Improving protein function prediction using domain and protein complexes in PPI networks

BMC Systems Biology

Table 3 The prediction results with different percentages of protein annotations removed

Percent	Methods	MF				CC				BP
		PPV	TPR	F-Measure	MCC	PPV	TPR	F-Measure	MCC	PPV	TPR	F-Measure	MCC
10%	DSCP	0.75	0.43	0.54	0.41	0.69	0.36	0.47	0.35	0.61	0.37	0.46	0.35
	DCS	0.78	0.40	0.53	0.39	0.64	0.31	0.42	0.30	0.55	0.30	0.39	0.29
	Zhang-DC	0.70	0.25	0.37	0.24	0.61	0.24	0.34	0.23	0.50	0.23	0.32	0.22
	MRF	0.47	0.19	0.27	0.15	0.23	0.20	0.21	0.11	0.25	0.20	0.22	0.13
	RLC	0.29	0.38	0.33	0.23	0.29	0.40	0.33	0.24	0.24	0.33	0.28	0.22
20%	DSCP	0.76	0.42	0.54	0.40	0.69	0.35	0.47	0.34	0.60	0.36	0.45	0.34
	DCS	0.75	0.41	0.53	0.39	0.64	0.30	0.40	0.28	0.55	0.30	0.39	0.29
	Zhang-DC	0.71	0.25	0.36	0.24	0.62	0.25	0.36	0.24	0.52	0.24	0.32	0.22
	MRF	0.37	0.21	0.27	0.13	0.24	0.19	0.21	0.10	0.26	0.21	0.23	0.13
	RLC	0.31	0.36	0.33	0.22	0.32	0.38	0.34	0.24	0.25	0.32	0.28	0.22
50%	DSCP	0.78	0.35	0.49	0.34	0.70	0.31	0.43	0.30	0.60	0.31	0.41	0.30
	DCS	0.77	0.33	0.46	0.32	0.66	0.25	0.37	0.24	0.56	0.26	0.36	0.25
	Zhang-DC	0.74	0.20	0.31	0.19	0.65	0.22	0.33	0.21	0.54	0.21	0.30	0.20
	MRF	0.35	0.18	0.24	0.11	0.22	0.16	0.18	0.08	0.22	0.17	0.19	0.09
	RLC	0.40	0.29	0.33	0.19	0.40	0.31	0.35	0.21	0.33	0.26	0.29	0.18
80%	DSCP	0.84	0.24	0.37	0.23	0.76	0.23	0.36	0.23	0.66	0.23	0.34	0.22
	DCS	0.83	0.22	0.35	0.21	0.72	0.18	0.29	0.17	0.63	0.18	0.28	0.17
	Zhang-DC	0.83	0.12	0.21	0.11	0.72	0.16	0.27	0.16	0.63	0.15	0.24	0.14
	MRF	0.32	0.09	0.14	0.06	0.18	0.08	0.11	0.04	0.16	0.09	0.11	0.04
	RLC	0.59	0.17	0.26	0.12	0.58	0.20	0.29	0.14	0.52	0.16	0.25	0.12

This table shows prediction results of four algorithms (DCS, DSCP, Zhang-DC and RLC) by using leave-percent-out cross validation. The percentage is set as 10%, 20%, 50% and 80%, respectively.

ISSN: 1752-0509