Finding low-conductance sets with dense interactions (FLCD) for better protein complex prediction

BMC Systems Biology

Table 3 Comparison of protein complex prediction by MIPS reference dataset

Network	Method	# complex	#. matched	Coverage	Recall	Precision	F-measure	Sn	PPV	Acc	MMR
SceDIP	FLCD	2134	120	3921	0.6522	0.1603	0.2573	0.4001	0.3901	0.3951	0.3206
	CONE	380	74	1503	0.4022	0.1868	0.2551	0.2749	0.4015	0.3322	0.1533
	LinkC	1839	109	3735	0.5924	0.1104	0.1862	0.4775	0.3646	0.4173	0.2993
	SR-MCL	2851	41	4687	0.1964	0.0230	0.0402	0.4592	0.2104	0.3108	0.0726
SceBG	FLCD	4027	124	5836	0.6561	0.1393	0.2298	0.4643	0.4315	0.4476	0.3611
	CONE	522	86	2735	0.4450	0.1533	0.2293	0.4537	0.4452	0.4494	0.1795
	LinkC	5382	109	6076	0.6349	0.0918	0.1604	0.8179	0.3504	0.5354	0.3285
	SR-MCL	1862	65	5889	0.3439	0.0673	0.1126	0.7360	0.2436	0.4234	0.1384
SceIntAct	FLCD	3394	120	4678	0.6417	0.1452	0.2368	0.4183	0.4034	0.4108	0.3482
	CONE	496	79	1994	0.4225	0.1633	0.2356	0.3587	0.4296	0.3925	0.1927
	LinkC	1297	80	5290	0.4278	0.0732	0.1251	0.9028	0.1986	0.4234	0.1886
	SR-MCL	1079	45	5342	0.1337	0.0190	0.0941	0.6246	0.1850	0.3399	0.0960
SceMINT	FLCD	2483	111	4210	0.5904	0.1800	0.2759	0.4147	0.4086	0.4116	0.3231
	CONE	513	67	2335	0.3564	0.1267	0.1869	0.3274	0.4017	0.3626	0.1519
	LinkC	2201	100	4068	0.5319	0.1040	0.1740	0.4744	0.4038	0.4377	0.2744
	SR-MCL	3698	24	4976	0.1277	0.0112	0.0205	0.4192	0.1999	0.2894	0.0481

ISSN: 1752-0509