Analysis of significant protein abundance from multiple reaction-monitoring data

BMC Systems Biology

Table 4 Estimated power of LMMs and LR-SAM methods for GS 0. Bolded number indicates power of methods were more than 0.8

Interaction scenario	True subject type	True run type	Sample size	Model
				LMM					LR-SAM
				Best	(FF)	(FR)	(RF)	(RR)	L	W	W ₁	W _S	S _VC
IS1	Fixed	Fixed	20	0.049	0.05	0.03	0.002	0.001	0.344	0	0	0.001	0.135
			50	0.048	0.048	0.029	0.002	0	0.692	0.385	0.008	0.002	0.506
			100	0.053	0.053	0.041	0.007	0.001	0.953	0.926	0.007	0.007	0.911
		Random	20	0.051	0.052	0.066	0.004	0.002	0.339	0.001	0.002	0.002	0.14
			50	0.047	0.047	0.042	0.002	0.001	0.691	0.397	0.007	0.002	0.538
			100	0.045	0.045	0.043	0.003	0.003	0.953	0.93	0.008	0.003	0.914
	Random	Fixed	20	0.147	0.149	0.198	0.051	0.046	0.402	0.001	0.009	0.027	0.213
			50	0.177	0.177	0.234	0.048	0.042	0.745	0.415	0.025	0.04	0.593
			100	0.157	0.157	0.201	0.054	0.049	0.95	0.923	0.037	0.051	0.917
		Random	20	0.158	0.159	0.19	0.052	0.06	0.415	0	0.003	0.026	0.216
			50	0.148	0.15	0.168	0.04	0.046	0.726	0.455	0.027	0.034	0.602
			100	0.164	0.165	0.171	0.04	0.043	0.975	0.948	0.026	0.037	0.932
IS2	Fixed	Fixed	20	0.054	0.055	0.04	0.005	0	0.611	0.001	0.001	0.001	0.353
			50	0.051	0.051	0.034	0.009	0.002	0.945	0.787	0.018	0.004	0.896
			100	0.045	0.045	0.036	0.007	0.001	1	1	0.016	0.006	1
		Random	20	0.044	0.046	0.058	0.004	0.006	0.606	0	0.002	0.001	0.354
			50	0.045	0.046	0.046	0.001	0.001	0.953	0.8	0.014	0.001	0.907
			100	0.056	0.056	0.062	0.01	0.009	0.999	0.998	0.012	0.009	0.998
	Random	Fixed	20	0.145	0.147	0.2	0.055	0.046	0.592	0	0.005	0.033	0.44
			50	0.143	0.145	0.2	0.034	0.028	0.957	0.801	0.029	0.026	0.91
			100	0.166	0.166	0.223	0.049	0.04	1	1	0.043	0.045	1
		Random	20	0.162	0.164	0.188	0.048	0.057	0.639	0	0.001	0.021	0.443
			50	0.144	0.145	0.177	0.04	0.044	0.949	0.801	0.02	0.031	0.901
			100	0.17	0.17	0.206	0.053	0.06	0.999	0.999	0.032	0.048	0.999

ISSN: 1752-0509