p) | NA | + | 22 | 82 | microRNA | mir group 2 | NA | - | 120 |
40 | intra CNV | seg 12 (chr 2q) | NA | + | 20 | 83 | TF | TF group 1 | NA | + | 338 |
41 | intra CNV | seg 74 (chr 19q) | NA | + | 20 | 84 | TF | TF group 2 | NA | + | 338 |
42 | intra CNV | seg 83 (chr 22q) | NA | + | 20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
43 | intra CNV | seg 85 (chr 23pq) | NA | + | 20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â |