Skip to main content

Advertisement

Table 4 Estimated power of LMMs and LR-SAM methods for GS 0. Bolded number indicates power of methods were more than 0.8

From: Analysis of significant protein abundance from multiple reaction-monitoring data

Interaction scenario True subject type True run type Sample size Model
LMM LR-SAM
Best (FF) (FR) (RF) (RR) L W W 1 W S S VC
IS1 Fixed Fixed 20 0.049 0.05 0.03 0.002 0.001 0.344 0 0 0.001 0.135
50 0.048 0.048 0.029 0.002 0 0.692 0.385 0.008 0.002 0.506
100 0.053 0.053 0.041 0.007 0.001 0.953 0.926 0.007 0.007 0.911
Random 20 0.051 0.052 0.066 0.004 0.002 0.339 0.001 0.002 0.002 0.14
50 0.047 0.047 0.042 0.002 0.001 0.691 0.397 0.007 0.002 0.538
100 0.045 0.045 0.043 0.003 0.003 0.953 0.93 0.008 0.003 0.914
Random Fixed 20 0.147 0.149 0.198 0.051 0.046 0.402 0.001 0.009 0.027 0.213
50 0.177 0.177 0.234 0.048 0.042 0.745 0.415 0.025 0.04 0.593
100 0.157 0.157 0.201 0.054 0.049 0.95 0.923 0.037 0.051 0.917
Random 20 0.158 0.159 0.19 0.052 0.06 0.415 0 0.003 0.026 0.216
50 0.148 0.15 0.168 0.04 0.046 0.726 0.455 0.027 0.034 0.602
100 0.164 0.165 0.171 0.04 0.043 0.975 0.948 0.026 0.037 0.932
IS2 Fixed Fixed 20 0.054 0.055 0.04 0.005 0 0.611 0.001 0.001 0.001 0.353
50 0.051 0.051 0.034 0.009 0.002 0.945 0.787 0.018 0.004 0.896
100 0.045 0.045 0.036 0.007 0.001 1 1 0.016 0.006 1
Random 20 0.044 0.046 0.058 0.004 0.006 0.606 0 0.002 0.001 0.354
50 0.045 0.046 0.046 0.001 0.001 0.953 0.8 0.014 0.001 0.907
100 0.056 0.056 0.062 0.01 0.009 0.999 0.998 0.012 0.009 0.998
Random Fixed 20 0.145 0.147 0.2 0.055 0.046 0.592 0 0.005 0.033 0.44
50 0.143 0.145 0.2 0.034 0.028 0.957 0.801 0.029 0.026 0.91
100 0.166 0.166 0.223 0.049 0.04 1 1 0.043 0.045 1
Random 20 0.162 0.164 0.188 0.048 0.057 0.639 0 0.001 0.021 0.443
50 0.144 0.145 0.177 0.04 0.044 0.949 0.801 0.02 0.031 0.901
100 0.17 0.17 0.206 0.053 0.06 0.999 0.999 0.032 0.048 0.999